В середине 50-х годов местных стрельцов возглавил один из многочисленных родственников их бывшего командира стрелецкий голова Семен Федорович Полтев щ. Через несколько лет, многократно проявив себя перед государем на различных службах, он вошел в круг лиц, которым царь Алексей Михайлович оказывал особое доверие. Во время военной кампании против шведов в 1656 г. Семенов приказ Полтева в составе полка стольника и воеводы И.Б.Милославского вместе с солдатами и д аточными люд ьми «приступал» прибалтийский город Диноборок, который русские воины «выжгли и высекли». За эту победу в октябре того же года государь жаловал С.Ф.Полтева кубком, соболями, а также указал ему быть в полковниках и «ходить за переграду». В 1659 г. приказ принимал участие в боевых действиях на Украине, первоначально действуя в составе полка боярина и воеводы В.Б.Шереметева, затем князя А.Н.Трубецкого. За этот поход 23 февраля 1660 г. С.Ф.Полтев был пожалован еще одним серебряным кубком, атласом, сороком соболей, придачей к поместному окладу 100 четями земли да к деньгам 15 рублями. Сверх того ему же было дано 700 ефимков на приобретение вотчины36.
Вновь отличиться перед государем стрельцам С.Ф.Полтева довелось во время «медного бунта» в Москве 25 июля 1662 г. Своевременно встав на защиту царского двора в Коломенском совместно со стремянными стрельцами и приказом А.С.Матвеева, Семенов приказ Полтева заслужил высочайшее расположение царя Алексея Михайловича. С этого времени он получает статус «головного» приказа и почетный второй номер в росписи московских стрелецких полков. Свою заслуженную «знатность» приказ сохранял на протяжении четверти века.
Имя своего командира полк носил до 1669 г. Через два года после отставки уже в чине думного дворянина С.Ф.Полтев возглавил важные военные ведомства — Иноземский и Рейтарский приказы. Получив повышение, бывший стрелецкий полковник сменил свой старый московский двор на Поварской улице на новое владение, располагавшееся за Москвой-рекой в приходе церкви Благовещения, что в Панской слободе.
Преемником С.Ф.Полтева в должности командира местных стрельцов стал его брат Иван Федорович Полтев «Беляй»37. В 1675 г. в подчинении стрелецкого головы находилось 980 стрельцов, которые на протяжении всего десятилетия оставались на службе в столице. Поочередно с другими «головными» приказами стрельцы Иванова приказа Полтева постоянно находились при царских особах, сопровождая государей в их многочисленных загородных походах, неоднократно заступали на «стенные» караулы в Кремле. На дальнюю службу приказу пришлось выступить вскоре после перевода И.Ф.Полтева на должность командира Стремянного приказа. Это назначение состоялось в начале 1679 г., накануне выступлении русского войска на Украину, где продолжались боевые действия против Турции.
В поход местные стрельцы выступили под командованием одного из старейших стрелецких командиров стольника и полковника Федора Ивановича Янова, более известного по своему прозвищу как Степан, Его приказ, включенный в состав полка боярина и воеводы П.В.Шереметева, являлся в это время одним из крупнейших в Москве и насчитывал 1129 человек. В 1682 г. стрельцы Янова находились на службе в Чернигове, куда к концу мая докатились вести из столицы о бунте стрельцов против своих начальников. Вскоре, по распоряжению главы Стрелецкого приказа князя ИАХованского, Янов был взят под стражу и отправлен для розыска в Москву. В столице бывшего полковника поместили в Константиновский застенок и подвергли жесточайшим пыткам. С.Медведев — современник и очевидец тех событий — писал о том, что «по челобитью стрелцов, у которых он полков и наперед того бывал полковником, что он, будучи у них началником, им обиды великия и наказания страшная чинил, а иных жесточью своею нехристиянскою до смерти помучил» Янов был приговорен к четвертованию. Казнь состоялась 14 июня на Красной площади, после чего его отрубленную голову палачи положили на труп возле памятного столба, установленного накануне по требованию стрельцов.
В июле на смену казненному С.И.Янову в Чернигов был направлен стольник и полковник Семен Семенович Войеков®. Новый стрелецкий командир имел значительный боевой опыт, но ранее никогда не командовал стрелецкими подразделениями. Свою ратную службу С.С.Войе-ков, выходец из белевских дворян, начинал в годы русско-польской войны капитаном выборного солдатского полка АА.Шепелева. В том же полку, но уже в чине полковника, он продолжал службу и в период военных действий против Турции39. К началу октября 1682 г. полк надворной пехоты стольника и полковника Семена Войекова был переведен в г. Батурин — ставку гетмана И.Самойловича. Сюда из Москвы 4 октября была доставлена царская грамота, извещавшая об изменах Хованских и объявлявшая высочайшую похвалу стрельцам за их службу. Стрельцы Войекова выслушали грамоту смирно и «за милость великих государей били челом и кланялися до земли трожды».