Той напуска манастира шест седмици по-късно, но преди отпътуването си намира време да надникне в пещерите, които са били първите убежища на монасите, живели тук преди хиляда и петстотин години, и впоследствие са включени в сградата на манастира. Първата църква се намира в най-голямата от тези пещери. Освен това Смит вижда и много икони, макар че най-хубавите са унищожени от пагубен пожар през осемнайсети век. Пожарът освен това е унищожил или е повредил сериозно много древни ръкописи. Повечето от запазените са отнесени за съхранение в Патриархалната библиотека в Йерусалим. Въпреки това преместване все още има голям брой книги в двете библиотеки — основната библиотека в новата църква и по-малката, която се намира в стаичка в голямата кула, където върху прашни лавици се мъдрят разхвърляни книги. Тази библиотека ще бъде мястото на важно откритие, което трябва да отбележим, ще доминира над живота на Смит впоследствие.
Смит завършва докторската си дисертация в Йерусалим и се връща в Харвард, където като истински учен започва работа над втори докторат. Той продължава да поддържа контакт с отец Кириакос, довършва втория си докторат и започва бляскавата си преподавателска и изследователска кариера като преподавател по религиите в университета Кълъмбия в Ню Йорк. През 1958 г., понеже има нужда от почивка, Смит решава да се върне в спокойствието и тишината на Map Саба. Запълва времето си, като съставя каталог на всички стари ръкописи и книги, натъпкани безразборно по лавиците или подредени на купчини по пода на библиотеката в кулата. Всяка сутрин на зазоряване той изкачва дванайсетте или повече етажа стълби към стаичката в кулата, където събира малко книги и ръкописи и ги отнася обратно в монашеската килия, за да ги огледа и опише.
Смит открива, че в много от книгите има и дълги, написани на ръка откъси, копия от по-ранни текстове, които са натъпкани във всяко празно място и страница; дори полетата са използвани понякога. Написаните на ръка добавки датират от осемнайсети и деветнайсети век и разкриват колко трудно е било тогава човек да се сдобие с хартия. Ученият открива и части от стари ръкописи, които са били използвани за книговезването - интересен материал за класическите учени. Но сред книгите и документите в тази прашна лаборатория Смит ще намери истинско съкровище.
Един следобед, докато седи в стаята си и преглежда книгите, които е донесъл този ден, той намира написан на ръка текст на дотогава празни страници в издание от седемнайсети век на писмата на свети Игнаций.
Това е копие на писмото на епископ Климент Александрийски от края на втори век. Смит знае, че Климент е писал много писма, макар да е известно, че нито едно от тях не е запазено. Ето защо откритието му е важно и уникално. Той фотографира текста, за да има копия, по които да подготви превод, и няколко, които да показва на други учени. Преводът се оказва необикновен.
* *
Към 195 г. Климент пише на Теодор, един от неговите каноници, по много деликатен проблем - относно тайно Евангелие от Марко: Климент обяснява, че една безнравствена еретична група, наречена карпократи, с измамни средства се е натъкнала на тайно евангелие и че текстът не бива да се смята за точен.
По същество Климент потвърждава, че това тайно евангелие съществува, но освен това твърди, че нито той, нито Теодор могат да признаят това публично, без така да гарантират на тази еретична секта някаква правдоподобност. Климент моли Теодор да излъже в служба на истината - да отрече, че евангелието е от Марко, дори под клетва.
Климент обяснява, че Марко е прекарал известно време в Рим с Петър и там е започнал да пише разказ за действията на Исус, който впоследствие се е превърнал в неговото евангелие. Петър също е пишел в служба на следващите поколения. След смъртта на Петър Марко се мести в Александрия, където отнася и своите писания, и тези на Петър. Там той пише своето евангелие, но задържа някои истории, които включва само в специално „тайно“ евангелие, което дава на църквата в Александрия, където то все още старателно се пази по времето на Климент „и се чете само на онези, които са посветени във великите мистерии“.