Государь с большой неохотой возвращался в Москву, где сразу попадал в сеть придворных интриг и тревожных слухов. Раздражение Петра росло, дело доходило до явных срывов. 8 июля, в день крестного хода из Кремля в Казанский собор, Петр потребовал от царевны Софьи, чтобы она не смела идти «за крестами». Однако государыня воспротивилась и с иконой в руках присоединилась к процессии. Взбешенный Петр покинул крестный ход и уехал в Коломенское. Желая унизить Софью, государь долго не подписывал указ о награждении участников второго Крымского похода и отказался принять князя В.В.Голицына и его воевод, пришедших благодарить государя за награды. В Измайлове Петр распорядился взять под стражу начальника Стрелецкого приказа Ф.Л.Шакловитого, который не выдал к розыску пристава Дмитриева полка Жукова
А.Стрижова, но вскоре его отпустили.
Напряжение нарастало. Софья боялась несдержанного характера своего сводного брата и искала защиту среди стрельцов. 25 июля, в день именин царевны Анны Михайловны, на которые должен был прибыть царь Петр, по указу правительницы у Красного крыльца тайно собрали 50 стрельцов. Караульным велено было по набату встать на защиту государыни, если над ней будет «хитрость чинится». Через два дня царевна жаловалась на царицу Наталью Кирилловну пятисотенным и пятидесятникам, сопровождавшим ее в походе к Новодевичьему монастырю, и говорила стрельцам: «Если мы вам годны, то стойте за нас, а если негодны, то мы оставим государство». Стрельцы изъявили готовность верно служить государыне, и им было велено ждать «повестки».
Поздно вечером 7 августа во дворце поднялась тревога. Откуда-то появилось подметное письмо, предупреждавшее о том, что ночью из Преображенского придут «потешные конюхи», чтобы побить царя Ивана и всех его сестер. Князь В.В.Голицын отдал распоряжение стрельцам Андреева полка Нармацкого, стоявшим на стенном карауле, закрыть все городские ворота. По приказу ФЛШакловитого на «опасный» Лыков двор были стянуты около трех сотен стрельцов Стремянного полка, полков Р.С.Ефимьева и Д.Р.Жукова. Еще сотню стрельцов Семенова полка Резанова разместили на Житном дворе у Боровицких ворот. Пятисотенному И.Елизарьеву, пятидесятнику И.Ульфову и еще нескольким начальным людям Стремянного полка было велено собрать на Лубянке три сотни стрельцов и ждать дальнейших распоряжений. Для большего «радения» командирам выдали по 25 рублей. Денщики начальника Стрелецкого приказа получили приказ отправиться в Преображенское и следить там за действиями царя Петра Алексеевича.
Большинство стрельцов, собранных в Кремле, не догадывались об истинных причинах тревоги. Говорили о каком-то шуме, учинившемся «в Верху». Только самые близкие к Шакловитому люди знали о готовившемся выступлении против младшего царя. Особенно неистовая пятидесятник Стремянного полка Н.Гладкой. Когда в Кремле появился спальник Петра Ф.Ф.Плещеев, караульные стащили его с лошади, а Гладкой принялся избивать придворного. Сопровождавших Плещеева холопа и двух «потешных» посадили «за караул» на Лыковом дворе, а самого спальника потащили в Золотую палату. Шакловитый полностью доверял Гладкому и рассчитывал через него запустить в действие весь механизм заговора.
Предполагалось направить к Преображенскому три сотни стрельцов Стремянного полка с верными людьми, где они должны были встать «под рощею», «умоста» и в неком «тайном месте». Дождавшись момента, когда царь поедет к Москве, стрельцы должны были известить об этом Шакловитого, а затем «побить» приближенных Петра, оставшихся в селе. Но, когда «в третьем часу нощи» Гладкой явился на Лубянку, он застал там «у лавочек» только группу доверенных командиров. Подручный начальника Стрелецкого приказа стал кричать на них, «что они так долго не едут», и заявил о готовности всех полков выступить по набату. Слободу Стремянного полка Гладкой покидал с уверенностью, что стрельцы выполнят отданный приказ, не зная о том, что в Преображенское уже отправились двое гонцов с вестью к царю Петру Алексеевичу об «умысле» на царские особы.