Синодик опальных царя Ивана Грозного, составленный на основании опричных донесений, не оставляет сомнения в том, что митрополит пытался предотвратить расправу с Федоровым, ложно обвиненным в государственной измене.
После выступления Филиппа опричники ворвались на митрополичий двор и схватили его советников. Несколько дней спустя, рассказывают Таубе и Крузе, старцев забили насмерть железными палицами, водя по улицам столицы. Синодик подтверждает слова Таубе и Крузе: погибли старцы Леонтий Русинов, Никита Опухтин, «митрополичий меховщик» (сборщик пошлин) Федор Рясин и Семен Мануйлов. Мануйловы издавна служили в боярах у митрополитов.
Как следует из синодика, за избиениями в Москве последовали казни в Коломне, куда был сослан Федоров. В коломенском списке значатся имена убиенных: «Владыки коломенского боярина Александра Кожина, кравчего Тимофея Собакина конюшего Федорова, да владыки коломенского дьяк Владыкин. Ивановы люди Петрова Федорова — Смирнова Кирьянова, дьяка Семена Антонов, татарин Янтуган Бахмета, Ивана Лукин… Ортемя седельник. В коломенских селах Григорий Ловчиков отделал: Ивановых людей 20 человек».
Как видно, не только митрополит, но и коломенский епископ Иосиф пытался помешать расправе с главой земщины, однако Иосифа постигла неудача. Опричники казнили его боярина Кожина и дьяка. Под Коломной располагались родовые вотчины Челядниных-Федоровых — Кишкино и Мартыновское. То ли на коломенском подворье, то ли в сельской усадьбе опричники убили ближних слуг боярина — его кравчего Т. Собакина, дьяка Антонова, а также дворовых людей и сельскую челядь. Опричник Григорий Ловчиков донес царю об избиении в федоровских селах двадцати «христиан» из боярской дворни.
Федоров был одним из самых богатых людей своего времени. Кроме сел под Коломной он владел обширными землями в Губином Углу. Карательный поход туда возглавил Малюта Скуратов. Как значится в синодике, «во Губине Углу Малюта Скуратов отделал 30 и 9 человек». Кровавые подвиги в федоровских вотчинах положили начало стремительному возвышению Скуратова в опричнине. Разгромом главных вотчин Федорова на границах с Новгородом руководил сам царь. 6 июля 1568 года опричники подвели своеобразный итог своей деятельности со времени раскрытия «заговора» Федорова. На основании их отчета в синодик была включена любопытная запись: «Отделано 369 человек и всего отделано июля по 6 число». Репрессии носили беспорядочный характер. Опричники убивали дворян и приказных людей на улицах, в приказах, на гарнизонной службе и в полках. В синодике названы имена многих казанских ссыльных, незадолго до того заслуживших «прощение». Жертвами опричников стали Шеины, Сабуровы, Колычевы, Карповы, князья Курлятев, Сицкий, Сисеев и другие. Непрекращавшиеся казни побудили митрополита Филиппа прибегнуть к крайнему средству давления на царя. Глава церкви демонстративно оставил митрополичий двор.
Раздор, порожденный опричниной, вынудил сначала монарха, а потом первосвященника покинуть Кремль. Поводом к окончательному разрыву между Филиппом и Грозным послужил инцидент, происшедший 28 июля 1568 года. В этот день царь с опричной свитой неожиданно явился в Новодевичий монастырь, чтобы участвовать в крестном ходе. Когда Грозный со свитой вошел в храм, один из опричных бояр не снял с головы черной тафьи. Стоглавый собор особым постановлением осудил обычай бояр и князей стоять на богослужениях в тафьях, «занеже чуже есть православным таковая носити, то предание проклятого и безбожного Махмета». Опричные бояре из окружения царя не могли не знать этого постановления Стоглава, но они упивались властью над земщиной и считали, что закон им не писан. Выходка опричника рассердила Филиппа, и он сделал резкий выговор ему. Иван воспринял слова митрополита как личное оскорбление и в гневе удалился с богослужения. После этого инцидента Колычев окончательно переселился в монастырь Николы Старого за Торгом в Китай-городе. Формально Филипп совершил то же, что двумя годами раньше его предшественник Афанасий. Но, в отличие от Афанасия, Колычев отказался сложить с себя сан митрополита и, перейдя жить в монастырь, сохранил все атрибуты власти. Отказ сложить сан он оправдывал, по-видимому, ссылкой на данное им при избрании обязательство «по поставленьи за опришнину и за царской домовой обиход митропольи не оставливати».