В загородную резиденцию Петра изветчики прибыли за полночь, когда государь уже почивал. Царя немедленно разбудили и сообщили о намерении стрельцов идти бунтом к Преображенскому. В полном смятении Петр выскочил из своей спальни и в чем был побежал к конюшне. Только укрывшись в ближнем лесу, царь несколько успокоился и, дождавшись, когда ему привезут одежду, в сопровождении постельничего Г.И.Головкина и еще двух человек «скорым ходом» отправился к Троице-Сергиеву монастырю. К вечеру 8 августа в Троицу прибыли родные юного государя, его ближние люди и «потешные» полки. Вслед за ними в монастырь выступил стрелецкий полк Л.П.Сухарева.
В Москве весть о поспешном отъезде царя из Преображенского вызвала замешательство. На утро стрельцам было объявлено, что если бы не предпринятые меры предосторожности, то царя Ивана Алексеевича и его сестер перебили бы «потешные конюхи». Начался розыск покинувших столицу стрельцов, которым были известны обстоятельства дела. В отношении полка Сухарева князь В.В.Голи-цын посоветовал подговорить стрелецких баб, чтобы те отправились к монастырю и уговорили мужей из похода сбежать.
Неуютно чувствовал себя в подмосковной обители и царь Петр Алексеевич. Молодой государь нуждался, прежде всего, не в военной помощи, а в поддержке опытных государственных деятелей, способных с честью вывести его из сложной ситуации. Из сотни придворных, последовавших за ним в Троицу, только трое — боярин князь М.А.Черкасский, кравчий князь БАГолицын и думный дворянин М.И.Глебов имели определенный вес среди столичной знати. Остальные лица, в силу своей молодости, имели невысокие придворные чины жильцов, стряпчих, стольников, многие из которых являлись родственниками Нарышкиных-Лопухиных. 9 августа Петр отправил в Москву грамоту, в которой спрашивал: «По какому поводу собраны в Кремле стрельцы?» Софья отвечала, что они должны сопровождать ее на богомолье в Донской монастырь. В другом послании, присланном в тот же день, государь потребовал отпустить к себе командира Стремянного полка И.Е.Цыклера с 50 стрельцами. Полковник уговорил царевну дать согласие и поспешил покинуть своих бывших покровителей, в конечном успехе которых он, не без основания, сомневался. Вслед за ним в Троицу потянулись другие участники заговора. В тот же день в монастыре объявились первые перебежчики — капитаны Василий и Филипп Сапого-вы. 10 августа о преступных замыслах начальника Стрелецкого приказа государя известила целая группа стремянных стрельцов во главе с пятисотенным И.Елизарьевым и пятидесятником И.Ульфовым. Из их сказок и изветов вырисовывалась довольно тревожная картина смятения стрелецкого гарнизона столицы.
Укрывшись за крепкими монастырскими стенами, Петр на несколько дней замолчал. В ожидании находилась и царевна Софья, понимавшая, что без ущерба для себя длительное время противостоять «второму» царю она не сможет. Лучшим выходом для нее было пойти на примирение с братом. 13 августа в Троицу по поручению правительницы отправился близкий Петру князь И.Б.Троекуров, который должен был склонить государя вернуться в Москву. Но эта миссия положительного результата не принесла, а через три дня в стрелецкие и солдатские полки из монастыря была доставлена грамота, с требованием направить к 18 числу в поход к государю начальных людей и по десять рядовых от каждого полка. Софья строжайше запретила стрельцам и солдатам покидать столицу, а по городу был распущен слух, будто бы грамота та прислана без ведома царя, по злому умышлению князя Б.А.Голицына. С объяснениями к Петру отправили «дядьку» царя Ивана боярина князя П.И.Прозоровского и царского духовника, через которых правительница надеялась достичь примирения. Посланцы вновь вернулись ни с чем, и тогда царевна решила прибегнуть к помощи своих теток и одной из сестер.
Из Троице-Сергиева монастыря обратно в Москву царевны Марфа Алексеевна, Анна и Татьяна Михайловны уже не вернулись. Точно неизвестно, были ли они удержаны силою, либо, поверив доводам Нарышкиных, остались добровольно, но в их лице Петр получил очень весомый козырь. Почва уходила из — под ног регентши. Со своею «печалью» она решила обратиться к патриарху Иоакиму, с которым у Софьи последнее время сложились весьма натянутые отношения. Согласившись оказать услугу для примирения сторон, 20 августа владыка покинул столицу. В ожидании прошло несколько дней, но патриарх так и не соизволил вернуться с ответом. Вместо него в московские слободы 27 августа была доставлена очередная царская грамота с указом «без мотчанья» прибыть в Троицкий поход всем «пятисотым, и приставам, и пятидесятником, и десятником». Такие же грамоты были вручены всем стрелецким полковникам, находившимся в Москве. Вместе со служилым людом к Троице призывались посадские старосты с 10 тяглецами от всех сотен и слобод. Ослушникам грозила смертная казнь.