Первыми на Красное крыльцо из «царских чертогов» вышли царица Наталья Кирилловна с царем Петром и царевичем Иваном, за ними «бояре и окольничие, и думные люди, и весь их государский сигклит, комнотные ближние быше с ними же». Дабы все могли лицезреть царя и царевича, мальчиков поставили на перила «у столпа от Грановитой палаты». Вход на крыльцо в это время был перекрыт запертой деревянной решеткой. Стрельцы желали убедиться в подлинности и здравии старшего брата и, «подставя лестницы, дерзали говорить с самими их особами царскими с великою невежливостью своею смелою и, как львы рыкая, нагло спрашивали его, царевича самого, что «он есть прямой царевич Иоанн Алексеевич? Кто его из бояр изменников изводит?». На эти вопросы Иван отвечал, «что он ни от кого никакой себе злобы не имел, и никто его не изводит, и жаловаться ни накого не может».
Убедившись, что перед ними оба государя, стрельцы «с плачем от радости великой поклонишася до земли и знамена и копия покло-нили». Не унимались только «пущие заводчики», которые кричали, что, хотя царевич и жив, пусть им выдадут всех «изменников». Выкрикивались наиболее ненавистные имена князей Долгоруких, князя Г.Г.Ромодановского, Нарышкиных и некоторых других. На эти призывы многие стрельцы «стали у копей отрубати концы, чтоб им в государевых хоромах недолги были древка копейные, чем бояр колоть». Несомненно, у «заводчиков» был наготове список «изменников», в котором, по некоторым данным, значилось до 40 фамилий.
Успокаивать мятежников из дворца вышли наиболее видные бояре: князь М.А.Черкасский, князь В.В.Голицын, князь И,А,Хованский, П.В.Шереметев Большой, которые «выговаривали» стрельцам, «что они напрасно помутилися, и про царевича государя им во всем солгали». Бояре напомнили о том, что правительство удовлетворило все их жалобы на полковников, и утверждали, что «за прошлые годы заслуженное жалованье, деньги и хлеб, указано выдать». Спустился к восставшим и боярин А.С.Матвеев, который проникновенно говорил о прежних заслугах и верности стрельцов государям. Многие из служилых людей вняли уговорам бояр и обратились к Матвееву с просьбой о заступничестве перед царской семьей. С этой вестью боярин поднялся к царице Наталье Кирилловне.
Старания придворных добиться успокоения, почти увенчавшиеся успехом, были перечеркнуты опрометчивыми действиями князя М.Ю.Долгорукого. Боярин вышел к стрельцам и стал указывать им «жестокими словами, чтоб они тотчас назад шли в свои полки из Кремля». Надменный тон ненавистного начальника вновь взорвал толпу. Стрельцы устремились к крыльцу и сбросили Долгорукого на копья, а затем иссекли его тело на части. Следующей жертвой рассвирепевших мятежников стал боярин А.С.Матвеев. Спасти царедворца попытался князь М. А.Черкасский, который упал на Матвеева и закрыл его своим телом. Но мятежники, изодрав на Черкасском всю одежду, вытащили из-под князя свою жертву. В сумятице едва не был убит глава Конюшенного приказа окольничий И.Т.Кондырев, получивший несколько ранений копьями. За него заступились некоторые стрельцы и люди «конюшенного чину» и тем самым уберегли придворного от расправы, Схваченного Матвеева стрельцы выволокли на площадь перед Богоявленским собором и изрубили на части,
Царское семейство поспешило удалиться в Грановитую палату «с ужасом и плачем горьким», а придворные «начата бежати и хоро-нитися, кто камо возможе». Вслед за ними в узкие коридоры дворцовых покоев ворвались самые отчаянные стрельцы, Другие, «яко на приступ, вверх по лестницам идяху в царские чертоги», «Изменников» искали повсюду: под кроватями, в чуланах, за церковными алтарями… Попавшегося на встречу стольника Ф.П.Салтыкова восставшие приняли за Ивана Нарышкина и убили. Позднее, обнаружив свою ошибку, они отвезли его тело отцу, перед которым повинились. По традиции старый боярин П.М.Салтыков угостил пришедших вином и пивом. Место, где прятался истинный И.К.Нарышкин, стрельцы так и не обнаружили, но им удалось найти его брата Афанасия. На него указал дворцовый шут-карлик по прозвищу Хомяк. Брат царицы скрывался под престолом церкви Воскресения Христова на сенях, откуда его выволокли и забили до смерти. Затем бездыханное тело сбросили на площадь. В одной из печных труб мятежники обнаружили бывшего стрелецкого полковника — стольника А.С.До-хтурова, которого тут же иссекли бердышами. Его участь разделил и схваченный Г.И.Горюшкин. Однако большинства ненавистных бояр и думных людей восставшим во дворце сыскать так и не удалось.