Эти распоряжения были отданы в связи с тем, что 2 сентября в Москву для поимки Ф.Л.Шакловитого прибыли полковники С.Г.Сергеев и И.М.Спиридонов со сводным отрядом из 40 стрельцов. Софья не желала отдавать на расправу своего фаворита. Однако на следующий день Боярская дума, окончательно убедившись в победе Петра, приняла решение выдать заговорщиков «к великому государю в Троицкой поход». С известием о думском приговоре в монастырь отправился полковник Сергеев, но Шакловитый по-прежнему оставался на свободе. Царевна укрыла верного окольничего в дворцовой церкви св. Екатерины и до последней возможности упорствовала в его выдаче. Лишь после того, как б сентября к дворцу подступила большая толпа стрельцов и стала требовать отдать им Федьку, Софья смирилась и выдала своего любимца.
В тот же день по царскому указу в Троицу отправились все бояре и прочие думные чины. Царю Ивану Алексеевичу было отправлено послание Петра, в котором «второй» государь извещал брата о том, что теперь «настоит время нашим обоим особам Богом врученное нам царствие править самим, понеже пришли есми в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей с нашими двемя мужескими особоми в титлах и в росправе дел быти не изволяем». В этом же послании Петр заявил о своем праве «учинить по приказом правдивых судей, а неприличных переменить». Нарышкины стремились закрепить свою победу, и уже 7 сентября был издан царский указ об именовании во всех государственных актах только двух царей, без упоминания царевны. На следующий день последовало назначение нового главы Стрелецкого приказа, которым стал боярин князь И.Б.Троекуров, женатый на сестре молодой царицы Евдокии Федоровны — Анастасии Лопухиной.
Скорый розыск по делу Ф.Л.Шакловитого и его сообщников, проведенный в стенах Троице-Сергиева монастыря, предопределил бесславный финал регентства царевны Софьи Алексеевны и крах политической карьеры ее ближайших сподвижников. 11 сентября по царскому указу с боярским приговором «за умысел убить Великуто государыню Наталью Кирилловну, да Бояр и Ближних людей» велено было казнить смертью Ф.Л.Шакловитого, стрельцов А.Петрова и К.Чермнош, Битью кнутом и ссылке в сибирские города на вечное житье подлежали еще около 30 человек разных чинов, в том числе и стрелецкий полковник С.Ю.Резанов, остававшийся до конца верным государыне и Ф.Л.Шакловитому. Подполковника М.Шеншина, избивавшего стрельцов, прибывавших из Троицкого монастыря с царскими грамотами, приговорили к битью батогами и лишению «стольничества и полковничества» 4. 5 октября последовал указ о смертной казни ближайших клевретов Шакловитого Н.Гладкого и С.Медведева, еще 12 человек подлежали ссылке в дальние города. Однако розыск главных преступников занял больше года. Приговор, вынесенный Гладкому и Медведеву, был приведен в исполнение только в феврале 1691 г. Отдельными указами в течение осени 1689 г. были отправлены в ссылку князь В.Б.Голицын, окольничие Л.Р.Неплюев и В. А.Змеев. Целый ряд думных чинов лишился своих постов в приказной администрации. Подлежали замене и некоторые командиры стрелецких полков, не проявившие должной лояльности царю Петру.
С падением царевны Софьи, заточенной в Новодевичий монастырь, и князя В.В.Голицына первенство в новом составе правительства перешло к боярину Л.К.Нарышкину, ставшему главой Посольского приказа. Петр с большим облегчением отдал все рутинные дела по управлению государством своему дяде и матери, а сам с прежним энтузиазмом придался своим любимым «потехам». Особое расположение царицы Натальи Кирилловны к родне супруги «Петрушеньки» предопределило небывалый взлет еще недавно малоприметной семьи Лопухиных. За период с 1690 по 1692 год боярством были пожалованы пятеро братьев отца молодой царицы, которые заняли влиятельные посты в руководстве целого ряда приказов. Однако триумф Лопухиных продлился недолго. После смерти Натальи Кирилловны в 1694 г. Петр окончательно охладел к своей жене, что незамедлительно сказалось на положении ее родни.
Не только среди бояр, но и в простом народе многие сожалели о том, что царь «уклонился в потехи, оставя лутшее начал творити всем печальное». Большое недовольство среди придворных и приказных людей вызвал Кожуховский поход Петра, состоявшийся осенью 1694 г, Согласно плану учений «русское» войско князя Ф,Ю,Ромодановского должно было приступом овладеть крепостью «польского короля» И.И.Бутурлина. Для участия в походе было задействовано до 30 тысяч человек. При распределении воинских подразделений и начальных людей на «русских» и «поляков» отчетливо проявились все симпатии и антипатии Петра. На стороне государя выступили Преображенский и Семеновский «потешные» полки, оба выборных солдатских полка (Лефортов и Бутырский), выборные роты рейтар и гранатников, 20 рот стольничьих. Весьма символично, что в стане неприятеля оказались шесть стрелецких полков, несколько рот дьяков и подьячих, во главе которых стояли «дворовый воевода» князь А.И.Голицын, бояре П.А.Лопухин Большой, его братья — Федор, Василий, Сергей и некоторые другие лица.