Резкое изменение настроения печатника было следствием бурных событий, происшедших в Москве в 1564–1565 годах. Царь укрылся в опричнине и порвал всякие связи с земщиной. Кроме собственной безопасности, его ничто более не интересовало. Печатный двор остался в земщине, и печатники, лишившись высокого покровительства, оказались предоставлены своей судьбе. Их подстерегали затруднения двоякого рода. Во-первых, противники книгопечатания из числа ревнителей старины стали теснить их, требуя отказа от «порчи» (исправления) древних рукописных книг. Во-вторых, царь обложил земщину колоссальной контрибуцией в 100 тысяч рублей. Земская казна оказалась пуста, и Печатный двор надолго лишился субсидий.
Со времени издания «Апостола» прошло почти полтора года, прежде чем Иван Федоров получил деньги на издание второй книги — «Часовника», которую ему пришлось публиковать без всякой правки рукописного текста, с сохранением всех его ошибок и промахов. Такое издание вполне удовлетворяло тех, кто считал ересью любое отступление от привычного текста, но оно ни в какой мере не могло удовлетворить самого Федорова, тотчас приступившего к подготовке второго, исправленного издания книги.
Третьей книгой московского Печатного двора должен был стать «Псалтырь». В послесловии значилось, что благословение на выход книги печатники получили от митрополита Афанасия. Произошло это, очевидно, до пострижения Афанасия в мае 1566 года. В то время Иван Федоров еще оставался во главе Печатного двора. Но осуществить план ему не довелось. Федоров был изгнан из России и уехал в Литву, а продолжатели его дела смогли возобновить работу на Печатном дворе лишь два года спустя, когда они издали ранее задуманный «Псалтырь», по-видимому не прибегая к сколько-нибудь существенной правке текста.
Некоторые историки считают, что гонения на печатника «не могли быть предприняты без ведома царя». Однако источники говорят о другом. По словам англичанина Д. Флетчера, посетившего Москву при царе Федоре, первые русские типографии были основаны «с позволения самого царя и к величайшему его удовольствию».
В послесловиях к своим книгам Иван Федоров неоднократно писал о том, с какой энергией и щедростью царь Иван поддерживал книгопечатание. Первопечатник составил послесловие к «Апостолу» 1564 года, следуя образцам (послесловиям различных славянских изданий) и используя довольно распространенную тогда фразеологию, типичную для официальных летописей. Однако такая манера была вообще характерна для средневековых писателей. Печатника можно было бы заподозрить в лицемерии, если бы не одно обстоятельство. Оказавшись за рубежом Российского государства, Иван Федоров воспользовался возможностью изложить обстоятельства своего вынужденного отъезда с родины без всякой оглядки на московские власти. В послесловии к львовскому «Апостолу» 1574 года Иван Федоров сделал такое знаменательное признание: «Сия же убо не туне начах поведати вам, — писал он, — но презелнаго ради озлобления, часто случающегося нам, не от самого того государя, но от многих начальник и священноначальник, и оучитель, которые на нас зависти ради многие ереси умышляли… сия убо нас от земля и отечества и от рода нашего изгна и в иные страны незнаемы пресели».
Итак, первопечатник четко и недвусмысленно указал на то, что подвергся гонениям «многих начальник и священноначальник», — иначе говоря, со стороны того самого руководства земщины, в ведении которого оставался Печатный двор. Похвальные слова о царе, его полной непричастности к травле печатников не были следствием лицемерия Федорова, привычки русского человека «обожествлять своего властелина», а вину за «дурные деяния» возлагать на злых советников. Иван Федоров искренне похвалил царя, нимало не заботясь о том, что его слова рассердят русских эмигрантов, чернивших Ивана Грозного.