В период русско-турецкой войны в командовании приказом произошли изменения. К началу кампании 1678 г. полк возглавил стольник и полковник Иван Федорович Нелидов, бывший полуголова Федорова приказа Лопухина. В его подчинении оставалось всего 624 стрельца, принявших участие в обороне Чигирина. Весной 1682 г. Нелидов разделил судьбу стрелецких командиров, попавших в немилость к взбунтовавшимся стрельцам. 1 мая отстраненного от должности командира приказа сменил стольник и полковник Андрей Иванович Нармацкой'29, стрельцы которого приняли активное участие в событиях 15 мая. По мере стабилизации обстановки в столице, власти поспешили удалить полк Нармацкого, который осенью 1682 г. был выслан на службу в Брянск.
Здесь, вдали от Москвы, была проведена чистка стрелецких рядов от «негодных» стрельцов, представлявших потенциальную угрозу спокойствию в столице. Из 650 человек на вечной службе в черкасских городах были оставлены 139 стрельцов полка Нармацкого. В Москву полк вернулся к декабрю 1683 г. и в новой росписи Стрелецкого приказа по приговору Боярской думы получил шестой номер. Крупное событие в жизни местных стрельцов произошло в 1688 г., когда очередной грандиозный московский пожар полностью уничтожил их слободу. В отчете об опустошениях, нанесенных пожаром, значилось, что в Андрееве полку Нармацкого, у церкви Николая Чудотворца, погорели 9 дворов церковных причетников, 509 дворов стрелецких, 57 дворов отставных стрельцов, 55 дворов вдовьих и 2 торговые бани ™.
Но жизнь в слободе не замерла. Через год местные стрельцы стали свидетелями непримиримой борьбы за власть, развернувшейся в столице в августовские дни 1689 г. Большинство из них не догадывалось, что в реализации своих планов заговорщики рассчитывали задействовать и их однополчан. Еще в первые дни августа по приказу Ф.Л.Шакловитого местный стрелец Сережка Лучников под покровом ночи собрал на одном из дворов несколько десятков своих сослуживцев. Дальнейших распоряжений стрельцы прождали до рассвета, но, так ничего не дождавшись, разошлись по домам, Выступление произошло 8 августа, когда полк Нармацкого стоял на стенном карауле в Кремле. Последующие события хорошо известны. Очевидный крах планов заговорщиков подтолкнул многих поспешить выразить свои верноподданнические чувства царю Петру Алексеевичу, находившемуся в Троице-Сергиевом монастыре. Вслед за стрельцами других полков туда отправилась и делегация выборных от полка Нармацкого. Возглавил ее пятисотенный Н.Чулошников, который привел с собою 58 стрельцов и 15 полковых извозчиков.
О дальнейшей судьбе здешнего полка сведений не сохранилось. В 1692 г. прихожанами местной Никольской церкви, что в Старых Кошелях, было начато строительство ее нового каменного здания, завершившееся только в 1706 г. К этому времени стрелецкой слободы близ устья Яузы уже не существовало, как и не существует сегодня и самой церкви, снесенной в 1937 г.
Одна из самых поздних и наименее известных стрелецких слобод располагалась за пределами Земляного города, на левом берегу Яузы, в приходе церкви Живоначальной Троицы на Старых Ямах, где в старину находилось одно из поселений ямщиков. В середине XVII века здесь существовала Иноземная греческая слобода, на месте которой в 1671 г. были поселены московские стрельцы. Эта датировка, приведенная в одной из работ известного историка Москвы
С.К.Богоявленского, вполне достоверна, так как известно, что в разгар разинского бунта в столице, за чертой Земляного города, правительство расселяло новые стрелецкие приказы. В то же время однозначных документальных свидетельств о времени основания этого поселения заяузских стрельцов нет. Возможно, его появление было связано с устройством новых проломных ворот в укреплениях Земляного города, через которые протянулся более короткий путь, соединивший Яузские ворота Белого город а с Владимирским трактом.
Не сохранилось никаких сведений и о первых десятилетиях истории местного стрелецкого полка. Известно лишь, что во второй половине 90-х годов им командовал стольник и полковник Мартемьян Федорович Сухарев ш, стрельцы которого приняли участие во втором Азовском походе, а затем и в триумфальном шествии через Москву, состоявшемся в сентябре 1696 г. Как и все участники этой победоносной кампании, местные стрельцы получили от государя по золоченой копейке, а их командир 30 червонцев и «косяк камок». Вскоре после этих событий прихожане Троицкой церкви начали строительство каменного храма, завершившееся в 1697 г. Новая слободская церковь была освящена во имя св. Николая Чудотворца, которую в просторечии москвичи прозвали Николой в Ямах.