Всего в этот день были приговорены к казни 109 человек, для которых в Преображенском установили виселицы и плахи. Наблюдать за расправой Петр пригласил польских, датских и имперских послов. Яркую зарисовку безутешного людского горя и невыносимых страданий стрельцов, обреченных на смерть, оставил в своих записках секретарь имперского посольства И.Г.Корб: «Яуза протекает по площади казней, близ села Преображенского; на противоположном ее берегу сотня осужденных, в небольших телегах, ждала очереди положить голову в петлю, либо под топор палача, Для каждого приговоренного телега, при телеге солдат. Осужденные лишены были исповеди и причастия, как недостойные сего таинства; священники не были призваны на площадь, но каждый стрелец должен был держать перед собой зажженную свечу и мог креститься и молиться. Раздиравшие вопли жен, дочерей и матерей осужденных, жалобные стоны умиравших — все это производило на душу впечатление неописанного ужаса. Картина была ужасна! Жена плакала над мужем, дочь рыдала, глядя на отца, возводимого на виселицу, мать убивалась в страшном отчаянии, видя пред собой предсмертные корчи сына. Лишь только доходила очередь до новых жертв — плачь, стоны и вопли несчастных женщин увеличивались… Вместо кандалов на ногах приговоренных были деревянные тяжелые колодки; волочась по земле, они затрудняли ходьбу; тем не менее стрельцы сами, как могли и умели, всходили по лестницам, крестились на все четыре стороны, закрывали глаза и, по обычаю страны, опускали на лицо саван. Многие сами надевали петлю на шею, наконец сами, не выжидая толчка палачей, бросались с подмосток; все они видимо торопились избавиться жизни»7.
Массовые казни продолжились и в последующие дни. 18 ок тября для расправы были определены 65 человек, большинство из которых казнили под Новодевичьим монастырем. Восьмерых стрельцов колесовали на Красной площади, Живые куски тел «были туго привязаны к колесам и эта невозможность пошевелиться, как кажется, еще боле усиливала и без того невыносимую боль». Колесованные «живы были на тех колесах не много не сутки, и на тех колесах стонали и охали; и по указу великого государя один из них застрелен из фузеи, а застрелил его Преображенский сержант Александр Менши-ков. А попы, которые были у них в полках, один перед тиунскою избою повешен, а другому осечена голова и воткнута на кол, и тело его положено на колесо». 19 октября на Болоте, у полковых съезжих изб и на Пушечном Красносельском дворе, отсекли головы еще 109 стрельцам. Некоторых повесили у ворот Белого города, на специальных крюках, вбитых в крепостные стены, Казнь двух стрельцов, состоявшаяся 21 октября, подвела черту под расправами, последовавшими за «вторым» большим розыском,
К началу 1699 г. под следствием в Преображенском приказе оставалось 695 человек, в том числе 285 малолетних стрельцов, большинство из которых позднее были биты кнутом и сосланы на каторгу в Сибирь. Жен и детей казненных власти раздавали по деревням разных чинов людям, иных сослали на вечное житье в дальние города.
4 января 1699 г. последовал первый указ о ликвидации московских слобод семи стрелецких полков, положивший начало окончательному «стрелецкому разорению». Продаже «всяких чинов людям» подлежали дворовые места и лавки стрельцов трех мятежных полков и четырех полков, находившихся на службе в Киеве. Через месяц, с 1 по 4 февраля, на Болоте и на Красной площади были казнены еще около 300 человек, проходивших по делу о бунте 1698 г. Для дальнейшего розыска в московских застенках были оставлены 86 человек, допросы которых продолжались более года. В то же время в Преображенском приказе начиналось новое следствие над 60 стрельцами, присланными из Белгорода «за воровское умышление к бунту».
Всю зиму груды неубранных тел казненных, поедаемые собаками и вороньем, лежали у мест казней. Только в конце февраля последовал указ о захоронении останков мятежников. Всего по городу было собрано более тысячи трупов. Обезображенных мертвецов сложили кучами по 80–90 тел и развезли к специально заготовленным ямам в трех верстах от города у двенадцати дорог. В назидание потомкам над братскими могилами установили каменные столбы с чугунными досками на четырех сторонах, где перечислялись вины казненных. Каждый столб в своем завершении имел по пять железных спиц, на которых были воткнуты отрубленные головы. Тела колесованных оставались на Красной площади до середины марта.