Иван Грозный считал себя хранителем чистоты православной церкви и всячески поощрял доносы на неблагочиние духовенства. В государственном архиве хранилось «сыскное дело про московского митрополита Антония да про крутицкого владыку Тарасия 7083 и 7084 году». Опись того же архива упоминает о четырех отписках к царю дьяка А. Я. Щелкалова. Против одной из отписок в тексте описи сделана помета: «Лета 7083-го сентября в 19 день такова грамота отдана по государеву приказу в Иосифов монастырь Офонасью Федоровичю Нагому…» Содержание одной из недатированных грамот изложено в описи более подробно: «Отписка Ондреева руки Щелкалова, писал ко государю о крутицком митрополите и о симоновском архимарите, что крутицкой митрополит пьет, а в город не выезжает, а симоновский архимарит, не хотя быть в архимаритех и умысля, причастился без патрихели, а сказал, что бутто ся беспаметством».
Розыск о митрополите Антонии и крутицком епископе Тарасии проводился на рубеже 7083–7084 годов, то есть летом — осенью 1575 года. Именно в это время царь предал суду архиепископа Леонида. Ни Антоний, ни Тарасий не поддерживали тесных связей с вождями опричнины, а затем с верхушкой «двора». По этой причине неблагочестие Тарасия легко сошло с рук. Он занимал свою кафедру по крайней мере до 1578 года. Симоновский архимандрит Иосиф умыслил сложить сан, чтобы избежать опалы и суда. Но его постигла неудача.
Гибель Леонида и архимандрита Евфимия подтверждает наличие обвинения их в заговоре и измене, но никак не факт самой измены. Леонид поддерживал дружбу с опричной администрацией Новгорода, позже с руководителями первого послеопричного правительства, перешедшими на поместья в Новгороде. Казнь руководителей «двора» повлекла за собой гибель близкого к опричнине духовенства.
Когда архиепископа Леонида предали пыткам, он покаялся в том, что участвовал в заговоре и впал в ересь, занимаясь колдовством. Д. Горсей является единственным автором, который сообщает о том, что во время суда над архиеписком были сожжены его ведьмы. Этот рассказ находит подтверждение в источнике, составленном на основании опричных архивов. Среди записей синодика, относящихся к 1575 году, можно прочесть следующие строки: «В Новгороде 15 жен, а сказывают ведуньи, волховы». Отмеченная подробность не оставляет сомнения в осведомленности Горсея.
Главным свидетелем обвинения в деле об измене Леонида выступал лейб-медик Бомелей. Выходец из Вестфалии Бомелей подвизался при дворе Грозного в роли придворного медика и политического советника, а также оказывал царю всевозможные грязные услуги: составлял яды для впавших в немилость придворных, некоторых из них (например, Григория Грязного) отравил собственноручно. На Руси иноземца и еретика считали колдуном и обвиняли во всевозможных преступлениях. Бомелей приобрел большое влияние на личность Грозного, впервые познакомив его с астрологией. Составленные им гороскопы сулили царю всевозможные беды, но открывали также и пути спасения.
Бомелей лечил царскую семью и ближних бояр. Казнь членов «дворового» руководства не могла не отразиться на его судьбе. Астролог решил, что ему пора позаботиться о собственном спасении. Он предпринял попытку бежать из России. Взяв на имя своего слуги подорожную для поездки в Ригу, астролог отправился на границу, предварительно зашив в подкладку платья все свое золото. В Пскове его опознали как подозрительного иноземца, схватили и в цепях отправили в Москву. Бомелей и его слуги были подвергнуты страшным пыткам. Не выдержав мучений, они оговорили не только Леонида, но и многих других видных лиц.
После отмены опричнины царь установил особые отношения с Новгородом и назначил своего наследника царевича Ивана великим князем новгородским. Сохранилось донесение оршанского воеводы Ф. Кмита литовскому правительству от 2 марта 1574 года. Воевода, регулярно посылавший «шпигов» в пределы России, записал с их слов сведения о том, что «сына дей старшого князь великий (Иван IV. — Р.С.) посадил на царстве на Новегороде Великом».