В края на януари 1949 г. двама йордански военни намират пещерата, в която са открити свитъците. На 5 март същата година Ролан дьо Во и Джералд Ланкастър Хардинг я разкопават. Намират ленени късове, счупени гърнета и малки парчета текст от двайсет и един различни труда. Събитията се развиват бавно, разкопките са вълнуващи, но не е намерено почти нищо, което да предизвика безпокойството на Църквата. Само че всичко това ще се промени.
В края на 1949 г. всички свитъци са или в ръцете на израелците, или в Съединените щати. Само че събитията имат своя собствена инерционна сила и скоро започват да заплашват да излязат извън контрол. В началото на 1950 г. излиза първият том с публикации на Американския колеж за ориенталистични изследвания. Той е озаглавен „Свитъците от Мъртво море от манастира „Свети Марко“. В тази книга има снимки и транскрипции на ръкописа на Исая и на коментара на Хабакук, сега известен като Хабакук пешер. Пешер е дума, която често се използва в Свитъците от Мъртво море, за да означи древен текст, интерпретиран от групата в Кумран, за да послужи на нейните интереси и най-вече на интереса ѝ към „последните дни“, когато врагът ще бъде сразен и Израил ще бъде управляван от цар от Давидовото коляно.
Като наблюдават как тази група интерпретира текстове от Стария завет, учените стигат до ценни прозрения за идеологията и за начина на мислене на нейните членове. Учените по света започват да разглеждат съдържанието на текстовете, особено това на пешерите. Освен това започват да си правят собствени изводи за вярванията на хората, писали текстовете, и за последиците от тяхното съдържание. Неизбежно започват да се прокарват паралели с християнството.
Първият шок настъпва на 26 май 1950 г., когато Андре Дюпон-Сомер, професор по семитски езици и цивилизация в Сорбоната в Париж, изнася публична лекция за Хабакук пешер в Академията за литература и изящни изкуства. Лекцията предизвиква пълен фурор. Професор Дюпон-Сомер е навлязъл в сърцето на една забранена територия - той открито и публично е свързал свитъците с християнството. Мнозина са разтревожени от това, което те схващат като предизвикателство към вярата си; други са дълбоко възмутени и бързат да изразят обидата си.
Хипотезата на Дюпон-Сомер е, че Хабакук пешер е написан в началото на християнската ера; че свитъците са били скрити по време на войната в периода 66-70 г. след Христа; че членовете на живеещата в Кумран общност, които според пешера се стараят да се придържат към „нов завет“, са описаните от Йосиф Флавий есеи; и че се вярва, че главата на общността на свитъците, човек, който нито веднъж не е назован по име и е известен само с прозвището „Учител на праведните“, има божествена природа, бил е убит от враговете си и след това се очаква да възкръсне от мъртвите. Дюпон-Сомер е смаян от паралелите между Исус и Учителя на праведните, в когото той вижда някакъв първоначален модел за Исус.
Тревожното е това, че той като че ли атакува директно уникалността на Исус. Обобщавайки заключенията си в книга, издадена същата година, Дюпон-Сомер пише:
Вече е сигурно - и това е най-важното прозрение вследствие на откритията край Мъртво море, - че юдаизмът през първи век преди Христа има цяла теология за един страдащ месия, който трябва да стане спасител на света, развиваща се около личността на [Учителя на праведните].
В опасност е не само уникалността на Исус. Дюпон-Сомер освен това допуска, че той и християнството са се появили от съществувала преди тях еврейска среда:
От документите от Кумран става ясно, че най-старата християнска църква се корени в еврейската секта на Новия завет, секта на есеи в степен, каквато никой не би заподозрял, и че тя е заимствала от нея голяма част от своята организация, обреди, доктрини, „мисловни модели“, а също мистичните и нравствените си идеали.
По всичко личи, че Ватиканът е разтревожен; той със сигурност започва да мобилизира силите си за действие. А тези сили са — слабо казано - могъщи. Макар Инквизицията вече да не изгаря хора на кладата, Светата канцелария все още съществува, за да брани на всяка цена църковната догма.