Согласно извету Елизарьева еще в начале декабря 1696 г. Цыклер спрашивал у пятисотенного: «Смирно ли де у них в полкех, и он, Ла-рион, ему Ивану, сказал, что в полкех у них дал бог смирно, а хто что и затеет и тому на свою голову. Да он же де, Иван, ему ж, Лариону, говорил, ныне де великий государь [идет] за море и как над ним что зделаетца, как де быть, кто у нас государем будет? И он де, Ларион, ему, Ивану, говорил: дай де бог ему, великому государю, здравствовать, а буде какая воля божия над ним государем и учинитца, и у нас де есть государь царевич. И к тем де ево словам он Иван говорил, в то де время ково бог изберет, а тщитца де и государыни, что в Девичье монастыре». Выяснилось также, что двое стрельцов Стремянного полка весьма живо откликнулись на предложение Цыклера «государя постеречь и убить». В разговоре с донским казаком П.Лукья-новым они рассуждали о том, как «донские казаки к Москве для разоренья пойдут и станут разорять с конца, а они стрельцы с другова». Эти сведения полностью совпадали с показаниями Цыклера, замышлявшего в случае его посылки на воеводство в Таганрог идти бунтом к Москве с кубанцами и донским казаками.
К 4 марта следствие по делу Цыклера было фактически завершено. Последние вопросы, заданные заговорщику, касались его участия в событиях 1682 г, Однако Цыклер, сломленный многочисленными пытками, упорно стоял на своем и утверждал, что «Иван де Милославский к нему Ивану был добр и женат был у него, Ивана, а про бунт 1682 году, он, Иван Милославский, ведал ли или он сам был, про то он Иван не ведает и с Иваном Милославским, ни с кем, чтоб тот бунт учинить и бояр побить он, Иван, не говаривал и не умышлял и не ведал. А будет он, Иван, про то ведал и утаил, чтоб ему за то мучитца в геенне во-веки».
Истинную правду о делах минувших Цыклер унес с собой в мир иной, Петр спешил закончить следствие, так как все уже было готово для его отъезда с Великим посольством. Накануне казни по распоряжению царя из могилы был выкопаны останки боярина И.М.Милославского, скончавшегося в 1685 г. Его гроб привезли в Преображенское на свиньях и поставили «у плах изменичьих» так, чтобы кровь казненных стекала на него. 4 марта состоялась казнь А.П.Соковнина, И.Е.Цыклера и зятя окольничего стольника Ф.М.Пушкина. Через два дня были отсечены головы трем другим подельникам — стрельцам В.Филиппову, Ф.Рожину и казаку
П.Лукьянову, После завершения казней останки Милославского разрубили на части и закопали «во всех застенках под дыбами».
По царскому указу родственники казненных и причастные к заговору лица были разосланы на службу в дальние города. Стольников АЛ,Обухова и Б.М.Батурина предписывалось «за непристойные их слова послать: Алексея в Белгород, а Бориса в Севск и служить им в тех полкех в прежних их чинах, и к Москве им без указу великого государя не ездить». Отправляясь «за море», Петр передал все управление столицей ближнему стольнику князю Ф.Ю.Ромодановскому, доказавшему свою верность государю кровавой деятельностью в Преображенском приказе, Под присмотром «князя-кесаря» через несколько дней после отъезда царя из столицы были удалены уцелевшая родня царицы Евдокии Федоровны: Федор Аврамович Лопухин в То-тьму, Василий Аврамович в Саранск, Сергей Аврамович в Вязьму. К концу лета на службу в разные города была выведена большая часть стрелецкого гарнизона. Караульную службу в столице попеременно с оставшимися стрелецкими полками несли выборные и бывшие «потешные» солдатские полки (Преображенский и Семеновский).
В отношении четырех стрелецких полков (Ф.А.Колзакова, И.И.Черного, А.А.Чубарова, Т.Х.Гундертмарка), находившихся слета 1696 г. на городовой службе в Азове и подлежавших замене, Петр в августе 1697 г, прислал из Голландии распоряжение об их переводе в состав Новгородского полка воеводы князя М.Г.Ромодановского. В стрелецкие полки были срочно посланы грамоты, «чтоб оне шли скоро и нигде не мешкали». Из Азова стрельцы выступили еще в июне и в течение десяти недель тянули по реке до Воронежа 200 буда-ров с пушечной и оружейной казной. Часть стрельцов шла сухим путем до Валуек «в самой последней скудости». Прибыв к указанным местам, полки в конце сентября получили приказ: «не займуя Москвы», двигаться к польской границе в Ржеву Пустую,