В ходе подготовки проекта в партийной и советской печати развернулась дискуссия о задачах и функциях Чрезвычайных комиссий и их месте в системе диктатуры пролетариата. Дискуссия приняла острый характер.
В «Правде» была опубликована статья одного из старейших деятелей большевистской партии, большого друга Якова Михайловича — Ольминского. Михаил Степанович подверг резкой критике орган Чрезвычайной комиссии — «Еженедельник ЧК». Авторы ряда статей «Еженедельника» стремились доказать, что ЧК стоит над Советами. Ольминский показал несостоятельность подобных утверждений и подчеркнул необходимость партийного контроля над деятельностью ЧК. «Работа Чрезвычайных комиссий, — писал Ольминский, — в высшей степени ответственна и требует от работников величайшей выдержанности во всех отношениях». За статьей Ольминского в «Правде» и «Известиях» появились и другие, авторы которых говорили о необходимости подчинения ВЧК Народному комиссариату внутренних дел, ликвидации уездных ЧК, передачи права вынесения приговоров судебным органам (революционным трибуналам), укрепления состава работников ЧК и освобождения их от случайных непролетарских элементов.
Руководящие работники ВЧК — Я. X. Петерс, Г. Шкловский, В. В. Фомин, М. Я Лацис — подчеркивали необходимость централизации всей работы Чрезвычайных комиссий, непосредственного подчинения ЧК Совету Народных Комиссаров, соглашались с необходимостью контроля работы ЧК со стороны Коммунистической партии и высших органов Советской власти. В то же время в их статьях содержались утверждения, что Чрезвычайные комиссии — единственные боевые пролетарские органы, проводящие в жизнь диктатуру пролетариата.
Народный комиссар внутренних дел Г. И. Петровский, его заместитель В. А. Тихомирнов подвергли критике авторов и редакторов «Еженедельника ЧК» за фактическое отрицание ими революционной законности, регулирующей деятельность ЧК, за утверждение невозможности соблюдать конституционные гарантии граждан в условиях острой борьбы с контрреволюцией. В противоположность этому работники НКВД считали, что соблюдение конституционных гарантий граждан — непременное условие успешной борьбы с контрреволюцией.
Особенно резкую критику и протесты вызвала статья работников уездной ЧК из Нолинска — городка Вятской губернии. Статья носила крикливое название «Нельзя миндальничать». Возомнившие себя уездными Маратами, авторы из Нолинска обвиняли ВЧК в либеральничании и требовали применения методов физического воздействия по отношению к арестованным.
Свердлову была глубоко чужда и отвратительна эта псевдореволюционность «трибунов» из Нолинска, которые, не имея ни пролетарской закалки, ни ясного революционного сознания, видели в «изощренных пытках» средство борьбы с контрреволюцией. Чистота и открытость характера Свердлова, высокое чувство социальной справедливости были в основе его твердости и непреклонности в борьбе с врагами. Это о нем писал Луначарский: «Лед-человек, алмаз-человек… И в этическом его облике была та же кристалличность, до прозрачности. В нем отсутствовали и холодная колючесть, и личное честолюбие, и какие-либо личные расчеты».
Экстремисты, подобные «революционерам» из Нолинска, вызывали у Свердлова чувство гадливого презрения, он видел в них прежде всего карьеристов. Для него, прямого и рыцарски непреклонного большевика, разглагольствования этих людей о «белых перчатках» служили только свидетельством их непонимания подлинных задач революции. Пролетарская цель могла быть достигнута только пролетарскими методами борьбы, а не методами «революционаризма». от которого всегда один шаг к анархизму и контрреволюции.
Все эти вопросы явились предметом специального рассмотрения в ЦК 25 октября 1918 года. Центральный Комитет назначил комиссию для политической ревизии деятельности ВЧК и ее местных органов. Вместе с тем он обязал ЧК не ослаблять борьбы с контрреволюцией.
В этот же день Свердлов собрал заседание Президиума ВЦИКа, на котором были приняты два важных государственных акта. В первом из них назначалась комиссия в составе Курского, Сталина и Каменева для детального ознакомления с деятельностью ВЧК и ее отделов. Вместе с тем, говорилось в этом акте, в целях урегулирования деятельности как центральной, так и местных Чрезвычайных комиссий, а равно их взаимоотношений с другими советскими учреждениями Президиум назначает комиссию по выработке «Положения о Чрезвычайных комиссиях». Комиссия назначалась из представителей Комиссариата юстиции, Комиссариата внутренних дел, Всероссийской чрезвычайной комиссии, Московского Совета под председательством Свердлова.