Обязанности стрелецкого головы определялись наказами и памятями, выдававшимися Стрелецким приказом вновь назначаемым чинам. В первую очередь, новый голова должен был принять у своего предшественника все полковые дела: «судные вершеные и неверше-ные всякие дела», приказную казну, военные запасы, прочее имущество и дать в том расписку. Вступив в должность, стрелецкий голова проводил смотр личного состава, сверяя его с именными списками сотников и стрельцов, у которых он должен был также «ружья пере-смотрети налицо». Помощь командирам в ведении текущего делопроизводства оказывали сотенные дьячки, составлявшие приказную канцелярию.
Согласно стрелецким наказам каждый голова должен был держать «в своем приказе стрелцов всегда полное число», для чего ему вменялось в обязанность «на мертвых и на выбылых стрелцов место прибирать» новиков, соответствующих определенным требованиям. Старший командир лично отвечал за военную подготовку своих подчиненных. На нем же лежала обязанность «ото всяких обид стрелцов беречь», а также смотреть за тем, чтобы сами стрельцы соблюдали установленные порядки, «людей по дорогам не били и не грабили и кормов своих и подвод ни у кого силно не имали, и на государевой службе потомуж на станах стояли смирно, а ни в чем бы обид и на-силства никому не чинили». Для разрешения возможных конфликтных ситуаций между стрельцами и сторонними людьми, среди самих стрельцов голова наделялся широкими судебными полномочиями. В его обязанности входило «судить и управу меж ними чинить в правду до чего доведется, опричь татбы и разбоя». «Спорные большие дела» передавались в вышестоящие инстанции. Чиня сыск и расправу, голова имел право бить виновных стрельцов батогами или кнутом, смотря по вине, сажать в тюрьму на несколько дней, делать вычеты из их денежного жалованья.
В дни выдачи государева жалованья стрелецкий голова должен был неотлучно находиться у раздачи и следить за тем, «чтоб стрелцы государева жалованья не вылагали и на новиков сполна не имали, а имали б в правду, кто с которого числа в стрелцы стал»10. Деньги и хлеб выдавались в стрелецкие приказы по сотням сполна, что создавало возможность для различных злоупотреблений, Несмотря на то, что стрелецким головам наказывалось «хотети прибыли во всем государю», составители наказов понимали, что соблазн был слишком велик. Стрелецким командирам запрещалось брать со стрельцов какие-либо «посулы и поминки», «корыстоваться вы-четными денгами», привлекать стрельцов на работы без найма. За подобные вины и служебное «небережение» голове и сотникам грозило «быти в великой опале и казни».
Находясь со своими приказами на дальних службах, стрелецкие головы и полковники подчинялись городовым либо полковым воеводам. Без их ведома командиры стрелецких приказов не имели права сноситься с Москвой по каким-либо служебным делам. Воеводы должны были следить за военной подготовкой стрельцов и в случае «нерадения» командиров могли «писать на стрелецких голов» столичным властям или наказывать их своею властью. Вопросам боеготовности пехотных частей царь Алексей Михайлович уделял самое пристальное внимание. В личном послании к одному из воевод он напоминал о том, что «полковником и головам стрелецким надобно крепко знать тое меру, как велеть запалить, а что палят в двадцати саженях, и то самая худая, боязливая стрельба, по конечной мере пристойно в десять сажень, а прямая мера в пяти и трех саженях, да стрелять надобно ниско, а не по аеру [по воздуху]» ".
Во время несения службы в столице старшие стрелецкие командиры подчинялись только начальнику Стрелецкого приказа, через которого их регулярно привлекали для выполнения различных придворных служб. Головы и полуголовы, свободные от караулов и иных «посылок», являлись непременными участниками царской свиты в дни торжественных выходов государей. Нередко старшие стрелецкие чины назначались приставами к иностранным послам и были обязательными участниками церемоний их приемов в царском дворце. Накануне таких аудиенций все лестницы и рундуки парадного входа, через который должны были проследовать послы, украшались турецкими коврами, разноцветными атласами и бархатами. У нижнего деревянного рундука по обе стороны стояли десятки сокольников с нарядными протазанами. За ними на Постельном крыльце располагались стрелецкие полуголовы и сотники. Выше, на среднем крыльце деревянной лестницы, стояли стрелецкие головы, которые первыми без объявления «витались» с послами, приветствуя их пожеланиями долгой жизни и здравия. На верхнем дворе, что от Спаса послов ожидали полковники и головы стрелецкие «головных» приказов, также «витавшиеся» с иноземцами. Далее на их пути к приемному залу стояли государевы комнатные люди и прочие высокие чины, в соответствии с придворной иерархией».