«История патриарха Иова» рассказывает, что первый духовный чин он получил в Старице «благорассмотрением» благочестивого царя Ивана. Можно установить, что произошло это в разгар казней, когда Иван сделал Старицу своей главной опричной резиденцией и произвел там обычный «перебор людишек». При таких обстоятельствах Иов получил в управление опричный старицкий Успенский монастырь. Как человек средних способностей, Иов не добился повышения в течение десятилетия, хотя и находился постоянно на виду у Грозного. Лишь в 1581 году он возглавил коломенское епископство и, казалось бы, достиг предела своих возможностей. Однако с приходом к власти Годунова все переменилось.
В разгар кризиса, 9 января 1586 года, Иова перевели из Коломны в Ростов и посвятили в сан архиепископа Ростовского, Ярославского и Белозерского. Бывший опричный архимандрит сделал головокружительную карьеру. Пробыв архиепископом менее года, Иов 11 декабря 1586 года занял митрополичью кафедру.
Однако князья Шуйские не смирились с поражением. По некоторым сведениям, их сторонники столичные купцы Федор Нагой, Голуб и другие пытались спровоцировать уличные беспорядки и использовать их для разгрома дворов Годуновых. Достоверность этих сведений не поддается проверке. Как бы то ни было, правитель Борис использовал версию о заговоре Шуйских для расправы с теми лицами, которые участвовали в подаче челобитной царю Федору.
Шесть сообщников Андрея Шуйского из числа «торговых мужиков» были выведены на пустырь у стен Кремля и обезглавлены. Боярин Андрей Шуйский и его братья Василий (будущий царь), Дмитрий, Иван и Александр были сосланы в свои вотчины, а позднее взяты под стражу. Боярина И. П. Шуйского арестовали в его вотчине, отправили в Кирилло-Белозерский монастырь и там насильно постригли в монахи. Шуйский был одним из лучших воевод России. Именно он возглавил оборону Пскова от войск короля Батория и спас страну от полной катастрофы в конце Ливонской войны. 16 ноября 1588 года старец Иов — регент и воевода — был тайно умерщвлен в монастыре по приказу Бориса Годунова. Полгода спустя в темнице при неизвестных обстоятельствах скончался Андрей Шуйский. Сторонники Шуйских князья Татевы-Стародубские и И. Ф. Крюк-Колычев угодили в ссылку. Боярин Ф. И. Шереметев вынужден был уйти в монастырь.
Попытка Шуйских захватить власть не удалась. Борис Годунов и его помощник думный дьяк и «канцлер» Андрей Щелкалов сосредоточили в своих руках бразды правления государством. Столкновение с боярской аристократией породило глубокий политический кризис, чреватый новой опричниной. В трудный момент Годунов показал себя мудрым государственным деятелем. В разгар кризиса он не побоялся распустить «двор» — последыш опричнины. Политическое наследие Грозного было уничтожено. Роспуск вооруженного охранного корпуса — «двора» — ослабил позиции правителя. Тем не менее Годунов подавил боярскую крамолу, не прибегая к кровавой резне и погромам.
Стремясь найти опору в дворянстве, Борис Годунов приступил к социальным реформам. Власти стали освобождать от податей помещичью запашку в дворянских усадьбах. Эта мера провела глубокую борозду между привилегированным неподатным дворянским сословием и низшими податными сословиями. В угоду помещикам приказные ведомства А. Я. Щелкалова временно наложили запрет на выход крестьян в юрьев день. Как раз в конце 1580-х годов в России начал складываться режим «заповедных лет». Заповедью на Руси называли всякого рода запреты. В заповедные годы власти запретили жителям городов — посадским людям — покидать тяглые (податные) дворы, а крестьянам уходить со своих тяглых пахотных наделов. Феодальное государство сделало решительный шаг к закрепощению крестьян.
Правление Бориса Годунова явилось важным этапом в развитии самодержавно-крепостнического строя в России. Переход трона к слабовольному и неспособному к управлению Федору лишь на время ослабил власть. Поражение Шуйских знаменовало возврат к прежним порядкам, установленным Грозным. По иронии судьбы, недееспособный Федор, за которого правил Борис Годунов, впервые официально усвоил титул самодержца.