При учреждении опричнина имела четко выраженную антикняжескую направленность. Суздальская знать занимала ключевые позиции в Боярской думе и в государевом дворе. В ней царь видел главную преграду к неограниченной самодержавной власти. Однако глава государства переоценил свои силы, вступая в конфликт с верхами господствующего сословия.
В апреле 1566 года царь и его опричная дума объявили о проведении в стране самой широкой амнистии. Из ссылки были возвращены князья Воротынские и половина казанских ссыльных. Учреждая опричнину, царь сетовал на то, что не может наказать своих изменников, за которых тотчас вступаются митрополит, бояре и прочие чины. Лишенный старинного права печалования, митрополит Афанасий нашел иной способ выразить протест против действий царя. Сразу после объявления об амнистиях он без ведома и согласия Грозного покинул митрополию и удалился в монастырь. Что побудило духовника царя к решительному разрыву с ним?
За год опричнина не успела пустить корни, и указ об амнистии подал всем надежду на ее близкую отмену. Введение опричнины приостановило действие законов и заменило право произволом самодержца. По традиции члена думы нельзя было осудить или отнять у него вотчину без боярского суда и сыска. Теперь и думных людей, и прочих дворян опричники могли подвергнуть преследованиям без всякой доказанной вины с их стороны.
Афанасий покинул пост митрополита, очевидно добиваясь упразднения опричных порядков. Царь мог бы назначить на его место одного из своих угодников — новгородского епископа Пимена или чудовского архимандрита Левкия. Но эти лица своим пособничеством опричнине скомпрометировали себя в глазах земщины, и Грозный должен был прислушаться к голосу духовенства и всей земли. Некоторые из высших иерархов оказались в стороне от бурных событий, потрясших столицу при учреждении опричнины. Одним из них был Герман Полев, получивший сан архиепископа Казанского накануне опричнины. На него и пал выбор царя. Герман принял предложение государя и священного собора, переехал на митрополичий двор и жил гам в течение двух дней. Святитель принадлежал к числу соратников Макария и продолжателей его традиций. Он не — тал скрывать от Ивана своего отношения к опричнине. Требуя ее отмены, Герман «претил» самодержцу страшным судом, «тихими и кроткими словесы его наказующе». Памятуя о неудаче митрополита Афанасия, пытавшегося вкупе с боярами добиться прекращения кровопролития, Герман не отважился на публичные выступления против Грозного, а ограничился беседой с глазу на глаз, чем и обрек себя на неудачу. Когда содержание беседы стало известно Басманову и другим руководителям опричнины, те высказались против поставления Полева. По настоянию Басманова Иван предложил Герману немедленно покинуть митрополичий Двор. Распри со священным собором ставили Грозного в трудное положение. После повторного обсуждения на соборе решено было поставить на митрополию игумена Филиппа, лицо нейтральное.