Назревавший кризис разразился в ночь с 7 на 8 августа 1689 г. От-кудд-то появилось подметное письмо, извещавшее о намерении Петра в эту ночь явиться с «потешными» в Москву и побить Софью, царя Ивана и многих других. По приказу Шакловитого в Кремль были стянуты дополнительные отряды стрельцов. Тем временем в селе Преображенском, где находился Петр, узнав о событиях в столице, начался переполох. В панике юный государь бросился наутек и укрылся за стенами Троице-Сергиева монастыря. Началось бескровное противостояние, длившееся почти месяц. Софья не стремилась предпринимать каких-либо активных действий против брата и надеялась, что поддержка ее со стороны стрельцов поможет ей примириться с Петром. Однако стрельцы, повинуясь царским указам, присылаемым из Троицы, оставили царевну. С каждым днем все большее и большее их число покидало город и присоединялось к приверженцам государя.
Развязка наступила 6 сентября. В Кремль явилась большая толпа стрельцов с челобитной о выдаче им Федьки Шакловитого. Получив отказ царевны, стрельцы стали шуметь и грозить бунтом. Оказавшись в одиночестве и осознав свое поражение, Софья смирилась и выдала стрельцам своего фаворита. На следующий день бывшего главу Стрелецкого приказа доставили в Троицу, где вскоре ему был вынесен смертный приговор. 12 сентября у стен монастыря Ф.Л.Шакловитому отсекли голову.
Царский указ о назначении нового главы Стрелецкого приказа был оглашен еще 8 сентября21. На эту ответственную должность был поставлен боярин князь Иван Борисович Троекуров, который сразу же предпринял необходимые меры по чистке стрелецких рядов от наиболее активных сторонников царевны Софьи. В ходе розыска по делу Федьки Шакловитого были казнены либо сосланы в Сибирь несколько десятков его единомышленников. Также был заменен целый ряд командиров московских стрелецких полков. В дальнейшем деятельность боярина на посту начальника Стрелецкого приказ вплоть до конца 90-х годов мало чем отличалась от традиционных обязанностей его предшественников. Среди обычных административных дел, розысков и наказаний по различным уголовным делам, разбиравшихся в Стрелецком приказе наиболее любопытен случай, произошедший в 1695 г, о котором поведал И.А.Желябужский.
30 апреля «закричал мужик караул, и сказал за собою государево слово, и приведен в Стрелецкий приказ и расспрашивал, а в расспросе сказал, что он, сделав крылья, станет летать, как журавль. И по указу великих государей сделал себе крылья слюдные, а стали те крылья в 18 рублев из государевой казны. И боярин князь Иван Борисович Троекуров с товарищи и с иными прочими вышед стал смотреть; и тот мужик, те крылья устроя, по своей обыкности перекрестился, и стал мехи надымать, и хотел лететь, да не поднялся и сказал, что он те крылья сделал тяжелы. И боярин на него кручинился, и тот мужик бил челом, чтоб ему сделать другие крылья ирше-ные [род замши]; и на тех не полетел, а другие крылья стали в 5 рублев, И за то ему учинено наказанье: бит батогами, снем рубашку, и те деньги велено доправить на нем и продать животы его и остатки»22.
Все это происходило на Ивановской площади — центре нотариального дела старой Москвы. Здесь, у самой колокольни Ивана Великого, была устроена особая палатка, в которой согласно Соборному уложению 1649 г. площадные подьячие составляли различные гражданские акты — купчие, дарственные и прочие официальные документы. Видимо, тогда же право совмещать эти должности с ратной службой получили московские стрельцы, ставившие под документами свои подписи — «писал Ивановской площади подьячий такого-то приказа (полка) стрелец имярек». Этим правом пользовались не только рядовые стрельцы, но и их начальные люди (десятники, пятидесятники и даже пятисотенные).
На этой же площади объявлялись вины, и вершились наказания виновных по различным судебным делам. Торговые казни происходили перед помещениями тех приказов, где проводился розыск. Наиболее громкие дела обычно разбирались в Стрелецком приказе, в котором проводились дознания как по уголовным, так и по политическим преступлениям. Так в 1691 г. была поставлена перед Стрелецким приказом на нижнем рундуке боярыня А.А.Хитрово, которой за неистовые слова против государя было сказано вместо смертной казни ссылка на вечное житье в Белоозерский монастырь. Однако с середины 90-х годов следственные функции по политическим преступлениям стали изыматься из стрелецкого ведомства и сосредотачиваться в Преображенском приказе, которым руководил князь Ф.Ю.Ромодановский — царский «шут» и палач, бесконечно преданный Петру.