Само слово «организация» не встречается в тексте российского Закона. В факте игнорирования российским законодательством 1990 года исторически сложившихся и существующих сотни лет религиозных организационных структур проявляется большевистское антицерковное наследство и идеологическое преемство от прежнего советского законодательства. Союзный закон весьма «многословен» по своему основному объекту законодательства — религиозным организациям. Этим он отличается от российского закона, предусматривающего объектом государственного регулирования только религиозные объединения граждан и как будто бы не замечающего таких учреждений, как Московская Патриархия, Отдел внешних церковных сношений и др., которые возникли не как объединения граждан, но как организационно-функциональные учреждения особых общественных отношений, которые именуются религиозными отношениями.
Прямого разрешения на существование таких организаций в российском законе не имелось. По букве закона сама Патриархия является религиозным объединением группы граждан. Только вопрос, каких и кого? Где такое собрание учредителей (десять или двадцать человек), которое решило бы создать (учредить) Патриархию? Таков основной парадокс Российского Закона «О свободе вероисповеданий» 1990 года.
По этому вероисповедному закону религия и атеизм должны были сравняться, в один ряд ставились религиозные организации и «атеистические общественные объединения» (ст. 4). Закон настойчиво напоминал об атеизме (семь раз), устанавливал защиту атеистических убеждений граждан. Несомненно, большой ошибкой составителей закона следует признать отнесение религиозных организаций к числу общественных объединений. Противоречивость некоторых положений, неопределенность ряда формулировок, путаница в терминологии дают основание отметить низкий уровень закона в целом. Субъективизм и неопытность разработчиков столь сложного законопроекта, стремление подготовить закон оригинальный, не похожий на закон Союза, привели к тому, что очень скоро потребовались изменения и дополнения к нему, но принять их не удалось из-за событий 1993 года, прекративших работу Верховного Совета РСФСР.
После принятия Закона РСФСР «О свободе вероисповеданий» в стране сложилась довольно противоречивая ситуация. С одной стороны, налицо было продвижение вперед: тысячи культовых зданий передавались религиозным общинам, открывались десятки монастырей, духовных учебных заведений, религиозных центров, братств и миссий. Практически все обоснованные заявления верующих о регистрации обществ разрешались положительно. В то же время российский закон о религии 1990 года, разработанный в противовес союзному и не учитывавший объективных реалий религиозной жизни, открыл возможность широкой проповеди для представителей религиозных новообразований, зачастую деструктивного характера. Вызванные этим многочисленные проблемы были преодолены далеко не сразу и после принятия в 1997 году нового Федерального Закона «О свободе совести и религиозных объединениях». Частично эти проблемы сохраняются и в настоящее время.
Субъектами права в союзном Законе 1990 года были граждане и организации, в российском законе 1990 года — только граждане, в российском 1997 года — граждане и объединения (организации). То, что российский Закон 1990 года был эпатажным (противосоюзным), а поэтому временным, ясно по тому, что он исключил из своего названия, а, следовательно, из области правового регулирования, религиозные организации (объединения) в противовес союзному Закону, но реальность восторжествовала в российском законе 1997 года.
… Павел Анатольевич в дороге не раз приложился к бутылке с коньяком и поэтому в облисполком приехал уже сильно опьяневший. Покачиваясь, он зашел в приемную, посмотрел мутным взглядом на сразу вставших со стульев ожидавших его людей и, ни с кем не поздоровавшись, сразу прошел в кабинет. Проходя, он ткнул пальцем на архиепископа Анатолия: «Ты заходи, а эти пусть пока посидят».
Архиерей зашел за ним. В кабинете Баранов вдруг обнял его, расцеловал и с чувством произнес: «Золотой ты наш человек!» Владыка чувствовал себя во время всего их разговора крайне неловко, хотя внешне этого никак не показывал. Чиновник называл его то «Ваше Святейшество», то «Толя»; налил себе стакан коньяку, который постоянно отхлебывал. Повод встречи был самый что ни на есть важный — передача Церкви целого ряда храмов, до этого занятых под хозяйственные нужды и теперь освобождаемых. И Павел Анатольевич в принципе пригласил архиепископа, к которому очень хорошо относился, для того чтобы сказать, что вопрос решен. Он хотел сделать сюрприз, и архиерей ничего не знал о цели встречи, о которой ему передали только, что она очень важная. Но ум чиновника был помрачен алкоголем и поэтому он лишь задавал разные провокационные вопросы, на которые владыка отвечал очень серьезно, видя перед собой не распоясавшегося пьяного барина, а представителя государственной власти, который в любом состоянии может многое сделать в области как хорошего, так и дурного.