Усталявалася думка, што першы будынак касцёла быў драўляны, але далейшыя звесткі аб ім да сярэдзіны XVI ст. часта не стасуюцца адна з адной. Існуюць крыніцы, з якіх становіцца вядома, што ў 1494 г. кароль Аляксандар Ягелончык пабудаваў на месцы драўлянага храма мураваны, паводле другіх, касцёл змураваны каля 1551 г. па фундацыі каралевы Боны. На вядомай гравюры Горадні 1568–1572 гг. М. Цюндта адлюстраваны будынак фары, але вызначыць будаўнічы матэрыял па гэтай выяве, зразумела, немагчыма.
А. Квітніцкая сцвярджае, што мураваны фарны касцёл быў узведзены ў 1579–1586 гг. на сродкі Стэфана Баторыя. З дакументаў Літоўскай метрыкі вядома, што ў будаўніцтве храма прымаў удзел муляр Антоні Дзікрып ці Сцігрып, які перабудоўваў таксама палац Старога гарадзенскага замка ў формах рэнесансу пад кіраўніцтвам архітэктара Скота з Пармы.
Кароль Стэфан Баторый, які зрабіў Горадню сваёй сталіцай, у перапісцы з рэгіянальным кіраўніком ордэна езуітаў у Рэчы Паспалітай І.П. Кампана адзначаў, што гарадзенскі фарны касцёл «самы вялікі і самы цудоўны ў Вялікім Княстве Літоўскім, але драўляны». Ён хацеў запрасіць у Горадню езуітаў для развіцця адукацыі, пабудаваць школу, калегіум і мураваны касцёл, у якім жадаў быць пахаваным. Польскі даследнік Е. Пашэнда на падставе матэрыялаў ордэна езуітаў з архіва Ватыкана яшчэ больш дакладна акрэсліў час узвядзення мураванага касцёла: 1584–1587 гг.
Першым графічным адлюстраваннем мураванай «фары Вітаўта» доўгі час лічылася яе выява на гравюры Горадні 1600 г. Т. Макоўскага. Аўтару нарыса давялося выявіць план гэтага помніка ў альбоме чарцяжоў канца XVI ст. з Нясвіжа, які захоўваецца ў Кіеве, і атрыбуціраваць яго як праектны. Паколькі аўтарам большасці чарцяжоў альбома ёсць падставы лічыць архітэктара-езуіта Дж. М. Бернардоні, мы мяркуем, што ён з'явіўся стваральнікам не толькі касцёла езуітаў у Нясвіжы, але і фарнага касцёла ў Горадні.
Велічны гмах «фары Вітаўта» размяшчаўся на ўзгорку каля Гандлёвай плошчы, да якой быў арыентаваны алтарнай апсідай. З другога боку плошчы на мяжы XVII–XVIII стст. паўстала яшчэ больш грандыёзная на памерах крыжова-купальная базіліка касцёла езуітаў, што існуе і зараз. Калі ў 1773 г. ордэн езуітаў быў скасаваны, езуіцкі касцёл стаў фарным. Пазней «фару Вітаўта» расейскія ўлады вырашылі прыстасаваць пад праваслаўную царкву, і ў 1803 г. адбыліся архітэктурныя абмеры будынка.
Пры параўнанні архіўнага чарцяжа канца XVI ст., графічнай выявы касцёла на гравюры 1600 г. і яго абмерных чарцяжоў 1803 г. можна адзначыць іх блізкае падабенства. На абодвух планах прадстаўлены трохнефавы васьміслуповы храм з выцягнутай гранёнай апсідай прэсбітэрыя і сакрысціяй з паўночнага боку ад яго. Бакавыя нефы перакрываліся крыжовымі скляпеннямі, а цэнтральны — крыжападобнымі распалубкамі.
Як сведчаць абмеры, храм меў структуру псеўдабазілікі. Гэта значыць, што сярэдні неф быў вышэйшы за бакавыя, але ў ім адсутнічала верхняе асвятленне. Усе тры нефы звонку ўтваралі адзіны суцэльны аб'ём, накрыты высокім клінчатым дахам з галоўкай у сярэдзіне вільчака, што адлюстравана на гравюры Т. Макоўскага. Апсіда прэсбітэрыя па вышыні супадала з асноўным аб'ёмам і накрывалася шматсхільным, крыху ніжэйшым дахам. Такім чынам, вышынная дынаміка аб'ёмаў паступова нарастала ад алтара да магутнай шмат яруснай вежы з фігурным завяршэннем на галоўным фасадзе, якая дамінавала ў кампазіцыі. Падобны готыка-рэнесансны тып культавага будынка ўласцівы архітэктуры Беларусі, Летувы, Польшчы і шэрага іншых краін Цэнтральнай Эўропы. Элементы мясцовай готыкі ў ім паўсюдна знітоўваліся з формамі італьянскага рэнесансу.
Сцены асноўнага аб'ёма, прэсбітэрыя і ніжняга яруса вежы мацаваліся контрфорсамі, вырашанымі накшталт пілястраў, якія злучаліся ўверсе лучковымі аркамі, утвараючы рытмічную рэнесансную аркаду, але з выразнай перавагай вертыкальных прапорцый у параўнанні з італьянскімі ўзорамі. У прасценках паміж контрфорсамі размяшчаліся вузкія стральчатыя вокны. На вежы некаторыя праёмы мелі выгляд байніц. Мастацкі эфект узмацняўся кантрастам чырвонага колеру адкрытай муроўкі сцен і белай тынкоўкі пілястраў і вежаў — дэкаратыўным прыёмам, характэрным для беларускай готыкі. Пазней будынак быў цалкам атынкаваны.
Аднак паміж праектным і абмерным планамі ёсць і пэўныя адметнасці, якія сведчаць, што праект не быў рэалізаваны дакладна. На чарцяжы XVI ст. уваходны аб'ём вырашаны ў выглядзе чацверыка з магутнымі сценамі, прарэзанымі паўкруглымі нішамі. Побач з ім з паўднёвага боку паказаны амаль такіх жа памераў вялікі лесвічны блок з двухмаршавай лесвіцай. Яшчэ адна лесвіца, круглая ў плане, размешчана на процілеглым баку храма, каля сакрысціі. Абедзве лесвіцы вялі на эмпоры над бакавымі нефамі.