За год до подписания Андрусовского перемирия, в начале 1666 г., в командовании приказом произошли изменения. На место И.А.Ендогурова, посланного воеводой в Каргополь, был назначен стряпчий Юрий Петрович Лутохин51, возглавлявший приказ четыре с половиной года. За этот период его стрельцы редко покидали Москву. В разгар разинского бунта, летом 1670 г., приказ Лутохина был намечен для посылки на Низ. Однако этот поход был на некоторое время отложен в связи с новыми изменениями в руководстве приказом. После перевода Ю.П.Лутохина на должность головы Стремянного приказа местных стрельцов возглавил бывший полутолова стремянных Василий (Давыд) Григорьевич Баранчеев55.
Под его командованием приказ принял участие в осаде Астрахани осенью 1671 г. и после ее сдачи оставался здесь на службе еще в течение года. Розыск, проведенный воеводой И.Б.Милославским, выявил среди астраханцев множество беглых холопов и служилых людей, стекавшихся сюда из разных городов России. В ряды приказа Баранчеева были возвращены бывшие московские стрельцы Кирилка Семенов Иванова приказа Ендогурова, находившийся в бегах около пяти лет, и Мишка Москвитин Юрьева приказа Лутохина, появившийся в Астрахани незадолго до начала бунта.
В Москву приказ вернулся к концу 1672 г., где оставался вплоть до начала русско-турецкой войны. Накануне нового похода в «семи-сотном» приказе Баранчеева насчитывалось всего 600 человек. В ходе боевых действий против войск султана его численность сократилась до 584 человек, принявших участие в обороне Чигирина в 1678 г. Вскоре после возвращения приказа в столицу В.Г.Баранчеева сменил новый командир — стольник и полковник Никита Харитоньевич Борисов®, ранее возглавлявший другой московских стрелецкий приказ. В 1681 г. полк Борисова, в котором числилось по-прежнему 5 капитанов и 584 стрельца, находился на службе в Киеве, откуда в начале следующего года он был отпущен в Москву.
Стрелецкая служба Н.Х.Борисова бесславно завершилась во время известных событий весны 1682 г. В числе прочих виновных в злоупотреблениях полковников он был отстранен от должности и приговорен к битью батогами. Во время экзекуции, состоявшейся 5 мая на площади перед зданием Приказов, стрельцы, удовлетворившись наказанием самых ненавистных командиров, прочих простили. Был пощажен и Никита Борисов, простоявший долгое время раздетым по пояс в окружении злорадствующей толпы в ожидании своей участи.
После многочисленных кадровых перестановок, проведенных правительством в начале 80-х годов среди стрелецкого начальства, бывший полк Борисова возглавил стольник и полковник Семен Юрьевич Резанов, ранее командовавший Белгородским Московским жилым полкомя. К моменту его назначения численность полка значительно увеличилась, так как к этому времени в его состав был включен стрелецкий приказ, расквартированный по соседству в близлежащей Кудринской слободе. Еще в разгар разинского бунта в приходе церкви Покрова Пречистой богородицы, что за Земляным городом, за Никитскими воротами в Кудринской слободе, был поселен один из вновь учрежденных стрелецких приказов головы Гаврилы Волкова®. Видимо, незадолго до стрелецкой смуты 1682 г. его стрельцами власти решили пополнить соседний приказ Н.Х.Борисова, стремясь укомплектовать его до тысячного состава.
Такой вывод позволяет сделать документ, датируемый маем 1688 г. Согласно ему, «по челобитью стольника и полковника Семенова полку Резанова пятидесятников, десятников и рядовых стрельцов всего полка второй половины дано им за Никицкими воротами за Земляным городом по обе стороны проезжие дороги стрелецкие необрочные места 21 шелаш безоброчно до их Великих Государей указу к приходской церкви Покрова Пречистые Богородицы, что в Стрелецкой их слободе и наем с тех шелашей имать тое церкви на церковное строение»59, Накануне второго Крымского похода в полку числилось уже 914 человек, которые приняли участие в очередной «диверсии» против крымского хана в составе полка воеводы князя В.В.Голицына. За этот поход С.Ю.Резанов 27 июня 1689 г. был пожалован серебряным ковшом, «портищами объяри», 30 рублями и придачей к поместному окладу в 250 четей земли, из которых 150 четей было дано ему в вотчину, Однако всех этих государевых милостей он лишился спустя всего два месяца. В ночь на 8 августа Резанов оказался единственным из стрелецких полковников, открыто выступившим на стороне Ф.Л.Шакловитого. По указанию начальника Стрелецкого приказа он расположил на Житном дворе в Кремле сотню своих стрельцов, командиром которых был назначен капитан Филипп Сапогов — давний клеврет главы заговора. На следующий день капитан и группа стрельцов Стремянного приказа, осознавших всю опасность затеваемой авантюры, тайно покинули город и отправились в Троицу, где они известили царя Петра Алексеевича о происходящем в Москве. Тем временем стрельцы Резанова полка, повинуясь воле своего полковника, продолжали попеременно нести дополнительные караулы в Кремле вплоть до начала сентября. Но настроения в полку постепенно менялись. В последние дни августа Москву покинула целая группа стрельцов, насчитывавшая более пятидесяти человек, во главе с полуполковником С.М.Стрекаловым. Становилось очевидным, что заговор был обречен, и вскоре наступила развязка.