Однако в середине июля областной Уральский Совет признал, что открытый суд над Романовыми провести уже не удастся — фронт был рядом с городом. Екатеринбург мог продержаться только несколько дней.
18 июля 1918 года во время заседания Совета Народных Комиссаров, когда народный комиссар здравоохранения Семашко докладывал проект положения о Наркомздраве, в комнату быстро вошел Свердлов. Он занял свое обычное место позади Ленина. Когда Н. А. Семашко кончил изложение проекта, Свердлов наклонился к Ильичу и что-то сказал ему. „Товарищи, — обратился Ленин к собравшимся, — Свердлов просит слова для внеочередного сообщения“.
— Только что получено, — сказал Свердлов, — сообщение из Екатеринбурга. Мятежники чехословаки и белогвардейцы подступили к городу. В связи с опасностью для города по постановлению областного Совета расстрелян бывший царь Николай Романов. Президиум ВЦИКа, — закончил Свердлов, — постановил действие Екатеринбургского Совета одобрить.
На минуту, только на одну минуту, люди, сидевшие в небольшом зале заседаний Совнаркома, сосредоточили свое внимание на информации Свердлова. Все они значительную часть своей жизни посвятили борьбе с царизмом, вынесли на себе многие тяжелые удары его сатрапов. Но все это было далеким прошлым. Сейчас для Свердлова, прошедшего через многие тюрьмы и ссылки царского строя, как и для всех крупных революционеров в этом зале, сообщение из Екатеринбурга было эпизодом в развернувшейся гражданской войне.
— Перейдем теперь к постатейному чтению Положения о Наркомздраве, — предложил Ленин после сообщения Свердлова.
Лето 1918 года было началом самого разнузданного белого террора. На территориях временно захваченных интервентами и белогвардейцами свирепым репрессиям подвергались десятки тысяч рабочих и крестьян.
В советском тылу контрреволюционные заговорщики открыли огонь по вождям революции.
Революция должна была защищаться.
Пролетариат должен был обуздать врагов Советского государства.
Для подавления заговорщиков, саботажников, разоблачения агентов антантовских и белых разведок была создана Всероссийская чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и саботажем. Ее справедливо называли обнаженным мечом революции.
Свердлов тяжело переживал потери, понесенные рабочим классом. Еще в февральские дни 1918 года, когда немцы наступали на Петроград, он ощущал глубокую, почти физическую боль, когда на фронт против полчищ Вильгельма приходилось посылать отборные силы пролетарских революционеров — посылать на явную гибель.
Вспоминает Клавдия Тимофеевна: „…С какой горестью встречал Яков Михайлович каждое известие о гибели кого-либо из товарищей. Я помню, как тяжело он переживал внезапную смерть Володарского…
— Бесконечно жаль Володарского, — говорил Яков Михайлович. — Погиб преданный революционер. Тяжелая утрата, но хоть смерть замечательная. Какой конец может быть лучше гибели на боевом посту! Уж если умирать, то хотел бы умереть так же…“
Не знал Свердлов, что отмерено ему немногим более восьми месяцев жизни. Но если бы и знал, то ни одного дня, ни одного часа жизни не прожил бы он по-другому. Не высокие, торжественные слова, а простое сознание долга революционера звучало в его речи над гробом Володарского. Революционер — это солдат освободительной армии, честный же солдат этой армии всегда готов отдать жизнь свою за социализм. „Мы шлем проклятие убийце и тем, кто натравливал его, но не призываем к мести такими же убийствами и террором…
Торжеством наших классовых идеалов мы лучше всего почтим память товарища Володарского. Пусть эта память будет священна для нас, как должна быть священна и эта жертва. Это не первая и не последняя жертва, и мы не боимся их“.
Но все обострявшаяся борьба заставила поставить вопрос о широком применении оружия массового красного террора против врагов революции.
Вслед за чехословацким мятежом последовали левоэсеровский мятеж, кулацкие бунты, мятеж в Ярославле…
Среди многих утрат, последовавших за убийством Володарского, Якова Михайловича тяжело ранила гибель одного из первых военкомов — Семена Нахимсона.
Делегат V съезда РСДРП, один из руководителей-большевиков 12-й армии на Северном фронте, затем строитель Красной Армии, он был человеком философского склада мышления, высокой культуры, выдающихся способностей. Он весь отдался революции, не зная отдыха, работал среди латышских стрелков, готовил в районе 12-й армии помощь Петрограду. Затем изнурительная борьба с эсерами и меньшевиками за руководство 12-й армией.