Конец Сибирскому ханству положил боярин Андрей Воейков, разгромивший остатки войска хана Кучума 20 августа 1598 года у места впадения речки Ирмень в Обь. Кучум имел численное превосходство в сотню воинов (пятьсот против четырехсот) и находился в укрепленном стане, но внезапность нападения и хорошая боевая выучка обеспечили русским победу. Правда, Кучуму удалось бежать в Алтайские степи, но власть свою он утратил окончательно и более опасности не представлял.
Строгановы активно содействовали окончательному завоеванию Сибири. Так, например, по царской грамоте от 2 июля 1592 года Максим Яковлевич и Никита Григорьевич Строгановы обязывались выставить из своих пермских вотчин «сто человек ратных людей с рушницами, и с луки, и кремли и с рогатинами и со всяким ратным боем». Содержание выставленных ратников полностью ложилось на Строгановых. «Таким образом, и во время завершения завоевания Западной Сибири пермские вотчины Строгановых являлись важнейшей тыловой базой, откуда велось правительственное наступление на Сибирь, – пишет Введенский. – Здесь же проходило формирование необходимых для этого завоевания военных сил.
Отношения с престолом не всегда складывались хорошо. В 1588 году царь Федор Иванович, третий сын и преемник Ивана Грозного, отписал на себя, то есть конфисковал всю орловскую вотчину Никиты Григорьевича Строганова на Каме вместе с Орёл-Городком. Причины, вызывавшие царский гнев, остались неизвестными, поскольку «конфискационная» грамота не сохранилась (есть предположение, что она была намеренно уничтожена кем-то из Строгановых как порочащая историю славного рода). Никите Григорьевичу удалось в скором времени вернуть расположение царя, и в 1591 году орловская вотчина была ему возвращена. «Пожаловал он, великий государь… велел ему вотчиною его, городком Орлом, слободою и с варницами и с деревнями и с починками и со всеми к ним угодьи владеть по-прежнему… и посадских людей и крестьян во всяких меж ими делах судить ему Никите или кому он прикажет, а Пермским наместникам и воеводам и приказным людям его Никиту и людей его и Орловских посадских людей и Орловского уезду крестьян судити и к нему в вотчину въезжать и посылать (опричь разбою и татьбы с поличным) ни почто не велено».
Конфисковать владения несложно – достаточно руку к грамоте приложить. А вот организовать из Москвы эффективное управление конфискованными пермскими землями гораздо сложнее. Можно предположить, что, примерившись к отобранной вотчине, Федор Иванович почел за благо вернуть ее прежнему владельцу. Вдобавок созданный прецедент мог отбить охоту к освоению новых территорий как у Строгановых, так и у других энергичных людей – стоит ли стараться-мучиться, если потом царь-батюшка земли себе заберет? Согласно одной из версий, царский гнев был вызван неучастием Никиты Григорьевича в организации похода Ермака. Что ж, вполне возможно, что конфискация носила воспитательный характер. Если так, то Никита Григорьевич очень хорошо усвоил преподанный ему урок и сделал из него правильные выводы, поскольку в апреле 1597 года царь Федор Иванович пожаловал ему около шестисот тысяч десятин земли, лежавшей по правому берегу Камы между устьями рек Ласьва и Ошап (протяженность новых владений составила пятьдесят пять верст или без малого пятьдесят девять километров).
Из того времени до нас дошла еще одна загадка – о причине распри между Семеном Аникеевичем и его старшими братьями Яковом и Григорием. Первое, что приходит на ум, – это спор при дележе отцовского наследства со всеми вытекающими отсюда последствиями. Распря оказалась настолько крупной, что потребовала царского вмешательства. По грамоте, пожалованной Якову и Григорию Строганову Иваном Грозным 29 июня 1573 года, Семен Аникеевич «за воровство» был выдан братьям головой «со всеми животами, людьми и запасами». Не совсем ясно, что было дальше. Согласно одной версии, после царского суда братья помирились, и Семен Аникеевич «остался при своем», а по другой версии, он был отстранен от дел и вернул былое положение лишь в 1577 году, после смерти Якова и Григория. При разделе вотчин старших братьев Семену Аникеевичу достались земли, лежавшие по левому берегу Чусовой, а его племяннику Максиму Яковлевичу – по правую. Дворы (торговые представительства) в Москве, Калуге, Вологде и Переяславле-Залесском разделили на троих при участии Никиты Григорьевича, который также унаследовал от отца орловскую вотчину.
Жизнь Семена Аникеевича оборвалась трагически – в октябре 1586 года он был убит в схватке с восставшими посадскими людьми Сольвычегодска. Его владения перешли к сыновьям Андрею и Петру, которые управляли ими сообща, являя собой образец истинно братских отношений.