Менее благосклонной была судьба к новому стрелецкому полковнику — Петру Аврамовичу Лопухину Большому, сменившему Колобова 1 мая78. Назначение П.А.Лопухина, имевшего уже ранее опыт командования стрелецкими приказами, оказалось рекордно кратким, так как положение нового командира было изначально очень непрочным, Близость его семьи к некогда всемогущему клану Нарышкиных не могла добавить ему влияния в стрелецкой среде. Стрельцы Лопухина стали активными участниками событий 15 мая, в ходе которых они приняли участие в самовольном захвате боеприпасов, хранившихся в Зелейной палате, и в расправе над приближенными царицы Натальи Кирилловны. Одной из жертв резни, учиненной стрельцами в Кремле, стал и бывший командир полка Лопухина боярин А.С.Матвеев.
Участь П.АЛопухина Большого определилась 19 мая, когда он и целый ряд придворных — сторонников партии Нарышкиных были приговорены к ссылке. Отставному стрелецкому полковнику предстояло отправиться в Кольский острог. На его место был назначен стольник и полковник Акинфий Иванович Данилов — К осени 1682 г. настроения среди стрельцов заметно изменились, и учиненная ими смута стала постепенно сходить на нет. 2 сентября, находясь со своим полком в Коломенском, где в то время расположился двор царевны Софьи и ее братьев, А.И.Данилов нашел и передал государыне — царевне анонимное «изветное письмо» против князя Хованского, ставшее прологом к расправе над чрезмерно честолюбивым главой приказа Надворной пехоты.
Чистка стрелецких рядов, предпринятая правительством царевны Софьи после казни Хованских и их сподвижников, мало затронула полк Данилова, насчитывавший в это время 1120 человек. Ни один из них не попал в списки стрельцов, сосланных на службу в дальние города, Исключение составил лишь стрелец Оброска Савельев, «за многие непристойные слова и за смуту» казненный 15 октября на Красной площади. О лояльности полка правительству Софьи говорит и тот факт, что он, в отличие от большинства других полков, не был выведен из Москвы на городовую службу. Верность великим государям полк продемонстрировал в конце декабря 1682 г., когда в замоскворецкой слободе Павлова полка Бохина вспыхнули беспорядки. Разоружить бунтовщиков и арестовать зачинщиков были посланы стрельцы Стремянного полка и полка Данилова.
После добровольной отставки А.И.Данилова в 1683 г. полк возглавил стольник и полковник Дмитрий Романович Жуков80. Его стрельцы вновь оказались в эпицентре борьбы за власть, развернувшейся в столице летом — осенью 1689 г. между сторонниками царевны Софьи и ее сводного брата — царя Петра Алексеевича. Проводниками замыслов главы Стрелецкого приказа Ф.Л.Шакловитого в полку Жукова стали пятисотенный пристав Алексей Стрижев, его брат Абросим, стрельцы Егор Романов и Абросим Петров. Однако свое влияние среди московских стрельцов организаторы заговора явно переоценивали.
Как и большинство других полков, полк Жукова занял выжидательную позицию. И если в августе его стрельцы еще подчинялись приказам заговорщиков и даже отбили у присланных из Троицкого монастыря стрельцов своих однополчан, подлежащих аресту, то к началу сентября полк однозначно выразил готовность верно служить государям. Повинуясь указам царя Петра и несмотря на запрет Софьи, 1 сентября в Троицу отправилась большая делегация выборных стрельцов от полка Жукова в составе 9 пятидесятников, 27 десятников и 14 рядовых. Возглавил выборных пятисотенный Кирилл Чекаев.
Через несколько дней были арестованы стрельцы Жукова полка — участники заговора. По царскому указу от 11 сентября 1689 г. «за умысел убить Великую Государыню Наталью Кирилловну, Бояр и Ближних людей» был казнен А.Петров. Его подельники, братья Стрижевы, после битья кнутом и урезания языка были сосланы с семьями в Сибирь на вечное житье. Среди десятков стрельцов, битых кнутом и сосланных в сибирские города значилось и имя Е.Романова. Имущество, конфискованное у казненных и ссыльных по делу Ф.Л.Шакловитого, стало своеобразным фондом, из которого казна жаловала верных государю Петру Алексеевичу поданных. Не был обойден и Д.Р.Жуков, которому по его челобитной был дан бывший загородный двор «вора и изменника» М.Гульского, находившийся на земле Спасского монастыря, у Новомещанской слободы. Цена тому двору была определена в 15 рублей.