Высылка из столицы всех стрелецких полков и массовые казни стрельцов незамедлительно сказались на криминогенной обстановке в городе. Вооруженные шайки, человек по 20–40, нападали на жителей стрелецких и иных слобод, «и будучи на тех своих разбоях, хозяев жгли и мучили и животы имали»6. Силами четырех солдатских полков, постоянно расквартированных в предместьях Москвы, властям было трудно поддерживать порядок в городе. В течение 1699 г. из трех архангелогородских стрелецких полков были сформированы два новых солдатских полка, которые в 1700 г. правительство направило в Москву для несения гарнизонной службы. Их командирами стали бывшие полковники московских стрельцов Михаил Кривцов и Федосей Козин.
Еще летом 1699 г. последовал указ о роспуске московских стрелецких полков, находившихся в столице и на службе в Азове. Согласно этому указу стрельцов «велено, распустить в посады, кто в который город похочет, и в которой город кто напишется взять росписи и по тем росписям их отпустить с женами и детьми без мотчанья и по тому, его великого государя, указу, стрельцы с Москвы с женами и детьми, а из Азова одни, и к Азовским с Москвы жены их и дети посланы, а на Москве стрельцам и стрелецким женам и детям жить и никому их ни для чего держать не велено «9. Прочие стрелецкие полки, находившиеся на службе в понизовых и украинных городах, переводились в разряд выписных московских стрелецких полков, оставленных на вечное житье в прежних местах службы. Родственники выписных стрельцов также подлежали высылке из столицы и были вынуждены спешно распродавать свои московские дворы, пожитки и с большими убытками ликвидировать доходные промыслы.
Московские власти торопились очистить город от ненавистного государю «противного рода». Указ от 17 января 1700 г. под угрозой ссылки и «пени большой» строжайше запрещал держать «по свойству и из работы в домах» отставных стрельцов, стрелецких жен, детей и слободчиков, о которых слободским сотенным и старостам велено было докладывать в городскую Ратушу'°. 9 февраля Боярская дума вынесла приговор «остаточным» стрельцам бунтовавших полков. 42 человека подлежали смертной казни, остальных приговорили к ссылке на каторгу, в Сибирь. Девятерых стрельцов, в том числе и А. Маслова, оставили для дальнейшего розыска, тянувшегося до мая 1707 г. Всего за период следствия с июня 1698 г. по февраль 1700 г. было казнено 1354 стрельца, 626 человек после битья кнутом и клеймения оказались в ссылке в дальних городах.
Вести о массовых казнях стрельцов в столице стали поступать в стрелецкие полки, находившиеся на службе в Азове и других городах, еще осенью 1698 г, С негодованием «служивые» говорили о том, что «их братии стрельцов тела на Москве таскают собаки». Многие желали отомстить за своих товарищей и в тайне грозили: «Нас де стрельцов во всех городех и в Сибири много, собрався все будем к Москве и самому де ему государю торчать у нас на коле». Подобные разговоры отражали настроения значительной части московских стрельцов, но местным властям удавалось своевременно пресекать ростки нового мятежа и арестовывать «пущих заводчиков».
Планы Петра по быстрейшему «скасованию» московских стрелецких полков и их замене «прямым регулярным войском» были нарушены началом военных действий в Прибалтике между Швецией и союзниками России Саксонией и Польшей. К моменту вступления России в Северную войну, в августе 1700 г., на службе в разных городах оставалось еще 17 полков московских стрельцов. В их число входили и шесть стрелецких полков, ранее несших службу в Азове, В связи с подготовкой к войне намеченный роспуск азовских стрельцов был приостановлен. В ноябре 1699 г. последовал указ об определении мастеровых людей на вечное житье в Азове и посылке остальных стрельцов на службу в приграничные города Смоленского,
Севского и Белгородского разрядов. В 1700 г. бывший Стремянной полк, расквартированный в Севске, был переформирован в одноименный солдатский полк. «Пожалование в солдаты» двух других полков (Ивана Озерова и Михаила Протопопова), стоявших в Смоленске, растянулось на два года.
В январе 1700 г. были расформированы четыре стрелецких полка (Василия Елчанинова, Ильи Дурова, Михаила Кривцова, Мартемья-на Сухарева), расположенные в городах Белгородского разряда. Мастеровых людей определили на вечное житье в местные посады, остальных списали в два новых стрелецких полка В.Елчанинова и И.Дурова, которого позднее сменил Мартемьян Сухарев. Расформированию подлежал и сборный полк Петра Головина, стрельцы которого были включены в состав стрелецких полков, находившихся в Киеве и Белоруссии.