При Грозном Россия превратилась в мировую державу, ставшую после падения тысячелетней Византийской империи главным оплотом православной религии. Начавшаяся перестройка ее государственной системы на самодержавных началах неизбежно должна была повлечь за собой перестройку церкви. Величие самодержавия было неполным без великой церкви. Церковь освящала власть московских государей, и ее главе надлежало носить высший церковный титул.
Безвозвратно минуло время, когда вселенская православная церковь, возглавляемая царьградским патриархом, рассматривала русскую митрополию как второстепенную периферийную епархию. Падение Византийской империи привело к перераспределению ролей. Некогда могущественная церковь пришла под властью турецких завоевателей в полный упадок, в то время как русская достигла наивысшего расцвета. В Московском царстве митрополиты располагали несравненно большими возможностями и богатствами, чем константинопольский патриарх под властью иноверцев. Положение же младших патриархов Александрии и Антиохии было и вовсе бедственным.
Новая действительность получила отражение в сочинениях русских книжников, сформулировавших доктрину «Москва — третий Рим». Гибель второго Рима (Византии), утверждали они, превратила Московское царство («третий Рим») в главный оплот православия. Со временем идеологи сильной церкви дополнили эту доктрину новыми рассуждениями. Если Россия стала главным средоточием всемирного православия, утверждали они, ее церковь должно возглавлять лицо с высшим духовным саном. Подле православного самодержца должен стоять патриарх, как это и было прежде в Константинополе.
Попытки католической церкви подчинить себе посредством унии православные епископства Западной Руси в пределах Речи Посполитой придавали особое значение церковной реформе в России. Сторонники учреждения патриаршества в России мечтали о том, чтобы собрать рассыпанную храмину русской православной церкви — митрополии Киевской и всея Руси — под эгидой московского патриарха.
Правитель Борис Годунов выступил главным инициатором церковной реформы в России. Помимо общих идей он имел сугубо личные мотивы, побуждавшие его спешить с церковным делом. Правление Годунова началось несчастливо. Он терпел унизительные неудачи. Не в силах справиться со своими недругами, он, подобно Грозному, готовился покинуть Россию, чтобы вместе со своими близкими укрыться в Англии.
Назначение преданного Иова на митрополию было для Бориса бесспорной удачей, ибо даже в узком кругу высших церковных иерархов Иова мало кто принимал всерьез. В отличие от «мудрого грамматика» Дионисия новый руководитель церкви не блистал талантами. Он обращал на себя внимание разве тем, что мог выразительно и без запинок читать наизусть длиннейшие молитвы, «аки труба дивна, всех веселяя и услаждая слухи сердца слышателей». Борис готов был употреблять любые средства, чтобы упрочить престиж Иова. Без авторитетного руководства церковь не могла восстановить своих позиций. Между тем обстановка острого социального кризиса требовала возрождения сильной церковной организации. В такой ситуации правитель Борис Годунов попытался использовать греческие связи церкви, чтобы добиться учреждения патриаршества в Москве.
Могущество и блеск Российского царства манили греков. В XVI веке обедневшие восточные патриархи вынуждены были все чаще обращаться в Москву за помощью. Число просителей из года в год умножалось. Вслед за мелкой сошкой на Русь потянулись митрополиты и патриархи. При царе Федоре в Москву приехал антиохийский патриарх Иоаким. Его приняли с большим почетом. Но когда он стал просить денег, московские власти предложили прежде обсудить вопрос об учреждении в России патриаршей кафедры. Иоаким весьма неохотно обещал передать пожелания московитов Вселенскому собору.
Столпы православной церкви Востока нимало не сочувствовали русским проектам, но не хотели и открыто отклонить их. Торг из-за патриаршего сана мог обернуться для них большими выгодами. В Москве стали ждать, как отреагирует константинопольский патриарх Феолит. Его гонец явился в Москву с грамотой, содержащей обычную просьбу о помощи, но на словах он передал весть, которую в Москве давно ожидали. Царьградский и антиохийский патриархи, заявил он, послали за другими патриархами, чтобы решить московское дело на соборе.
Византиец не желал вести с Москвой письменные переговоры об учреждении патриаршества, однако дни его правления были сочтены. Турки низложили Феолита и назначили на его место патриарха Иеремию. Новый глава вселенской церкви начал с того, что отправился на Русь.