Группа стрельцов бросилась бежать к Москве, где они «сказали, что бутто уже тех их товарищей всех переказнили». Не поддавшиеся панике стрельцы продолжили путь, но шли вперед, «яко на смерть».
В Троице уже знали о колебаниях среди выборных и ради успокоения делегации отправили ей навстречу «с государскими милостивыми словами» стольника И.И.Нармацкого. Ранним утром 27 сентября «лутчие люди» надворной пехоты вступили в резиденцию государей. В тот же день в Москву было послано распоряжение боярину М.П.Головину: известить стрельцов и солдат о том, что их выборные пришли к Троице «в целости», а беглецов, бежавших с дороги, велено было «изымать» за то, что ложными словами «всеми полками возмутили и учинили всполохи большие».
Пока городские власти успокаивали столичный гарнизон, в монастыре к представителям мятежников обратилась лично царевна Софья. Государыня стала резко выговаривать стрельцам за их неповиновение. В ответ выборные винились перед правительницей и преподнесли ей письменную сказку от имени всех стрельцов, солдат, пушкарей, гранатников, воротников и ямщиков, в которой говорилось: «Деды, отцы, дядья и братья наши и мы государям служили и ныне служим и работаем всякие их государские службы бе-зызменно, и впредь работать безо всякой шатости рады; услышим от кого-нибудь из нас или от иных чинов людей злоумышленные слова на государское величество, на бояр, думных и ближних людей, таких будем хватать и держать до указу, как будут государи в Москву из похода; а у нас никакого злоумышления нет и вперед не будет; ратная казна, которую мы взяли, пушки, порох и свинец теперь в полках в целости; полки, которым велено идти в Киев на службу, готовы»9.
На эти обещания Софья высказала удовлетворение и потребовала по возвращении в Москву добиться от своей «братьи» обязательного выполнения целого ряда требований: 1) «круги злосоветные по-казацки» отставить; 2) ружейную стрельбу в городе прекратить; 3) сдать самовольно взятое из казны оружие; 4) явиться вновь к Троице с «виновными челобитными». Выборные поспешили дать свое согласие: «Все по воле вашей государской сотворим», — и отправились обратно в столицу.
Выждав некоторое время, 29 сентября правительство направило в Москву боярину М.П.Головину распоряжение: «без мешко-ты» собрать и отправить в монастырь новую делегацию выборных «с челобитными за своими и отцов своих духовных за руками», в которых должны были быть указаны лица «от кого у них в полкех нынешняя смута учинилась». Далее следовал перечень мер по наведению порядка в городе. Для их выполнения боярская комиссия «на их государском дворе», ведавшая городским управлением на время отсутствия государей, наделялась широкими судебноисполнительными функциями и стала именоваться «для расправ-ных дел» 10. Формально в ее состав входили двое бояр: князь Ф.Ф.Куракин и М.П.Головин; окольничий Б.Ф.Полибин, думный дворянин И.И.Сухотин и думный дьяк И.Горохов. Однако из-за всеобщего «страхования» большинство бояр, думных и приказных людей из столицы разбежалось, и вся организация работы комиссии легла на плечи боярина М.П.Головина и думного дворянина И.И.Сухотина. Своей властью боярин привлек к работе комиссии двух дьяков И.Максимова и П.Оловянникова.
Впоследствии деятельность Головина на посту главы комиссии получила высокую оценку не только от официальных властей, но и в отзывах современников. «Непоколеблемо» боярин «по всей своей возможности подчинял и приводил стрельцов в прежнее и достодолжное их во всем послушание и в надлежащую покорность. Убитых бояр в домах в тот их стрелецкий бунт расхищенные ими пожитки, по доводам сысканные, назад всем возвращал и в царскую казну по росписям отсылал, за которое то правосудие свое и честное правление от всех был почетен», — писал А.А.Матвееви.
В Москве началось освобождение задержанных стрельцами в разное время людей различных званий, содержавшихся в приказе Надворной пехоты и на полковых съезжих избах. Среди прочих на свободу были выпущены несколько холопов боярина князя М.И.Лыкова, проводившего арест Хованских, и солдатский полуполковник — иноземец Д,Цей. В это же время на своем московском дворе был взят под стражу князь И.И.Хованский. Руководили арестом дьяк И.Максимов и стрелецкий полковник И.А.Огибалов, в подчинении у которых находилось два капитана и 20 стрельцов со «стенного караула». Были также задержаны еще пять человек, причастных к волнениям последних дней. 2 октября в сопровождении стрелецких полковников С.Е.Полтева, В.А.Лопухина, полуполковников Ф.А.Колзакова, И.К.Нечаева и 20 стрельцов все они были доставлены в Троице-Сергиев монастырь. Уже на следующий день князю И.И.Хованскому был вынесен приговор, по которому он вместе с семьей подлежал ссылке в Якутск.