Добившись от государынь обещания на следующий день исполнить их требование, мятежники стали покидать площадь, расставив вокруг дворца многочисленные караулы. На пути из Кремля стрельцы заявились на подворье патриарха «во всем оружии и грозяху не токмо его домовым служителем, но и самому копьями и бердыши, чтоб выдал изменников, у него во дворе хоронящихся, которых ни единаго не было, и всюду по погребам и по местам всем, и по сундукам, и по постелям непрестанно и по подмостыо искали». Окончив обыск, часть стрельцов направилась ко двору боярина К.П.Нарышкина и, не застав там никого, «имение же их все разграбиша, вынесши из кладовых палат, посреди двора покладши». Другая группа двинулась к дому боярина князя Ю.А,Долгорукого, чтобы расправиться с ненавистным начальником Стрелецкого приказа. Но по дороге стрельцы раздумали сводить счеты с немощным, тяжелобольным стариком. Войдя в дом боярина, мятежники просили у хозяина прощение за убийство сына «за то, что он слишком грубо отзывался об их правом деле». Долгорукий мужественно перенес эту весть и велел поднести убийцам вина и пива. Когда же стрельцы покинули двор, князь со злобой сказал безутешной невестке: «Щуку убиша, а зубы осташася». Об этих словах боярина стрельцам поспешил донести один из холопов Долгорукого. Бунтовщики в ярости бросились назад, вытащили князя во двор и изрубили на части, Затем его тело выволокли за ворота, бросили на навозную кучу, а сверху положили соленую рыбу. В тот же день стрельцы расправились с еще одним «изменником» — думным дьяком А.С.Кирилловым, который был взят под стражу 15 мая. Все это время в царском дворце с ужасом ожидали наступления следующего дня, когда должна была решиться участь Нарышкиных.
Утром 17 мая стрельцы в третий раз подступили к «царским чертогам». Всем находившимся во дворце стало очевидно, что отец и братья царицы обречены. И все же после долгих переговоров Наталье Кирилловне удалось упросить стрельцов сохранить жизнь отцу и трем младшим братьям (Льву, Мартемьяну и Федору). Мятежники «простили» К.П.Нарышкина с условием постричь его и сослать «в пустоозерские пределы». Подлежали ссылке и его младшие сыновья. Не было пощады только И.К.Нарышкину. О помиловании боярина с иконами в руках выходили просить царевич Иван Алексеевич с сестрами-царевна-ми, которые «им, окаянным, трижды поклонишася, но не упросиша». Страсти накалялись, и тогда царевна Софья твердо заявила Наталье Кирилловне, «что никаким образом того избыть невозможно». Вторил царевне и боярин князь Я.Н.Одоевский — человек «гораздо боязливый и торопкий»: «Сколько вам, государыня, ни жалеть, отдавать вам его нужно будет; а тебе, Ивану, отсюда скорее идти надобно, нежели нам всем за одного тебя здесь погубленным быть».
Перед выдачей Нарышкина исповедовали, причастили и соборовали в церкви Спаса за Золотою решеткою. Софья вручила Наталье Кирилловне чудотворную икону с надеждой, что стрельцы «устрашатся» явления святыни и помилуют царицына брата. Выводили на крыльцо Ивана Нарышкина сама царица и его мать Анна Леонтьевна, С великим криком «яко пси во время ловительства» встретили восставшие выход боярина. Стрельцы схватили Нарышкина, но не растерзали, а потащили в Константиновский застенок. Там «изменник» должен был признаться в своих преступлениях и тем самым оправдать действия мятежников. Но палачей ожидало разочарование. Иван так и не проронил ни одного слова. В тот же день в застенок был доставлен доктор-«жидовин» Даниил фон Гаден, пойманный в Немецкой слободе. Не выдержав истязаний, он дал нужные показания о преступных замыслах против членов царской семьи. Казнь обоих «государственных преступников» состоялась на Красной площади 18 мая. Были преданы смерти и их «подручные» — доктор Ян Гутман и сын фон Гадена Михаил.
Пролив изрядно крови, стрельцы начали «пить и бражничать» и, «по граду ходяще, без всякого опасения з женами кричать и нелепая словеса глаголити». В гордыне своей пожелали они отныне именоваться «государевою надворною пехотою, а не стрелцами». Того же 18 мая служилый люд бил челом царю Петру Алексеевичу и государыням царевнам о пострижении боярина К.П.Нарышкина. Для переговоров о дальнейшей судьбе деда царя на Постельное крыльцо вышла царевна Софья, «которая стрельцам говорила многое время». Сам боярин стоял при этом на нижнем рундуке. Было решено постричь старика в Чудовом монастыре и в тот же день отправить на житье в Кирилло-Белоозерский монастырь. Сопровождали инока Ки-приана и его младшего сына Федора думный дворянин И.П.Лихарев и вооруженный конвой из 50 стрельцов.