Царь Иван отличался набожностью и имел самые возвышенные представления о своей миссии верного сына и защитника православной церкви. Ни один из московских государей не заботился столько о своей репутации «благочестивейшего государя», сколько Грозный. Полный и окончательный разрыв с главой церкви поставил его в двусмысленное и трудное положение.
Находясь в Александровской слободе в августе 1568 года, Грозный отдал приказ о суде над главой церкви. Тогда же архиепископ Пимен был вызван из Новгорода в Москву. Будучи вторым после митрополита иерархом, Пимен должен был возглавить соборный суд над Филиппом.
Опричная дума не посмела обвинить Ф. Колычева в государственной измене и намеревалась низложить его за «порочную жизнь». По преданию, опричники заручились лжесвидетельством подставного лица — певчего одного из кремлевских соборов. Но попытка оклеветать митрополита не удалась. Тем временем с Соловков вернулась судная комиссия, расследовавшая «порочную» жизнь Колычева на Соловках.
Комиссия завершила работу на Соловках далеко не так быстро, как того хотело опричное правительство. Опричный боярин князь В. Темкин и дьяк Пивов усердствовали изо всех сил. Но собранные ими улики оказались столь шаткими, а обвинения столь неправдоподобными, что самый авторитетный из членов комиссии суздальский епископ Пафнутий отказался подписать «обыск».
Опричники опасались судить Колычева, пока у того оставались влиятельные покровители в Земской думе. Поэтому перед самым судом Грозный решил нанести думе давно подготовлявшийся удар.
11 сентября 1568 года Иван приказал собрать во дворце думных людей, опричных и земских дворян. Сюда же привели осужденного Федорова. Судебное разбирательство было заменено коротким фарсом. Иван велел несчастному боярину облечься в царские одежды и взойти на трон, а затем обнажил голову, преклонил колени и обратился к нему с речью. «Ты имеешь то, что искал, к чему стремился, чтобы быть великим князем Московии и занять мое место, — будто бы сказал он, — вот ныне ты великий князь, радуйся теперь и наслаждайся владычеством, которого жаждал». Затем по знаку царя Федоров был убит. Опричники выволокли труп боярина из дворца и бросили в навозную кучу возле Неглинной, на границе между опричниной и земщиной. Опричники казнили Федорова как главу заговора в пользу Старицкого, но имя последнего на суде не называлось. Показания князя Владимира могли быть использованы для обличения конюшего. Однако Грозный был невысокого мнения о брате и даже писал, что его дурость всем ведома. По этой причине он на год отослал князя Владимира в Нижний Новгород.
Одновременно с Федоровым казни подверглись другие члены Боярской думы. В синодике находим следующую документальную запись относительно этих расправ: «Отделано: Ивана Петрович Федоров, на Москве отделаны Михайла Колычев да три сыны его: Боулата, Симеона, Миноу. По городам: князь Андрей Катырев, князя Федора Троекуров, Михаила Лыкова с племянником». Согласно свидетельству очевидцев, окольничий М. И. Колычев погиб в Москве в один день с Федоровым, прочие же лица были казнены «по городам»: боярин князь А. И. Катырев — в Свияжске, князь Ф. И. Троекуров — в Казани, окольничий М. М. Лыков — в Нарве.
Убитый окольничий Колычев был ближайшим сподвижником Федорова и к тому же троюродным братом опального митрополита.
Голову Михаила Колычева царь велел зашить в кожаный мешок и отвезти к Филиппу в монастырь Николы Старого. Таким путем он думал запугать святителя, «преломить его душу» накануне суда.
Запугав казнями земскую Боярскую думу, Иван IV устранил последние препятствия к низложению главы церкви. Какими бы ни были взаимоотношения монарха с первосвященником, в истории России не было случая низложения митрополита по решению светских судей. Самодержец допустил вопиющее нарушение традиций. Князь Курбский отозвался на суд в Москве гневной филиппикой: «Кто слыхал зде епископа от мирских судима и испытуема?» Авторы «Жития» также отметили законопреступный характер действий монарха: «не убоялся суда Божия, еже царем не подобает святительския вины испытывати, но епископи по правилом судят».
Опричники Темкин и Пивов представили думе составленный ими обыск о скаредных делах Филиппа, после чего запуганная дума вынесла решение о суде над ним. Сам суд, по свидетельству очевидцев, был поручен представителям «всех духовных и светских чинов», иначе говоря, священному собору и думе.