В июле же 1906 года Столыпин был назначен председателем Совета министров. Портфель министра внутренних дел оставался у него, что означало беспрецедентную концентрацию власти в одних руках. С первых же дней премьерства Столыпин зарекомендовал себя жестким администратором и искушенным политиком. Были пресечены попытки собравшихся в Выборге депутатов разогнанной Думы обратиться к народу с призывом к гражданскому неповиновению. Подавлены восстания моряков и солдат в Свеаборге и Кронштадте, так же как и попытки рабочих поддержать эти выступления забастовкой.
Решительность в проведении репрессивного курса сделала Столыпина кумиром правящей элиты. Его авторитет особенно подскочил после покушения на него самого, совершенного эсерами-максималистами 12 августа 1906 года. Убийцы взорвали две бомбы в приемной премьера на его даче. Были убиты 27 человек из числа посетителей и прислуги, в том числе и трое покушавшихся. Тяжелое ранение получила четырнадцатилетняя дочь Столыпина, ранен был и его трехлетний сын. Кабинет, где Столыпин в то время находился, не пострадал.
Покушение потрясло Столыпина. Как вспоминают современники, он заметно изменился даже внешне. Меры борьбы с революционными выступлениями стали еще жестче. По свидетельству Витте, когда Столыпину напоминали, что он раньше рассуждал вроде бы иначе, был мягче, тот отвечал: «Да, это было до бомбы на Аптекарском острове, а теперь я стал другим человеком».
19 августа 1906 года в чрезвычайном порядке был принят указ о введении военно-полевых судов. Судопроизводство, проводившееся строевыми офицерами, должно было завершаться в 48 часов, приговор приводился в исполнение через 24 часа. Жестокость армейских чинов достигла таких масштабов, что даже военный министр Редигер возмутился действиями Столыпина.
Но постепенно в установках Столыпина появляются поправки, он становился ровнее, вдумчивее. Его прежний принцип — сперва успокоение, потом реформы — существенно изменился. Он все больше склонялся к мысли об одновременности этих действий. Понимал, что времени нет, что обстановка в стране обостряется, а репрессии не приносят желаемого эффекта. Столыпин формулирует свой новый курс следующим образом: «Если заняться исключительно борьбой с революцией, то в лучшем случае устраним последствия, а не причину… Если обращать все творчество правительства на полицейские мероприятия — это будет признаком бессилия правящей власти».
Актами от 12, 27 августа и 19 сентября 1906 года Крестьянскому банку передавались для продажи крестьянам участки казенной земли в европейской России и Сибири. Затем указом от 5 октября отменялись некоторые существенные ограничения в правовом статусе крестьян. В частности, устранялись ограничения при поступлении на государственную службу и в учебные заведения; предоставлялось право свободного получения паспортов и выбора места жительства; снимались препятствия к уходу крестьян на заработки; отменялись пункты законодательства, запрещавшие семейные разделы; зажиточные крестьяне, купившие землю, могли участвовать в земских выборах по курии землевладельцев и т. д.
Особую известность получил указ от 9 ноября 1906 года о праве выхода крестьян из общины и закреплении надельных земель в личной собственности. Такое решение означало коренную ломку крестьянского уклада жизни. Первая статья указа устанавливала, что каждый домохозяин, владеющий землей на общинном праве, может потребовать передачи причитающейся ему части земли в личную собственность. Земля могла продаваться, покупаться и закладываться, правда в ограниченных рамках.
Это был уже другой Столыпин, испытавший горький опыт силовых решений, переживший трагедию собственной семьи. В полном виде правительственную программу премьер изложил в своем первом выступлении во II Думе б марта 1907 года. Он говорил депутатам: «В странах с установившимся правительственным строем отдельные законоположения являются в общем укладе законодательства естественным отражением новой назревшей потребности и находят себе место в общей системе государственного распорядка…
Не то, конечно, в стране, находящейся в периоде перестройки, а следовательно, брожения…»
Еще раз обращаю внимание читателя на слово «перестройка». В России, по Столыпину, при выработке новых законопроектов надо думать, прежде всего, о том, чтобы они не отозвались губительным образом на благе страны. Все законодательные предположения должны быть подчинены единой идее, каковой является создание тех «материальных норм», в которые должны воплотиться новые правоотношения, вытекающие из реформ и приносящие блага людям.