В 1660 — 61 гг, приказ Спиридонова нес службу в столице. Здесь его стрельцам довелось стать участниками торжественной встречи посольства императора Священной Римской империи Леопольда, состоявшейся в мае 1661 г. При въезде в город за посольской каретой следовали две конные сотни Государева полка и Стремянной приказ, за которым шествовал «другой стрелецкий полк в голубой одежде с десятью знаменами, головою которого был Матвей Спиридонов». Далее шли многочисленные отряды различных военных и придворных чинов в разноцветных богатых одеждах. Так описыват участие в процессии местных стрельцов ее очевидец — пленный поляк М.Обухович107.
К концу 60-х годов парадное служилое платье приказа Спиридонова имело «осиновый» цвет. По документам известно, что сукно на новые кафтаны московские стрельцы получили в 1666 г., по случаю рождения царевича Ивана Алексеевича.
Раздача «киндяков» продолжалась до лета следующего года по мере возвращения в Москву отдельных приказов и сотен, находившихся ранее на службе в разных местах. В июне 1667 г. было выдано сукно и сотне спиридоновских стрельцов, вернувшихся из Казани, где они несли службу в составе тысячного сборною приказа. Через восемь месяцев уже весь приказ был послан на Украину, в поход против запорожцев гетмана И.Брюховецкого в составе полка боярина и воеводы князя Ю.А.Долгорукого.
В начале 70-х годов ведать бывшим приказом Спиридонова было поручено полуголове Стремянною приказа Семену (Ивану) Федоровичу Грибоедову. С марта 1673 г. его стрельцы несли службу в черкасских городах, сначала в Севске, а затем в Каневе, в полку стольника и воеводы князя Р.Г.Ромодановского. В это время численность приказа составляла 784 человека™. Более двух лет С.Ф.Грибоедов руководил местными стрельцами, одновременно оставаясь в должности полуголовы стремянных. Только в мае 1675 г., после проведения новых назначений в Стремянном приказе, он формально вступил в должность головы. В 1677 г. Семенов приказ Грибоедова, насчитывавший 600 человек, действовал против турецких войск в составе полка воеводы князя Г.Г.Ромодановского. Накануне похода 1679 г. С.Ф.Грибоедов был назначен командовать бывшим приказом С.И.Янова.
О службе полка в последующие годы и его участии в стрелецкой смуте 1682 г. ничего неизвестно. После ее окончания новым командиром полка становится стольник и полковник Анисим Леонтьевич Мертвой, под командованием которого в 1683 г. полк был отправлен на службу в Царицын. В середине 80-х годов его сменил стольник и полковник Иван Матвеевич Спиридонов т — сын бывшего головы местных стрельцов М.Н.Спиридонова. В 1689 г., в дни противостояния царя Петра Алексеевича и царевны Софьи, полк Спиридонова оставался в стороне от происходивших событий. Сам полковник открыто занял сторону молодого государя в последние дни августа, явившись в Троице-Сергиев монастырь в числе других стрелецких начальников, подчинившихся воле Петра. Вслед за своим командиром 1 сентября в Троицу отправилась делегация выборных от полка в составе пятисотенного, двух сотников, 6 пятидесятников и 25 рядовых. На следующий день И.М.Спиридонову и полковнику С.Г.Сергееву было поручено выступить в Москву и арестовать там Ф.Л.Шакловитого и его сообщников, а затем доставить их в монастырь. Для выполнения задачи полковникам были приданы 40 стрельцов разных полков. Однако тогда этот приказ они так и не смогли выполнить.
После расправы над сторонниками своей властолюбивой сестры, царь Петр Алексеевич щедро одарил верных ему стрелецких начальных людей. И.М.Спиридонову были пожалованы 109 четей пашни в Арзамаском уезде из бывших владений опального князя В.В.Голицы-на и московский двор М.Гульского, сосланного в Сибирь. Конфискованный в казну двор был дан полковнику по его челобитной, в которой он писал: «…и ныне, Государи, после его Мишки, двор остался на Сретенке, в Кисельном переулке, на тяглой земле; а на том дворе стоит караул. А у меня, холопа вашего, московского своего дворишки нет, скитаюсь многое время меж двор…»1’0. Однако основательно обжиться в своих новых владениях Спиридонову так и не удалось. К осени 1690 г. его полк уже находился в Терках на понизовой службе.