Царь замыслил опричнину, чтобы покончить с опекой со стороны аристократической Боярской думы. Всесильная знать ограничивала власть самодержца, и Грозный сознательно пытался ослабить ее политическое влияние. С этой целью он сослал в ссылку на восточную окраину государства много опальных княжеских семей, а их родовые вотчины отписал в казну. Как антикняжеская мера опричнина просуществовала один год, после чего Иван IV вынужден был признать крушение своей опричной затеи. Весной 1566 года он объявил о прощении всех опальных, а затем созвал Земский собор в Москве. Вслед за тем разразился кризис, вызванный выступлением против опричнины земской оппозиции: царь оказался связан по рукам и ногам. Он не смог и не захотел оградить печатников от преследований со стороны земского духовенства и бояр в тот момент, когда всеми силами искал примирения с земщиной. Эпизод с печатниками как нельзя лучше характеризует взаимоотношения Ивана с иерархами церкви, всякого рода проповедниками, монахами и прочими лицами, которых печатник называл «оучителями».
Печатный двор в Москве возобновил деятельность в 1568 году изданием «Псалтыри», а в 1577 году он был переведен в Александровскую слободу, где Андроник Тимофеев подготовил второе издание «Псалтыри», обнаружившее черты возврата к стилю и традициям Ивана Федорова.
При каких обстоятельствах Иван Федоров покинул Россию? Послал ли его царь в целях укрепления православия в пределах Литвы, или же печатники уехали по собственной инициативе? Поскольку Иван Федоров и его помощник Петр Мстиславец не являлись собственниками увезенного ими типографского оборудования, они, конечно же, не могли выехать за рубеж без прямого указания московских властей.
В середине XVIII века архимандрит одного из белорусских монастырей М. Козачинский записал глухое предание о том, что при короле Сигизмунде II Августе литовский гетман Г. А. Ходкевич «просил наияснейшего благочестивого царя и великого князя Ивана Васильевича, чтобы тот послал ему в Польшу друкарню и друкаря, по его просьбе вышепоименованный царь московский учинил и прислал к нему целую друкарню и типографа именем Иоанна Федоровича».
В предании, записанном белорусским архимандритом, помимо неточностей можно обнаружить также любопытные подробности, совпадающие с подлинными фактами биографии Федорова. Давно установлено, что московский печатник трудился в белорусском имении Г. А. Ходкевича с июля 1568-го по март 1570 года. Недавно найденная грамота Ходкевича от 6 июня 1567 года свидетельствует, что Федоров обосновался в Заблудове почти сразу после отъезда из России. В названном году гетман устроил в Заблудове православную церковь во имя богородицы и чудотворца Николы (святой, особо почитаемый в Москве), а священниками в церковь определил двух приезжих — «священником на имя Остафа Григорьевича, а диякона на имя Ивана, брата его». В Москве Федоров печатал книги, служа дьяконом церкви Николы Гостунского, в Заблудове — дьяконом Богородицкой церкви. Позже, перебравшись на Украину и работая в острожской типографии, он получил место в Дерманском монастыре, и там его по-прежнему именовали «Иван-диякон».
Вспоминая о приглашении Ходкевича, первопечатник писал в 1574 году, что гетман «прия нас любезно к своей благоутешной любви и упокоеваше нас немало время, и всякими потребами телесными удовляше нас».
Заблудовская грамота Г. А. Ходкевича подтверждает слова Федорова. Как дьякон церкви печатник стал получать ругу, а кроме того, священнику Остафию было отведено на пашню земли «две волоки, а диякону волоку третую» (всего около 50 га), под дом поповский дано место поблизости от церкви. В дальнейшем в награду за труды Г. А. Ходкевич пожаловал Ивану Федорову некую «весь», или пашенный надел. «Еще же, — писал печатник, — и сие недоволно ему бе, еже тако устроити нас, но и весь немалу дарова на упокоение мое».
Предание о том, что литовский гетман Г. А. Ходкевич просил царя прислать в Белоруссию печатника, чтобы устроить православную типографию, имеет достоверную основу. В 1566 году в Москву прибыло великое посольство во главе с Ю. А. Ходкевичем — братом гетмана. По-видимому, посол выполнял роль посредника в переговорах между Г. А. Ходкевичем и царем. В июле 1567 года царь и бояре направили гетману бранные послания, упрекая его в том, что «из христианина [он] стал отступником и лжехристианином». За некоторое время до того на Руси был пойман литовский лазутчик с тайными грамотами, в которых Ходкевич призывал бояр изменить жестокому царю. Русское правительство, естественно, не могло отпустить печатников к Ходкевичу после разоблачения его интриг весной — летом 1567 года. Можно предположить, что Иван Федоров и Петр Мстиславец покинули Москву вместе с литовскими послами в 1566 году. Если бы печатники замешкались, их отъезд был бы сначала сильно затруднен, а затем стал бы вовсе невозможен. (С августа 1566-го по март 1567 года граница была закрыта из-за эпидемии чумы в пограничных уездах.)