К утру в столице узнали, что Петр Алексеевич спешно покинул Преображенское и укрылся в Троице-Сергиевом монастыре. Позже из Троицы был прислан указ с требованием отпустить к государю полковника Цыклера и 50 стремянных стрельцов. Для стрелецкого начальника, весьма опытного в придворных делах, это был единственный шанс под благовидным предлогом порвать с заговорщиками и перейти на сторону тех, кто вероятней всего должен был одержать верх в давнем противостоянии. Вслед за своим полковником в Троицу отправилась целая группа стремянных, в том числе и участники ночного совета на Лубянке. 10 августа они оповестили царя Петра об известных им обстоятельствах дела.
Наибольший интерес для молодого государя представляли сведения пятисотенного И.Елизарьева. Перед начальником Стрелецкого приказа он отличился в великий пост 1687 г., когда Елизарьев лично доставил Ф.Л.Шакловитому найденное им на Лубянке подметное письмо, призывавшее народ идти к Казанской Богородице. В церкви, за иконой, пятисотенный нашел другое письмо, оскорбительное для царевны Софьи и ее окружения. Этот случай стал для правительницы еще одним сигналом для начала активных действий по предотвращению угрозы своей власти, исходившей из лагеря взрослевшего сводного брата,
В августе того же года Шакловитый собрал в своем загородном доме близ Новодевичьего монастыря несколько десятков стрельцов разных полков, среди которых присутствовал и И.Елизарьев. Тогда начальник Стрелецкого приказа предложил собравшимся написать челобитную на имя государыни с прошением к ней «венчаться царским венцом». Однако стрельцы, сославшись на свое неумение составлять челобитные, уклонились от опасной затеи, но согласились подобрать в своих слободах группы надежных сослуживцев. За это каждому было дано по пять рублей. В группу, сколоченную И.Елизарьевым, вошли многие из тех, кто бодрствовал на Лубянке в ночь с 7 на 8 августа 1689 г. За свою «преданность» государыне они не раз получали деньги от ее ближайших клевретов. Особенно старался пятидесятник Н.Глад-кой, усердно чернивший перед стрельцами царя Петра и прельщавший их возможностью пограбить богатые дворы в случае бунта.
Гладкой оставался до конца верен своим покровителям, но многие из тех, кто был втянут в паутину заговора, осознав для себя всю опасность происходившего, поспешили покаяться государю, и тем самым спасти свои жизни. Изветы прибывавших в Троицу стрельцов и их командиров предопределили смертный приговор наиболее верным сторонникам Софьи. К 1 сентября в монастырь от Стремянного полка добровольно и по государевым указам явились 5 пятидесятников, 10 десятников и работник Влас Иванов стрельца Ивана Савельева. Мстя отступникам, Шакловитый распорядился отписать в казну «их дворы и животы, платья и всякую рухлядь», а жен и детей отдать за слободчиков или за караулы. Некоторые стрельцы Стремянного полка были взяты под стражу. Однако эти меры уже не могли повлиять на настроения столичного служилого люда. Участь заговорщиков была предрешена.
В первые дни сентября начались аресты участников заговора. За умысел убить великую государыню Наталью Кирилловну, бояр и ближних людей был приговорен к битью кнутом и ссылке в Сибирь стрелец Стремянного полка А.Сергеев. В феврале 1691 г., после долгих поисков «вора», состоялась казнь Н.Гладкого. Большинство же их однополчан, в той или иной степени причастных к заговору, но раскаявшихся позднее, было прощено и оставлено на службе. Более того, целую группу стремянных, явившихся в Троице-Сергиев монастырь с «изветами» на заговорщиков, государь щедро пожаловал торговыми местами и деньгами. Пятидесятников И.Ульфова и Д.Мельнова, десятников Ф.Турку и Я.Ладогина было велено «от стрелецкие службы отставить и быть [им] в иных чинех, в каких похотят». Видимо, стрельцы не упустили своего шанса и воспользовались столь необычной наградой, позднее получив более высокие должности, имевшие отношение к стрелецкой службе. Неслучайно некоторые стрельцы, бунтовавшие в 1698 г., «призывали идти к Москве, взять Дмитрия Мельнова, да Ипа-та Ульфова с товарищы: они все полки разорили, и убить их».
Жаловал царь Петр Алексеевич и командира стремянных И.Е.Цыклера, которому 1 октября 1689 г. «за похвальную ревность в охранении государей в Троицком походе» было дано придачи к поместному окладу 250 четей земли, к окладу денежному 30 рублей. Перед полковником открывалась новая блестящая перспектива при царском дворе. 17 марта 1692 г. последовал указ о пожаловании Цыклера думным дворянством, но через год он получает совершенно неожиданное для себя назначение на воеводство в далекое Верхотурье. Эта служебная посылка предопределила будущую неприязнь честолюбивого царедворца к молодому государю.