Такой порядок размещения отдельных государственных учреждений просуществовал до весны 1670 г. К этому времени здание Приказов, построенное еще при Борисе Годунове, в конец обветшало и стало небезопасным для пользования. 14 марта последовал указ о переносе заседаний и всех дел в иные места9. Вплоть до 1677 г, чинам, служившим в Стрелецком приказе, приходилось довольствоваться отдельно стоящим зданием, примыкавшим со стороны Спасской улицы к Мстиславскому двору. Возможно, какие-то помещения были выделены стрелецким приказным людям и на Лыкове дворе близ Никольских ворот.
Медленное обрушение приказных палат было процессом частным, но весьма символичным. Постепенно ветшало все дедовское здание государственной власти в Московском государстве. На протяжении всего XVII века запутанная и закоснелая система приказной администрации, пораженная взятничеством и кумовством, не раз демонстрировала неспособность решать важнейшие государственные задачи. Подобное произошло и в середине столетия, когда казне потребовались дополнительные средства в связи с подготовкой к очередной войне с Польшей.
Нехватку отечественного серебра правительство попыталось восполнить выпуском в оборот медных денег, принудительно приравненных по курсу к серебряным. Очень скоро нашлись люди, разглядевшие в этом нововведении, возможность погреть руки, благо медь была материалом доступным. Под патронажем высокопоставленных особ казенный Денежный двор начал штамповать неучтенную медную монету по заказу частных лиц, поставлявших мастерам свой металл.
К концу 1660 г. модный рубль обесценился вдвое, а в 1663 г. за один серебряный рубль давали медью уже 12–15 рублей. Проведенное позднее следствие показало, что в этом «воровстве» имел свой интерес даже сам боярин И.Д.Милославский, но на этом дело постарались замять.
Весьма нерасторопно действовал глава Стрелецкого приказа и во время событий конца июля 1662 г. Властям было хорошо известно о настроениях, господствовавших среди черни. Постоянно растущие цены, непосильные поборы по случаю затянувшейся войны с Польшей доводили народ до отчаяния. Исподволь зревшее недовольство вырвалось наружу 25 июля. Чтение на Лубянке прохожими людьми «подметных листов», обличавших боярские измены, постепенно переросло в стихийный митинг, а затем и в массовое шествие к селу Коломенскому, где в то время находился царь Алексей Михайлович со своим двором. Все это происходило на глазах стрельцов Стремянного приказа, одна из слобод которого располагалась вблизи от эпицентра событий.
Только в полдень, получив вести от гонцов, в Коломенское двинулись первые стрелецкие приказы Семена Полтева и Артамона Матвеева. К загородной резиденции стрельцы прибыли в тот момент, когда к государю уже подступала новая толпа москвичей, требовавшая выдачи бояр-изменников. По приказу Алексея Михайловича подоспевшие стрелецкие подразделения совместно со стремянными стрельцами, находившимися при царе, принялись гнать и рубить безоружную толпу, Несколько сотен человек погибло под ударами бердышей и сабель. Более тысячи было схвачено и отправлено для дальнейшего розыска в Николо-Угрешский монастырь в сопровождении стрельцов Борисова приказа Бухвостова, прибывших в Коломенское вскоре после завершения бойни.
Не смогли пресечь стрелецкие власти и массовых беспорядков, вспыхнувших в самом городе. В ходе погромов, прокатившихся по Москве, были разграблены многие богатые дворы и торговые места. Лишь спустя некоторое время стрельцы шести приказов начали аресты участников бунта. Еще три приказа, располагавшиеся в Замоскворечье, вообще не были задействованы в наведении порядка в столице. И все же только благодаря лояльности стрелецкого гарнизона правительство смогло избежать более тяжких последствий народных волнений. Сразу же по окончании смуты государь щедро жаловал своих стрельцов, которым было дано «но киндяку, по вершку шапошному суконному, денег по 3 и по 2 рубли».
События начала 60-х годов значительно подорвали положение некогда всесильного боярина И.Д.Милославского. После его отстранения от управления государственными делами осенью 1665 г. ведать Стрелецким приказом был назначен думный дьяк Александр Степанович Дуров. За время своей службы в приказной администрации он приобрел значительный опыт руководства стрелецким ведомством, прослужив в нем в разные годы в должности дьяка более шести лет. Впервые при династии Романовых руководить столь важным государственным органом был поставлен человек, не входивший в число именитых вельмож.