Разгром новгородской церкви, ограбление местных монастырей и казнь лиц духовного звания ухудшили взаимоотношения между царем и церковниками. Все это привело к тому, что власти вернулись к мерам ограничения податных привилегий монастырей. Сразу после отмены опричнины власти 9 октября 1572 года издали указ, согласно которому любые земельные пожертвования крупным монастырям полностью запрещались. Если дворянин завещал вотчину монастырю, «ино, — значилось в указе, — ее (вотчину. — P.C.) в Поместной избе не записывати, а отдавати ее роду и племяни, служилым людем, чтоб в службе убытка не было, и земля бы из службы не выходила». Исключение делалось для малоземельных монастырей, но и они могли принять земельные пожертвования лишь «доложа государя», с боярского приговора. Только одну серьезную уступку правительство сделало всему черному духовенству в целом. По приговору 1572 года наследники вотчин, некогда пожертвованных монастырям, навсегда лишились права выкупа родовых земель: «а монастырских вотчин вотчичем вперед не выкупати».
Многие годы особым расположением Грозного пользовались столичные обители. Симоновский монастырь удостоился чести быть принятым в опричнину. Двое архимандритов — чудовский и симоновский — сопровождали царя в Новгород зимой 1571/72 года. После отмены опричнины царь охладел к своим прежним любимцам, слишком тесно связанным с опричными руководителями, обвиненными в измене и казненными в 1570–1571 годах. Царь казнил духовных лиц, разграбил Софийский дом. Он знал, что из-за подобных святотатств рискует утратить славу благочестивого государя всея Руси. Стремясь не допустить этого, Иван IV взялся за перо, чтобы выставить себя поборником истинного благочестия и обличить монахов, погубивших праведное иноческое житие.
Особым доверием Грозного издавна пользовался Кирилло-Белозерский монастырь, в стенах которого царю и его сыновьям были отведены особые кельи. В разгар опричных казней на Белоозеро удалился Иван-Большой Васильевич Шереметев — один из выдающихся деятелей Боярской думы периода Избранной рады. Постригшись в монахи под именем старца Ионы, боярин благодаря своим исключительным богатствам приобрел большое влияние на дела обители. Новоявленный постриженник держал «про себя» особый годовой запас провизии и не считался с монастырскими запретами и ограничениями. В 1572 году Иван IV отослал в Кириллов родственника умершей жены Марфы Собакиной Василия Собакина, принявшего в монашестве имя Варлаама. Шумные распри между Ионой Шереметевым и Варлаамом нарушили праведное житие северной обители. Царь надеялся найти успокоение от мирских тревог в Кирилловском монастыре, но и тут крамольные бояре не желали оставить его в покое.
Когда кирилловские старцы обратились к государю с грамотой, сообщая о раздорах в монастыре и требуя совета и поучения, Иван IV, отложив дела, написал им обширную эпистолию. С притворным смирением царь-инок писал о том, что никогда не дерзнет учить послушников пречистой обители: «Увы, мне, грешному, горе мне окаянному, ох мне, скверному! Кто есть аз, на таковую высоту дерзати?» Далее самодержец каялся во всех смертных грехах: «А мне, псу смердящему, кому учити и чему наказати и чем просветити? Сам повсегда в пияньстве, в блуде, в прелюбодействе, в скверне, во убийстве, в граблении, в хищении, в ненависти, во всяком злодействе…»
Покончив с покаянием, царь подробно изложил свой взгляд на состояние монастырей и монашества в России. Отношения с духовенством Иван склонен был оценивать сквозь призму своих представлений о великой боярской «измене», имевших характер навязчивой идеи. Жертвуя земли и прочие богатства в монастыри, бояре, по мысли царя, неизбежно приобретали огромное влияние на монахов и на образ жизни в монастырях. Эта идея буквально пронизывает письмо царя в Кирилло-Белозерский монастырь, написанное осенью 1573 года. Прежние подвижники, писал Грозный, не гонялись за боярами, не говорили стыдных слов: «Яко нам з бояры не знатся — ино монастырь без даяния оскудеет». Нынешние же монахи «гоняются» за боярами ради их богатств, что и приводит в упадок даже самые знаменитые обители.
Пагубное влияние бояр на честное монашеское житие, утверждал царь, сказывалось во всем. Поселяясь в обители, бояре тотчас нарушают строгие монастырские уставы и вводят свои, «любострастные, уставы»; не хотят жить «под началом», бесчинствуют, развращают братию пирами. Грозный называл по имени виновников гибели благочестия: Вассиан Шереметев ниспроверг честное жительство в Троице-Сергиевом монастыре, его сын Иона тщился погубить последнее светило — Кирилло-Белозерский монастырь. Особым нападкам царь подверг за неблагочиние бывший опричный Симоновский монастырь и Чудов, власти которого были известны особой близостью к опричному руководству. Монахи, писал Грозный, ввели столько послаблений, что «помалу, помалу и до сего, яко же и сами видите, на Симонове кроме сокровенных раб божих, точию одеянием иноцы, а мирская вся совершаются, яко же и у Чюда быша среди царствующего града пред нашима очима — нам и вам видимо».