Яков Михайлович по поручению ЦК большевиков вел переговоры с левыми эсерами о вхождении представителей этой партии в Советское правительство. Только выдержка, хладнокровие и настойчивость Свердлова позволили в сравнительно короткий срок завершить переговоры с этими мелкобуржуазными «революционерами». Каждый новый удар пролетарской диктатуры по контрреволюции повергал их в панику, вызывал бесчисленные колебания и истерику.
16 ноября Яков Михайлович докладывал о ходе переговоров на заседании Совнаркома. Переговоры двигались туго. Совнарком решил в случае отказа левых эсеров взять пост народного комиссара земледелия предложить большевику Шлихтеру с 17 ноября приступить к энергичной работе в Министерстве земледелия и в первую очередь очистить его от правых эсеров и прочих саботажников. Свердлову и Сталину было поручено продолжить переговоры с левыми эсерами.
В результате переговоров достигли соглашения — левые эсеры берут портфель народного комиссара земледелия и вводят в коллегии всех остальных комиссариатов своих представителей. Большевики вводят своего представителя в коллегию Комиссариата земледелия.
Поздней ночью 17 ноября состоялось очередное заседание ВЦИКа. Опыт первых трех недель революции показал, что, вероятнее всего, эсеры будут противопоставлять ВЦИК, в котором они рассчитывали на большинство, Совету Народных Комиссаров. Вот почему Свердлов на этом заседании предложил наказ-конституцию о взаимоотношениях ВЦИКа и Совета Народных Комиссаров. Этот документ стал одним из первых конституционных актов Советского государства. Наказ устанавливал ответственность Совнаркома перед ВЦИКом и необходимость представления на рассмотрение и утверждение ВЦИКа всех законодательных актов, равно как и распоряжений крупного общеполитического значения.
Наказ устанавливал, что члены СНК отчитываются раз в неделю перед ВЦИКом и отвечают на запросы, если за них высказалось 15 членов ВЦИКа.
Наказ был одобрен и принят ВЦИКом. Так при активном участии Свердлова происходило укрепление высших органов Советской власти и первоначальное разграничение функций ВЦИКа и Совнаркома, определение роли каждого из этих высших органов в системе Советского государства.
Расчеты левых эсеров на завоевание большинства во ВЦИКе провалились. Вслед за Чрезвычайным крестьянским съездом как его непосредственное продолжение состоялся II Всероссийский крестьянский съезд. Съезд выделил своих представителей во Всероссийский Центральный Исполнительный Комитет. Это же сделали армейские и профсоюзные организации. Количество членов ВЦИКа увеличилось до 300 (вместо 108, избранных на II съезде Советов). В новом составе ВЦИКа большевики имели 175 мандатов, а левые эсеры — 105.
Председатель ВЦИКа Свердлов вместе с Председателем Совнаркома Лёниным подписывает важные законодательные акты пролетарской революции — декреты об уничтожении сословий и гражданских чинов, о создании Высшего Совета Народного Хозяйства, о страховании на случай безработицы, о нормах оплаты труда железнодорожников и др. Под руководством Свердлова ВЦИК утвердил такие исторические акты, как «Положение о рабочем контроле», декреты о печати, о борьбе с саботажем, о праве отзыва делегатов, об аресте вождей гражданской войны против революции, о национализации банков. Большая часть этих декретов была написана Лениным.
Одним из центральных был вопрос об Учредительном собрании. Вокруг лозунга «Вся власть Учредительному собранию!» объединялись силы буржуазной и мелкобуржуазной контрреволюции.
Нужно было подвести рабочих, солдат и крестьян к стенам «живого буржуазного парламента». Массы только на собственном опыте могли убедиться в том, что возвращение к Учредительному собранию было бы шагом назад от завоеваний Октябрьской революции.