Одна за другой с политического горизонта исчезли фигуры, несшие наибольшую ответственность за новгородский разгром. Малюта Скуратов неотступно следовал за царем, куда бы тот ни поехал. Он находился в свите царя в Новгороде летом 1572 года. Последним подвигом обер-палача явились казни, проведенные в Новгороде в дни подготовки указа об отмене опричнины. Тогда, записал новгородский летописец, царь православный «многих своих детей боярских метал в Волхову реку с камением, топил».
Ни полная покорность, ни лесть окружающих не могли заглушить страх Грозного перед тайной боярской крамолой. Как человек благочестивый, государь даже готов был видеть в «измене» бояр наказание за грехи. «…По грехам моим учинилось, — писал царь Василию Грязному в 1574 году, — и нам того как утаити, что отца нашего и наши князи и бояре учали нам изменяти…»
В дни опричнины царь через посланника А. Дженкинсона просил королеву Елизавету о предоставлении ему убежища в Англии. В связи с отменой опричнины Иван IV уведомил посла о прекращении переговоров по этому поводу. Однако летом 1574 года тайные переговоры с английским двором были возобновлены. Пригласив к себе английского гонца Д. Сильвестра, Грозный заявил, что желает заключить с королевой специальный договор, который бы определял условия его приема и проживания в Англии. Самодержец требовал утверждения договора королевским советом.
Отменив опричнину, самодержец распустил опричную гвардию, место которой занял так называемый «двор». Малюта помог царю избавиться от опричных руководителей, забравших в свои руки слишком большую власть. Его влияние на дела было исключительным, но вскоре после отмены опричнины Скуратов погиб в Ливонии. Казни надолго прекратились. Видное место в первом послеопричном правительстве заняли представители фамилий, пострадавших от опричного террора. К числу их принадлежали В. И. Умной-Колычев и князь Б. Д. Тулупов. Объявив изменниками учредителей опричнины, самодержец приблизил ко двору лиц, пострадавших от них.
Грозный не доверял Москве и хлопотал о том, чтобы устроить себе резиденцию в Новгороде. Послушные воле самодержца, многие руководители «двора» поспешили расстаться со своими поместьями в московских уездах и получили от казны огромные новгородские поместья. Архиепископ использовал шанс, чтобы установить особые отношения с руководителями «двора», ставшими крупными новгородскими помещиками. Леонид не мог представить, какие последствия для него будут иметь связи с «двором».
На долю первого послеопричного правительства выпала трудная задача умиротворить и успокоить страну, потрясенную погромами и террором. Но оно не успело выполнить свою задачу и распалось под влиянием внутренних разногласий. Верх одержали Нагой, Бельский и Годуновы, настоявшие на возвращении к опричным методам управления страной. В. И. Умного и Б. Д. Тулупова обвинили в государственной измене и передали в руки палача. Семья Тулуповых была издавна связана с Софийским домом в Новгороде. Князь Андрей Тулупов служил главным боярином у новгородского архиепископа Пимена и погиб вместе с ним. Уцелевшие члены семьи Тулуповых сложили головы в августе 1575 года. Княжеский род Тулуповых-Стародубских был искоренен. Вместе с Умным погиб видный дворянин А. Старого-Милюков, ранее возглавлявший опричную администрацию Новгорода.
Попытка царя противопоставить Новгород Москве не привела к успеху. Противостояние между столицей и ее давним соперником приобрело новую форму и вновь закончилось не в пользу Новгорода. Розыски об измене Умного, Тулупова, Милюкова положили начало второму «новгородскому делу». Подозрения в измене пали на архиепископа Леонида.
Источники противоречат друг другу, коль скоро речь идет о времени суда над Леонидом. Курбский считал, будто архиепископ (имени которого он не знал) подвергся казни «аки по двух летех» после назначения в Новгород, иначе говоря, в 1573 году. Поздний новгородский летописец также утверждал, будто Леонид «бысть на владычестве два года». Приведенные известия лишены достоверности. Самым надежным источником следует признать «Краткий владычный летописец», который составлялся в новгородском Софийском доме и фиксировал продолжительность правления архиепископов в днях и месяцах. Этот источник сообщает, что Леонид пробыл на владычестве 4 года без полутора месяцев: с 6 декабря 1571-го (7080-го) до кончины 20 октября 1575 (7084) года. Ту же дату гибели Леонида (7084) называет и соловецкий летописец.