Колычев мог рассчитывать на поддержку осифлянского большинства собора. Негодование земского духовенства по поводу безобразий опричнины было неподдельным и искренним. Но единодушие собора оказалось непрочным. Против митрополита выступили иерархи, близкие ко двору и опричному правительству. К их числу принадлежали Пимен, архиепископ опричного Суздаля Пафнутий, царский духовник Евстафий и др. Особенно усердствовал духовник, доносивший на Колычева «яве и втаи». Чтобы урезонить Евстафия, митрополит наложил на него епитимию, действовавшую на протяжении всего собора. В конце концов один из епископов окончательно предал Колычева и его приверженцев и «общий совет их изнесе» государю. Авторы «Жития» не называют имени епископа, но можно полагать, что им был новгородский архиепископ Пимен, наиболее энергичный противник митрополита на соборе. Донос поставил членов собора в трудное и щекотливое положение, многие из них «своего начинания отпадоша».
Как только члены собора удостоверились, что их замыслы раскрыты и самодержец гневается, их обуял страх и они «страха ради и глаголати не смеяху и никто не смеяше противу что рещи, что [бы] царя о том умолити и кто его возмущает, тем бы запретите». Священный собор проявил бы больше твердости, если бы мог опереться на поддержку Боярской думы. Однако Земская дума сама понесла большие потери. Неугодные царю бояре либо подверглись казни, либо были удалены из Москвы. Титулованная знать была запугана ссылкой и земельными конфискациями. Старомосковские фамилии (Челяднины, Морозовы, Шеины, Колычевы и Головины) испытали на себе действие террора.
Во время решающих прений на священном соборе Филипп обратился к епископам с вопросом: для того ли они собрались, чтобы молчать? «На се ли взираете, — сказал он, — еже молчит царский сеньклит: они бо суть обязалися куплями житейскими». В своем выступлении против опричного произвола Филипп не смог опереться ни на Земскую думу, ни на священный собор, ни на старцев обители, которой он посвятил всю свою жизнь.
В первых посланиях к соловецким старцам митрополит обращался к «старцу Ионе и старцу Паисеи, келарю и казначею, священником и всей братии». В уставщике Ионе Шамине Филипп, возможно, видел наиболее достойного инока и подвижника. Старцы избрали игуменом Паисия. Местный летописец описал все, что произошло на Соловках после отъезда Колычева, кратко и, по-видимому, точно: «В лето 7075-го. На Соловках на игуменство Паисею поставили… В лето 7076-го Паисея игуменом в монастыре зимовал. Того же. году на весну в монастырь в Соловки приехал суздальской владыка Павнутей, да архимандрит Феодосий, да князь Василей Темкин, да с ним 10 сынов боярских дворян, про Филиппа обыскивали».
Путь из столицы на Белое море был далек, и если комиссия прибыла в монастырь к весне, значит, из Москвы отправилась, скорее всего, на исходе зимы. Записки соловецкого летописца наводят на мысль, что инициатива окончательного разрыва принадлежала не Филиппу, как думали до сих пор, а самому монарху. Не желая терпеть поучений митрополита и получив донос насчет готовившегося выступления церковного собора, Грозный решил избавиться от неугодного пастыря.
Даже в глазах членов опричной думы суд над первосвященником был делом сомнительным. Главные руководители опричнины предпочли остаться в тени, поручив подготовку суда над Филиппом человеку, случайно оказавшемуся в опричнине. Розыск возглавил князь В. И. Темкин-Ростовский, имевший весьма запятнанное (в глазах опричников) прошлое. Много лет Темкин служил боярином в удельном княжестве Старицких. В начале Ливонской войны Темкин попал в плен к литовцам и только благодаря этому обстоятельству избежал царской опалы. Сын Темкина и все его братья были сосланы на поселение в Казанский край, откуда вернулись благодаря амнистии. 5 июля 1567 года В. И. Темкин вернулся из плена на родину. За ним на границу были высланы два опричника, а это значило, что Иван IV уже тогда решил взять его в «государеву светлость». Зачисление в опричнину литовских пленников объяснялось довольно просто. Все они не поддались на уговоры русских эмигрантов в Литве и вернулись на родину, невзирая на преследование их родни.
Темкин явился на Соловки в сопровождении десятка опричных дворян. Главным судьей вместе с Темкиным назначили епископа опричного Суздаля Пафнутия. Формально розыскная комиссия была опрично-земская, поскольку в нее помимо названных лиц входил еще и Феодосий Вятка, занявший в 1567 году пост архимандрита Андроньевского монастыря, стоявшего в земской половине Москвы.
Считается, что комиссии Темкина удалось путем угроз добиться от Паисия и других соловецких монахов показаний, компрометировавших Колычева. Однако свидетельство соловецкого летописца опровергает такое представление. «И игумена Паисею, — записал очевидец, — к Москве взяли да десять старцов… В лето 7077-го. Игумена Паисею и иных старцов разослали по манастырем». Итак, ученик Филиппа Паисий был лишен сана, а позже сослан в чужой монастырь. По преданию, перед отъездом с Соловков комиссия Темкина опечатала монастырскую казну и ризницу вплоть до особого решения.