Хоць Шклоў і знаходзіўся ў баку ад старой ваеннай дарогі Дуброўна-Ворша-Менск-Вільня, аднак войны наведвалі і яго. У 1562 і 1580 гг., у час Інфлянцкай вайны, яго двойчы спалілі маскоўскія войскі. Калі пасля 1562 г. Стары Шклоў як горад яшчэ згадваецца, то пасля 1580 г. ён знікае са старонак дакументаў. Спачатку жыццё «на два Шкловы», відаць, задавальняла іх уладальнікаў. Пад апекай Старога Шклова новае «место Шкловское» паступова расло і развівалася, ператварыўшыся ў адзін з буйнейшых гарадоў Беларусі. Знішчэнне іх у час Інфлянцкай вайны ў 1580 г. зняло дылему пра два Шкловы. Хутчэй за ўсё было вырашана Стары Шклоў не аднаўляць, а засярэдзіць усю ўвагу на новым горадзе. З гэтага часу гісторыя ўжо пісалася толькі для сучаснага Шклова, удала размешчанага на ажыўленай сухапутнай і воднай гандлёвай дарозе. Знаходзячыся ў цэнтры густанаселенага рэгіёна, дзе пераважала грашовая рэнта і была слабай фальварачная гаспадарка, Шклоў да таго ж стаў рэдкім прыватнаўладальніцкім горадам, дзе адсутнічала мытная камора. Гэта прываблівала замежных і мясцовых гандляроў і давала вялікія прыбыткі ўладальніку горада і яго магістрату.
Тэрытарыяльнаму, эканамічнаму росту і ваеннай магутнасці горада таксама садзейнічала моцная ўлада гарадскога самакіравання. У першай палове XVІІ ст. эканоміка Шклова квітнела. Ён займаў сёмае месца па памерах і колькасці жыхароў пасля Вільні, Магілева, Берасця, Слуцка, Менска і Полацка.
Горад развіваўся пад абаронаю магутных умацаванняў, умела былі выкарыстаны штучныя і прыродныя водныя рубяжы. З усходу горад надзейна прыкрываў Дняпро, які і цяпер дасягае шырыні больш за 150 м. З поўдня і захаду, дзе працякала р. Шклоўка, дзякуючы дамбе з плацінаю ўзнікла вялікае возера. Яно прыкрывала Шклоў і яго новы замак, што стаяў на мысе ля зліцця рэк. Згодна інвентару 1643 г., яго абарончы роў запаўняўся вадой р. Шклоўкі, названай у дакуменце «ракою Язонаю». Праз раку быў перакінуты мост на «ізбіцах», які надводзіў да брамы з «узводам» — пад ёмным мостам «на чопах жалезных з рэфамі жалезнымі». Увесь пабудаваны з дрэва замак з аднаго боку ад ракі прыкрываў паркан, з другога боку — вастракол. Горад абкружаў магутны земляны вал, на якім стаяў «паркан из дерева, построенный избицами, с баштами и брамами». Гэтыя сведчанні дапаўняюцца дадзенымі з падарожных запісак князя Багуслава Радзівіла, які наведаў у 1647 г. Шклоў і адзначыў у Шклоўскім замку наяўнасць дзвюх вежаў. Да гэтага неабходна дадаць і замкавую браму інвентару 1643 г., усе чатыры брамы горада Копыскую, Магілеўскую, з Галоўчына, Астроўскую.
Толькі з аднаго паўночнага боку Шклоў не меў натуральных умацаванняў, таму тут, акрамя землянога вала, быў змайстраваны абарончы роў. За яго межамі знаходзілася прадмесце Заперакопскае. Напярэдадні вайны Расеі з Рэччу Паспалітай у 1654–1667 гг. Шклоў уяўляў сабой вялікі горад, які меў шэраг прадмесцяў — Аршанскае, Шклоўскае, Рышкоўскае, Заперакопскае і сама шматлюднае — Задняпроўскае.
Са жніўня 1654 г. у ходзе вайны Расеі з Рэччу Паспалітай Шклоў апынуўся ў гушчы ваенных падзей. У пачатку месяца пад горадам адбылася бітва паміж войскамі гетмана Януша Радзівіла і маскоўскага ваяводы Я.І.Чаркаскага. Радзівіл прайграў бітву і адступіў да Барысава. Да асады Шклова тады справа не дайшла. Яна пачалася толькі 20 жніўня пасля прыходу сюды войскаў ваяводы А. Н. Трубяцкога.
Пасля няўдалых перамоваў ратным людзям 26 жніўня загадана было браць Шклоў «зажогом и приступом и шкловские… сидельцы выдержали над собою… ратных людей промысел и из крепости не отступили». У другім данясенні ад 4 верасня А. Н. Трубяцкі піша цару, відаць, яшчэ пра адзін прыступ 27 жніўня: «августа 27 числа приступали они к Шклову. И в те поры шкловцы в осаде отсиделись. После тово приступу велели делать шанцы к городу близко того городу и в город по хоромам из наряду и из ружья велели стрелять беспрестанно и тесноту городским людям учинили большую и к приступу со всем изготовились». Абстрэл горада працягваўся. Нягледзячы на тое што ўсе жыхары прадмесцяў перайшлі пад абарону ўмацаванняў, шматдзённы абстрэл горада і нават прыступ каштавалі шклоўцам усяго восем чалавек забітых. Пасля дэбатаў магістрат Шклова прыняў рашэнне здаць горад. 31 жніўня «шкловцы, не дожидая другова приступу, государю добили челом и город здали и бояре и воевода в город с ратными людьми вошли».