Во второй половине 80-х годов командовал полком стольник и полковник Борис Степанович Щербачев ". Как и большинство других стрелецких начальников, в тревожные дни августа 1689 г. он со своим полком занял сторону царя Петра, явившись в Троицу к 1 сентября. Вслед за своим полковником в монастырь отправилась большая делегация выборных от всего полка, насчитывавшая 40 человек во главе с пятисотенным и двумя сотниками. Лояльность стрелецкого начальника государь отметил пожалованием ему небольшого поместья (109 четей пашни с 15 крестьянскими дворами) из числа бывших владений князя В.В.Голицына в Арзамаском уезде.
Сведения о службах полка в последние годы его существования немногочисленны. Местные стрельцы под командованием стольника и полковника Михаила Федоровича Сухарева28 приняли участие во втором Азовском походе в составе полка генерала П.И.Гордо на. После победоносного завершения кампании и триумфального шествия через Москву, состоявшегося 30 сентября 1696 г» царь Петр Алексеевич жаловал полковника М.Ф.Сухарева за победу над турками 30 червонцами и «косяком камки». Его же стрельцы, наряду с другими рядовыми участниками взятия Азова, получили от имени государя по золоченой копейке. Вскоре после этих торжеств полчане начали строительство новой деревянной Покровской церкви, освященной в 1697 г.
Во время трагических событий 1698 г. Михайлов полк Сухарева нес службу в Киеве, где он и был царским указом определен на вечное житье. Впоследствии сухаревские стрельцы в составе гетманских войск приняли участие в боевых действиях против шведов и в Прутском походе Петра I 1711 г. После его завершения остатки бывшего полка московских стрельцов были переформированы в один из гарнизонных солдатских полков.
Московская слобода полка М.Ф.Сухарева была ликвидирована царским указом от 4 января 1699 г., по которому бывшие стрелецкие дворы и лавки на Пречистенке были распроданы москвичам — разночинцам, ставшим новыми прихожанами церкви Покрова Пресвятой Богородицы в Левшино. Их радением в 1712 г. на месте стрелецкой деревянной церкви был воздвигнут новый каменный храм, просуществовавший до 1930 г. После сноса старинной церкви память о ней и о бывшей здесь когда-то стрелецкой слободе хранят в своих именах Большой и Малый Левшинские переулки.
К северу от слободы Левшинского полка лежала стрелецкая земля одного из приказов московских стрельцов, учрежденных в годы Смоленской войны. Новая стрелецкая слобода на западных окраинах Москвы была основана в начале 1634 г., когда над столицей вновь нависла угроза польского вторжения. Здесь, по соседству с Плотничьей слободой, были поселены новгородские стрельцы, взятые «к Москве из городов на житье, которые ведают в Новгородской чети». Командовал ими дворянин московский Григорий Михайлович Оничков, посланный в декабре 1633 г. в Новгород стрельцам в головы.
С апреля 1634 г, Григорьев приказ Оничкова нес службу в Москве я. По традиции его стрельцы воздвигли в своей слободе приходской деревянный храм, освященный во имя Живоначальной Троицы. Невдалеке от него расположились и дворы приказных начальных людей, стоявшие вблизи Смоленских ворот. Двор стрелецкого головы Г.М.Оничкова располагался за Арбатом, у Кречетного двора, а трое его сотников владели дворами на землях Конюшенной слободы.
Местный приказ Г.М.Оничков возглавлял до середины 40-х годов и в дальнейшем, оставив стрелецкую службу, сделал неплохую карьеру. В конце 50-х годов, уже в чине думного дворянина, он занял должность судьи приказа Большого Дворца. Тем временем его бывшие стрельцы еще в мае 1649 г. начали строительство в своей слободе каменной Троицкой церкви. Возводилась она на средства пятидесятников, десятников и пятисот рядовых, которыми командовал новый стрелецкий голова — Леонтий Романович Азарьев. 1 октября 1650 г. строительство храма было завершено. Через несколько лет его стены услышали первые поминальные молитвы, так как многим его прихожанам довелось стать участниками очередной войны с Польшей. В 1655 г. приказ Азарьева находился на службе в Быхове, в полку боярина и воеводы князя А.Н.Трубецкого. Это единственное упоминание о службе приказа в 50-е годы, хотя головой местных стрельцов Л.Р.Азарьев значился еще в 1657 г30.
Более поздние документальные сведения из истории приказа относятся к концу 60-х годов, когда местных стрельцов возглавлял стрелецкий голова Иван Васильевич Жидовинов. В феврале 1668 г. приказ Жидовинова в составе полка боярина и воеводы князя Ю.А.Долгорукого был направлен на Украину против запорожских казаков гетмана И.Брюховецкого. Накануне выступления государь жаловал стрелецкого голову 50 ведрами вина и 10 полотами ветчины за службу в Белгороде, откуда приказ вернулся незадолго до нового похода. Из Киева стрельцы Жидовинова вернулись весной 1669 г., потеряв в боях четырех своих однополчан. Гораздо большие потери местные стрельцы понесли год спустя в составе сборного приказа московских стрельцов И.Т.Лопатина, разгромленного разницами под Царицыным.