В 1566 году в Москву явились польские послы с предложением о прекращении войны. Власти созвали Земский собор, члены которого верноподданнически заявили, что готовы продолжать борьбу за Ливонию и принять на свои плечи все тяготы военного времени. На соборе присутствовал земский окольничий Михаил Иванович Колычев — троюродный брат Филиппа — и двенадцать представителей рода Колычевых. Столь широкого представительства не имела ни одна боярская фамилия. Филипп оказался приемлемой кандидатурой как для земщины, так и для опричнины. Одним из руководителей опричной думы стал его двоюродный брат — боярин Федор Умной-Колычев.
Опричнина обрушила свои главные удары на голову княжеской знати и выдвинула на авансцену нетитулованное старомосковское боярство. По случаю татарского набега осенью 1565 года Грозный не включил в московскую семибоярщину ни удельных князей, ни Шуйских, ни Патрикеевых. В семибоярщину вошли конюший И. П. Федоров, боярин В. Д. Данилов и др. По свидетельству очевидцев, царь признавал Ивана Петровича Федорова «более благоразумным среди других (бояр. — Р.С.) и высшим правителем всех» и «обычно даже оставлял вместо себя в городе Москве». Конюший один имел «обыкновение судить праведно», «охотно помогал бедному люду добиваться скорого и правого суда», что объясняло его исключительную популярность в столице.
Федоровы и Колычевы происходили из одного рода, и поддержка конюшего, по-видимому, имела при избрании Филиппа на митрополию не меньшее значение, чем санкция опричной думы. Колычев не присутствовал на Земском соборе, закрывшемся 2 июля 1566 года. Вызов в Москву он получил, вероятно, сразу после отставки Афанасия и Германа и к середине июля прибыл в столицу, где к тому времени назревали важные события. Участники Земского собора уже после его официального роспуска составили и подписали челобитную грамоту на имя царя с требованием покончить со злоупотреблениями и упразднить опричнину. Явившись во дворец между 17 и 20 июля, земские челобитчики заявили: «Все мы верно тебе служим, проливаем кровь нашу за тебя. Ты же… приставил к шеям нашим своих телохранителей (опричников. — Р.С.), которые из среды нашей вырывают братьев и кровных наших, чинят обиды, бьют, режут, давят, под конец убивают».
Несмотря на то что ходатайство земских бояр и членов собора носило верноподданнический характер, царь искал выход из кризиса в новых репрессиях. Все челобитчики, составлявшие цвет земского дворянства, были взяты под стражу.
В документальных источниках отсутствуют сведения об участии священного собора в выступлениях земских людей. Высшее духовенство оказалось разобщенным из-за отсутствия митрополита. Второй после митрополита иерарх архиепископ Пимен Новгородский был ревностным помощником опричной думы. Герман Казанский едва ли бы посмел взять на себя почин открытого выступления против опричнины после позорного изгнания с митрополичьего двора.
Попав в Москву в самый неподходящий момент, Филипп столкнулся с множеством затруднений. Он помышлял о том, чтобы избежать раздора с Пименом и другими царскими «ласкателями» и одновременно четко выразить свое отношение к выступлению земского руководства против опричнины. Филипп Колычев обладал суровым и непреклонным характером и проявил выдержку в ситуации, в которой растерялся бы любой человек. Не считаясь с мнением Пимена и его друзей, Колычев твердо осудил царскую опричнину. Вместе с тем он выступил от лица всего священного собора, добиваясь помилования для арестованных земских бояр и прочих челобитчиков.
Царь сменил гнев на милость после того, как Колычев согласился с его главным условием, чтобы после избрания в митрополиты Филипп «в опришнину и в царский домовный обиход не вступался», «а митропольи бы не оставлял». 20 июля 1566 года игумен подписал запись, подтверждающую указанные ограничения, через четыре дня переехал на митрополичий двор, а затем был посвящен в сан митрополита.
Благодаря вмешательству Колычева инициаторов антиопричного выступления освободили из-под стражи и они избежали пыточного двора и плахи. И. П. Федорова постигло сравнительно мягкое наказание. Его отослали из столицы на воеводство в Полоцк, на литовскую границу. Вскоре литовские власти тайно предложили конюшему убежище в Литве, указывая на то, что царь желал над ним «кровопролитство вчинити». Федоров отверг их предложение и арестовал королевского гонца.
Гонения не затронули таких членов Земской думы, как боярин И. И. Пронский и окольничий М. И. Колычев. Зато лишились голов некоторые второстепенные участники земского челобитья — князь В. Рыбин-Пронский, дворяне И. Карамышев и К. Буднов. Характерно, что Буднов служил под начальством Федорова в Конюшенном приказе. Пятьдесят рядовых дворян, подписавших челобитную грамоту, Подверглись торговой казни. Опричники водили их по улицам и били палками по икрам. Прочие челобитчики, не менее двухсот пятидесяти человек, после пятидневного тюремного заключения были отпущены из тюрьмы без наказания. Вмешательство нового митрополита достигло цели.