За эти «воровские слова» он был приговорен к вырезанию языка и ссылке на вечное житье «в новое городище, на черту».
Подобными мерами правительству удалось не допустить новых волнений в столице, и жизнь в городе постепенно вошла в обычную колею. Вернулись к своим привычным занятиям и стрельцы Лопухина, остававшиеся на гарнизонной службе в Москве. В это время в их слободе развернулось большое строительство. За период с 1648 по 1650 год руками стрельцов были заново отстроены приказная съезжая изба и приходской храм Николая Чудотворца — небесного покровителя русского воинства, чье заступничество было столь необходимо в нескончаемой веренице войн, которые вела Россия с многочисленными врагами
Новое испытание настало в 1654 г. Грянула очередная война с Польшей, растянувшаяся на долгие годы. В отличие от большинства московских стрелецких приказов, вошедших в состав русского войска, которое возглавил лично царь Алексей Михайлович, приказ Лопухина остался на службе в столице. Здесь многие его стрельцы разделили участь тысяч москвичей, ставших жертвами страшного бедствия — «морового поветрия», посетившего Москву в том же году. Даже спустя несколько лет многие выморочные стрелецкие дворы еще стояли пустыми. Те же стрельцы, кого пощадила чума, вскоре покинули свои семьи и выступили в поход к западным рубежам страны.
Приказ Лопухина отличился во время кампании 1655 г., находясь на гарнизонной службе в отвоеванном у поляков Могилеве. Его стрельцы совместно с приказом Логина Оничкова с февраля по май отбили шесть приступов отборных войск гетманов Гонсевского и Радзивила, вынудив неприятеля отступить с большими потерями. После отступления поляков Лопухин докладывал в Москву, что в его приказе убиты сотник И.Кожевников и 19 стрельцов, еще 95 человек умерло в осаде от ран и болезней. Не считая группы раненных, отправленных в тыл с провожатыми после первых боев, к 9 мая было ранено еще 24 стрельца. В строю оставалось всего 290 человек, из которых большинство болело цингой123.
После возвращения приказа в Москву А.Н.Лопухин был пожалован чином полковника, а его стрельцы получили передышку, длившуюся более двух лет. С сентября 1658 г. приказ Лопухина в составе полка воеводы князя Ф.Ф.Куракина участвовал в боевых действиях против крымского хана и запорожских черкас гетмана И.Выговско-го, отложившегося от Москвы. За этот поход полковник и стрелецкий голова А.Н.Лопухин 23 февраля 1660 г. был пожалован ковшом, сороком соболей и придачей к денежному окладу в 20 рублей. Сверх того ему было дано 600 ефимков на приобретение вотчины.
Следующие три года стрельцы Лопухина несли гарнизонную службу в столице. Во время бурных событий 25 июля 1662 г. приказ был поднят по тревоге и направлен для наведения порядка в Китай-город, где в тот момент происходили погромы богатых дворов и торговых мест. Отличился в этот день караул приказа Лопухина, стоявший у Яузских ворот, которым командовал пятидесятник Ивашка Дмитриев, Его стрельцы задержали несколько десятков грабителей и мародеров, в том числе восьмерых своих однополчан, позднее сосланных в Терки.
Осенью 1663 г. приказ был вновь послан на Украину и вскоре оказался в эпицентре военных действий. Стрельцы Лопухина и местные казаки сыграли ключевую роль в героической обороне небольшого городка Глухова. Весь январь 1664 г. многотысячное войско польского короля Яна Казимира пыталось овладеть далеко не самыми сильными укреплениями «крепостцы», но так и не смогло преодолеть стойкость русско-украинского гарнизона. После полевого сражения с подошедшими царскими полками изможденные долгой осадой поляки были вынуждены отступить за Десну.
Дальнейшая история приказа Лопухина была наполнена событиями вполне обыденными для стрелецкой службы. Во второй половине 60-х годов его стрельцы участвовали в операции по поимке разбойников в Переяславе-Залесском, очищали от раскольников окрестности Суздаля и Нижнего Новгорода, несли городовую службу в Астрахани, воевали против запорожских черкас гетмана И.Брюховецкого, Из последнего похода в столицу не вернулось более двух десятков стрельцов Аврамова приказа Лопухина, вдовам которых из казны была выплачена компенсация в размере полутора рублей на человека.