Інтэр'ер сабора ўпрыгожвалі фрэскавыя роспісы на біблейскія і евангельскія сюжэты, у якіх шырока ўжываліся мясцовыя этнаграфічныя дэталі, адзенне, пейзаж, народны тыпаж. Насценны роспіс храма быў моцна пашкоджаны ў Другую сусветную вайну. М. С. Кацар, які даследаваў фрэскі пасля вызвалення Беларусі, зафіксаваў у розных месцах 20 сюжэтных кампазіцый і 16 асобных фігур святых. На тарцовай сцяне паўднёвага крыла трансепта знаходзілася выява Іаана Хрысціцеля з данатарам, які трымаў у руцэ мадэль Богаяўленскага сабора. Па гістарычных крыніцах і іканаграфічнаму падабенству мастацтвазнаўцы лічаць, што гэта выява князя Івана Агінскага, фундатара храма.
У комплекс Богаяўленскага манастыра ўваходзілі таксама «цёплая» царква Іаана Багаслова, пабудаваная ў хуткім часе пасля сабора, чатырох ярусная званіца, будаўніцтва якой пачалося ў 1652 г., а завяршылася ў 1657 г. пасля вайны з Масковіяй, некалькі драўляных і мураваных будынкаў, дзе знаходзіліся шпіталь, друкарня, дом настаяцеля, крамы і гаспадарчыя службы.
Магілеўская брацкая друкарня адыграла значную ролю ў пашырэнні асветы ў Беларусі. Яна была заснавана ў 1633 г. па прывілею караля Ўладзіслава IV, а ў 1667 г. магілеўскае брацтва атрымала прывілей ад караля Яна III Сабескага на адкрыццё друкарні пры Богаяўленскім манастыры і выданне кніг на беларускай і польскай мовах. У друкарні працавалі вядомыя друкары і гравёры Максім і Васіль Вашчанкі, Фёдар Ангілейка і іншыя мясцовыя майстры, што стварылі самабытную школу кніжнай гравюры. Выданні мелі тытульныя лісты, застаўкі, канцоўкі і ініцыялы, выкананыя ў стылі так званага магілеўскага барока — так сучасныя мастацтвазнаўцы вызначаюць характэрнае спалучэнне мясцовых мастацкіх традыцый з рысамі заходнеэўрапейскага барока і візантыйскага мастацтва.
Манастыр моцна пацярпеў ад пажараў горада падчас Паўночнай вайны ў 1708 і ў 1748 гг. У сярэдзіне XVIII ст. у ім праводзіліся аднаўленчыя работы. Пасля напалеонаўскага нашэсця ў 1812 г. напаўразбураны сабор зноў адраджаецца. Да галоўнага фасада прыбудоўваецца прытвор у класіцыстычным стылі, аздоблены чатырохкалонным порцікам і руставанымі пілястрамі. У 1866 г. узведзена мураваная ўязная брама з двума пілонамі эклектычнай архітэктуры. Новыя разбурэнні храму прынеслі сусветныя войны XX ст., але і пасля апошняй вайны магутны гмах Богаяўленскага сабора без даху і вежаў захоўваў былую веліч. Яго даследавалі гісторыкі архітэктуры Беларусі Ю. А. Ягораў і М. С. Кацар. Зроблены абмеры, налічана кантрыбуцыя на немцаў за разбурэнне помніка, але тое, што захавалася, было зруйнавана канчаткова.
Гісторыя праваслаўнага Спаса-Праабражэнскага сабора ідзе яшчэ далей, у глыб стагоддзяў. Спас лічыўся апякуном Магілева і яму прысвечана самая старажытная ў горадзе царква. Першыя летапісныя звесткі аб ёй адносяцца да 1447 г. Першая драўляная Спаская царква размяшчалася непадалёку ад рынка, на высокай надпойменнай тэрасе Дняпра. Пры ёй існавалі мужчынскі і жаночы манастыры, аб чым паведамляецца пад 1669 г. На месцы згарэўшай у 1593 г. царквы будуецца новая. Застаўся дагавор арцелі цесляў на ўзвядзенне гэтага храма па ўзору мясцовай Мікалаеўскай царквы, на той час таксама драўлянай. У 1618 г. пасля магілеўскага паўстання Спаская царква разам з манастыром пераходзіць вуніятам. Але ўжо ў 1650 г. у Спаскі манастыр зноў была вернута праваслаўная епархія, а сабор заставаўся катэдральным да 1802 г.
Падчас мацнейшага пажару Магілева ў 1708 г., што ахапіў увесь горад, калі лісты з купалоў «лёталі ў паветры, як ластаўкі», згарэла і Спаская царква. На яе месцы паставілі часовы, скалочаны з дошак храм на падпорках, які хістаўся ад ветру. У 1740 г. урачыста быў закладзены мураваны сабор, на будаўніцтва якога расейскі ўрад вылучыў у 1737 г. 1000 залатых рублёў. Будаўніцтвам яго кіравалі паслядоўна магілеўскія епіскапы Іосіф і Геранім Валчанскія. Апошняга пахавалі ў 1754 г. у алтары яшчэ не завершанага храма.
У 1755 г. у Магілеў з Кіева пераведзены вядомы праваслаўны архіепіскап Георгі Каніскі. Ён пачаў актыўную дзейнасць па завяршэнню сабора Спаскага манастыра, а таксама семінарыі, кансісторыі, архірэйскага дома і жылых манастырскіх карпусоў. Разам яны стваралі значны па памерах архітэктурны комплекс, які адбудоўваўся і пашыраўся аж да сярэдзіны XIX ст.
Па нататках ігумена Спаскага манастыра Арэста вядома, што з 1755 па 1762 г. будаўніцтвам царквы кіраваў і завяршыў яго немец Глоб ці Глобіца, якому ён прыпісвае таксама ўзвядзенне архірэйскага дома і семінарыі. Пад недакладным прозвішчам меўся на ўвазе вядомы архітэктар, майстар віленскага барока Іаган Хрыстафор Глаўбіц, пратэстант па веравызнанню, кіраўнік евангельскай абшчыны ў Вільні. Цікава, што да яго творчай спадчыны належаць культавыя збудаванні розных канфесій: касцелы святой Кацярыны ў Вільні і кавалераў мальтыйскага ордэна Іаана Хрысціцеля ў Сталавічах, вуніяцкія цэрквы ў Полацку (Сафійскі сабор) і Беразвеччы пад Глыбокім і, нарэшце, унікальны па архітэктурнай кампазіцыі праваслаўны Спаса-Праабражэнскі сабор у Магілеве. Захоўваючы адданасць стылістычнаму накірунку свайго часу, дойлід творча падыходзіў да стварэння новых кампазіцый з улікам традыцый і запатрабаванняў кожнай канфесіі. Яму ўласціва надзвычайная разнастайнасць і багацце мастацкіх сродкаў. Нават Г. Каніскі адзначаў, што гэты дойлід у сваёй справе мастак і ў дагаворах пастаянны.