Покидая Новгород в феврале 1570 года, царь оставил там своих эмиссаров — К. Д. Поливанова и У. В. Безопишева. Главный опричный эмиссар Поливанов руководил продолжавшимися реквизициями монастырских богатств. В период с 13 февраля по 13 октября опричники взыскали с монастырей 13 тысяч рублей. Специальный царский посланник опричник П. Г. Совин в середине октября вывез собранные деньги в Москву. В конце того же года опричное правительство приняло решение о прекращении реквизиций в Новгороде. Причины, побудившие опричнину прекратить гонения против духовенства, довольно просты. К началу 1571 года власти приурочили объявление о переходе Головины Новгородской земли в опричнину.
Новгородская церковь не имела пастыря почти два года, со дня ареста Пимена. За это время в положении древнейшей епархии России произошли крупные перемены. В источниках имеются указания на то, что в 1570–1571 годах царь изъял из ведения новгородского Софийского дома земли русского Севера, некогда принадлежавшие Новгородской феодальной республике, включая Двину, Холмогоры, Каргополь, Турчасов, Вагу «с уезды». Эти территории были переданы под управление опричного Вологодского епископства. Иван IV старался подорвать влияние новгородской церкви с такой же решительностью, с какой Иван III боролся с новгородским боярством. Московские власти разрешили восстановить высшую церковную иерархию в Новгороде лишь после того, как там пустили корни опричные порядки. Решение о посылке в Новгород нового архиепископа объяснялось тем, что новая опричная администрация Новгорода нуждалась в авторитете церкви.
В конце 1571 года на архиепископство в Новгород был прислан Леонид — бывший архимандрит кремлевского Чудова монастыря. Ученик и преемник известного царского «ласкателя» Левкия, в свое время заслужившего проклятия от Курбского, Леонид пользовался полным доверием опричного руководства, был корыстолюбив и неразборчив в средствах. Едва прибыв в Новгород, он объявил, что будет штрафовать попов и монахов, которые осмелятся звонить в колокола раньше, чем позвонят у Софии. Сумма штрафа была исключительно велика и составляла 2 новгородских рубля. Это первое распоряжение архиепископа сильно охладило радость местного духовенства по поводу назначения нового пастыря.
Архиепископ, не стесняясь, вымогал подарки у своих подчиненных. Во время церковной службы он стал ругать юрьевского архимандрита Феоктиста за то, что тот не «кажет» и не подписывает у него «настольной грамоты». Феоктист достаточно хорошо знал владыку и решил объясниться с ним начистоту: «Тоби деи у мене хочется содрать, а мне тобе нечего дать… хочешь, де, с меня, владыко, и ризы здери, и я о том не тужю».
При посещении Новгорода в 1572 году царь пожаловал новгородскому духовенству «милостинные деньги», которые целиком присвоил себе Леонид. Игумены и попы пытались искать справедливости у Грозного. Тогда архиепископ вызвал всех жалобщиков в Софийский собор, велел им снять ризы и обругал последними словами: «Собаки, воры, изменники, да и все новгородцы с вами, вы, де, меня оболгали великому князю». Оскорбленные священники отказались служить обедню во всех городских церквах. Разразился скандал, который удалось замять лишь после вмешательства царя. Леонид объявил «прощение» монахам, но еще целый месяц держал гнев на городских священников. Вскоре он придрался к софийским дьякам и поставил их на правеж, требуя по полтине с головы за их опоздания, «что дьяки не ходят к началу к церкви».
В годы опричнины лишь немногие святители подобно Филиппу Колычеву не боялись монаршего гнева и не щадили живота во имя исполнения своей пастырской миссии. Большинство иерархов в страхе молчало и заботилось лишь о том, чтобы пережить кровавое время. Но были и такие деятели, как Пимен и Леонид. Они угодничали перед самодержцем и поддерживали все его начинания. Приняв новгородскую кафедру, Леонид полностью подчинил новгородскую церковь целям опричной политики.
За время существования Новгородской феодальной республики Софийский дом канонизировал множество местных владык и угодников. Церковные меры призваны были подкрепить политический принцип независимости новгородцев. После крушения республики немногие из местных чудотворцев удостоились чести стать общерусскими святыми. Лишь в середине XVI века митрополит Макарий, много лет управлявший новгородской епархией, включил в общерусский пантеон святых четырех самых знаменитых новгородских владык, а также двух игуменов. Стремясь вернуть авторитет разгромленной новгородской церкви, архиепископ Леонид выступил с почином канонизации новых чудотворцев, которые проявили себя в самое подходящее время — в дни посещения города царем.