Несомненно, за всеми этими назначениями и кадровыми перестановками стояла самая энергичная представительница царского дома царевна Софья Алексеевна, которая внимательно следила за царившими в столице настроениями и порой была вынуждена действовать вопреки своей воле. Однако государыня не упускала возможности упрочить свои позиции, чему должен был способствовать князь В.В.Голицын, ставший фактическим главой нового правительства. С царевной Софьей боярина связывали не только общие политические цели, но и давние личные симпатии. На стороне Голицыных-Милославских были и многие представители старинных боярских фамилий,
Окончательно новая структура власти сложилась после того, как 23 мая стрельцы вновь подступили к Красному крыльцу и «велели» боярину князю И.А.Хованскому «доложить государыням царевнам, что во всех их стрелецких полкех хотят и иных чинов многие люди» желают видеть на Московском царстве двух царей: первым — Ивана Алексеевича, вторым — его младшего брата Петра. Подавали прошение выборные стрельцы от всех полков, которые предупредили, что если это требование выполнено не будет, то «будет мятеж немалый».
Обсуждение челобитной в высших придворных кругах длилось три дня. Окончательное решение по этому вопросу было принято 26 мая на совместном заседании Боярской думы и освященного собора во главе с патриархом. Около Грановитой палаты «за переградою» оглашения вердикта ожидали выборные от стрелецких приказов, солдат, гостей, торговых людей Гостиной и Суконной сотен и всех черных слобод. После провозглашения царями Ивана и Петра государи жаловали служилых людей и велели «поить и кормить» их с царского стола по два полка в день. В тот же день все участники заседания Боярской думы били челом царевне Софье Алексеевне с просьбой «правити Российское царствие» в силу малолетства обоих государей. Отдавая дань придворному этикету, Софья в течение нескольких дней отказывалась от предложения, но, в конце концов, изволила «тот превеликий труд восприяти».
Казалось, что цели противников Нарышкиных были достигнуты, но тревога не покидала правящую верхушку. Власти беспокоили вести о том, что боярские люди к стрельцам «приобщаются в совет, чтоб им быти из домов свободны». Наиболее обездоленная часть холопов помнила об обещаниях восставших, данных 15 мая, и пыталась через их содействие добиться своего освобождения. 26 мая, в день объявления Ивана Алексеевича первым царем, «били челом великим государем люди боярские розных домов о свободе, чтоб быть безка-бально, и воровские отставные челобитные подносили», Эта акция была грубейшим нарушением существовавших порядков, так как досрочное прекращение действия кабальных договоров могло быть достигнуто только на основании прошений самих господ. Естественно, в ответ правительство распорядилось учинить сыск «про воровскую челобитную и промысел», а стрельцам было приказано холопов-че-лобитчиков ловить и но приводу «их пытать и казнить, а иных бить кнутом». Но это распоряжение скорее являлось грозной декларацией, нежели руководством к действию.
Рядовой служилый люд не желал вступать в конфронтацию с простонародьем. Сохранилось достаточно свидетельств о том, что многие холопы «взяли у бояр отпускные за страхованием». Не раз заступниками боярских людей перед их господами и приказными судьями выступали сами стрельцы, которые «грозяще копиями заклати» добивались освобождения свойственников и земляков. По многим делам холопы получили отпускные без государева указа по личному «приговору» князя А.И.Хованского. Немалое число мятежники «присовокупляще к себе от господ беглых рабов в стрельцы», вместе с которыми ходили по дворам взыскивать долги.
Правеж «начетных денег» продолжался на протяжении всего лета. К ответу были привлечены десятки лиц разных чинов и, прежде всего, бывшие стрелецкие и солдатские начальники. Одному из них, ИАМещеринову, служившему головою в одном из московских приказов в 50 -60-е годы, претензии предъявили стрельцы сразу шести полков. В общей сложности с него было доправлено более 5660 рублей, причем по отдельным искам Мещеринову удалось договориться со стрельцами «полюбовно» и значительно уменьшить запрашиваемые суммы. Не отставали от своих бывших однополчан и отставные стрельцы, которые с монастырских стряпчих «имали многие взятки денгами, рублев по пятисот и болыпи с человека». Власти закрывали глаза на самоуправство восставших, что создавало видимость их полного всесилия. Мятежники открыто говорили, «что теперь наша воля» и «что нас все боятся». Однако многие понимали, что такое положение дел не может оставаться вечным, и не без основания опасались мести униженного дворянства.