«Отличился» в этой кампании и стрелецкий голова Г,В.Бакин, наряду с другими приближенными Шеина, открыто рассуждавший о достоинствах польского короля и «плюгавстве русских ратных людей». Но, несмотря на столь явные пораженческие настроения, голове местных стрельцов удалось не только избежать опалы, но и сохранить свою должность, которую он занимал до конца 40-х годов С
В начале следующего десятилетия местный приказ возглавлял стольник Иван Матвеевич Кафтырев. Видимо, при нем началось строительство нового слободского храма, завершившееся к началу русско-польской войны. К 1657 г. каменная церковь Трех Святителей Московских была уже полностью отстроена. Однако к этому времени земли в приходе нового храма временно запустели. В ходе военных действий все прежние жители слободы были выведены в один из приграничных русских городов, куда на постоянную службу переводились отдельные приказы столичных стрельцов, получавшие статус «московских жилых приказов». На земле, «где прежде было место стрелецкое Иванову приказу Кафтырева» ", началось формирование нового подразделения, командиром которого в 1656 г. был назначен стрелецкий голова Степан Семенович Каковинский.
В 1658 г. приказ Каковинского уже находился на гарнизонной службе в Вильно. После возвращения в столицу, в декабре следующего года, его стрельцам совместно с приказом ИАЕндогурова было поручено провести по улицам Москвы колонну пленных польских ратников, которую возглавил сам гетман В.К.Гонсевский. Летом 1660 г., в связи с началом нового наступления польского войска, приказ Каковинского был направлен в Белоруссию в полк боярина и воеводы князя ЮАДолгорукого.
Стрелецкие приказы и два солдатских полка, находившиеся в подчинении князя Долгорукого, пополнили гарнизон г. Шклова. Однако, несмотря на полученное подкрепление, уже к началу августа русские войска были вынуждены оставить крепость. В боях за Шклов приказ Каковинского потерял пять стрельцов убитыми, и еще шестеро получили ранения. О дальнейшем участии приказа в боевых действиях против поляков ничего неизвестно, но головой местных стрельцов С.С.Каковинский оставался до конца 1665 г. 4\ когда на смену ему был назначен Степан (Федор) Иванович Янов15.
Шестилетний период его командования приказом не оставил о себе примечательных известий. Наиболее значимое событие, связанное с именем С.И.Янова, произошло в конце мая 1671 г., когда сотня стрельцов его приказа во главе с сотником Елизарием Терпигоре была отправлена в Серпухов, откуда они должны были конвоировать в Москву плененных братьев Разиных. Для въезда Стеньки в столицу была приготовлена оснащенная орудиями пыток телега, на которой атаман и был доставлен в Земский приказ, Вскоре после казни С. Разина С.И.Янов получил новое назначение и возглавил бывший приказ В.Л.Пушечникова, расквартированный у Сретенских ворот Земляного города. Документы не сохранили имя его преемника, и вплоть до начала 90-х годов какие-либо сведения из истории полка отсутствуют.
Одним из последних его командиров стал стольник и полковник Алексей Лаврентьевич Обухов, возглавивший местных стрельцов после ликвидации заговора Ф.Л.Шакловитого. За проявленную им верность царь Петр Алексеевич в июне 1690 г, жаловал стрелецкого начальника поместьем в Арзамаском уезде, за которым числилось 225 четей пашни и 31 крестьянский двор, ранее принадлежавшие опальному князю В.В.Голицыну.
Видимо тогда же стрельцы-прихожане церкви Трех Святителей Московских начали перестройку обветшавшего каменного здания своего храма, завершенную в 1691 г. По этому случаю на одной из его стен была помещена надпись, гласившая, что поставлена та церковь «в Стрелецкой слободе в Каковинском полку… при полковнике
Алексее Парафеевиче [?] Обухове… в лето 7200 октября в 1 день»46. С тех пор по одному из приделов, освященному во имя Николая Чудотворца, церковь стала зваться Николой «на Песках».
Имя полковника А.Л.Обухова, на века врезанное в церковную стену, сам полк носил недолго. Карьера стрелецкого командира бесславно оборвалась в середине 90-х годов. Через несколько месяцев после завершения первого Азовского похода, в котором полк принял участие в составе полка генерала П.И.Гордона, его стрельцы были посланы на службу в г. Батурин — ставку гетмана И.Мазепы. Здесь, по наущению своего начальника, караульные приспособились воровать из гетманской казны деньги, которые относили полковнику. После того, как воровство вскрылось, Обухов был арестован и доставлен в Москву в Преображенский приказ. За свою вину, 19 августа 1696 г, бывший полковник был нещадно бит на козле47.