Архиепископ Арсений описал посещение Бориса как очевидец. У великого боярина, замечает Арсений, был смущенный вид, когда он «не без страха, но почтительно и в порядке» приступил к изложению дела. Борис повел дело так ловко, что патриарх решился исполнить волю царя. Но ему воспрепятствовали его советники — митрополит Дорофей, патриарший племянник Дмитрий и двое других греков. Они обратили внимание Иеремии на то, что русские предлагают ему основать свою резиденцию в захолустном Владимире, а не в Москве. «А Владимир хуже Кукуза!» — говорил патриарху Дорофей, самый рьяный из противников московитов. Армянский городок Кукуз был местом заточения Иоанна Златоуста. Во Владимире, внушали патриарху, он будет в худшей ссылке.
По русским источникам, Иеремия заявил Борису, что согласен основать свою резиденцию только в Москве, «занеже патриархи бывают при государе всегда; а то что за патриаршество, что жити не при государе, тому статца никак невозможно». Выслушав окончательное мнение Иеремии, Борис стал настаивать на том, чтобы в московские патриархи был поставлен кто-нибудь из русских. Но патриарх отклонил и эту просьбу, сославшись на то, что он волен распоряжаться только своей кафедрой. «Не будет законно, — сказал он, — поставить другого, если мне самому не быть на двух кафедрах». По словам очевидцев, правитель покинул патриаршее подворье чрезвычайно опечаленным. Дипломатическая игра была проиграна. Тогда на греков решили воздействовать иными способами. Годунов на время покинул сцену. «Черную работу» взялись выполнять братья Андрей и Василий Щелкаловы. Дьяки попытались купить согласие патриарха щедрыми посулами. Они обещали ему дорогие подарки, богатое содержание, города и области в управление. В то же время патриарху дали понять, что его не отпустят из Москвы, пока он не уступит. Под конец с греками заговорили языком диктата. Когда митрополит Дорофей отказался подписать грамоту «о поставлении» Иова, Андрей Щелкалов пригрозил утопить его в реке.
Переговоры с греками дают наглядное представление о распределении ролей между двумя главными правителями русского государства. В то время как Борис Годунов предпочитал уговоры и убеждения и употреблял все свое красноречие, Андрей Щелкалов действовал без всяких церемоний. Его угрозы произвели на греков, по-видимому, более сильное впечатление, чем красноречие Годунова. Тем не менее честь благополучного завершения переговоров с греками выпала на долю Годунова.
Борис не мог допустить срыва переговоров, получивших широкую огласку, и постарался закончить дело как можно скорее. Боярская дума вторично собралась в царских палатах и окончательно отклонила просьбу Иеремии о «поставлении его патриархом на Москве». Решено было еще раз держать совет с Иеремией о возведении в сан патриарха Иова. Бояре распорядились взять у Иеремии «чин» поставления патриархов и учредить новые митрополичьи, архиепископские и епископские кафедры в тех городах, где будет «пригоже». Решение о преобразовании московской церковной иерархии было принято еще до того, как дума получила формальное на то согласие патриарха.
13 января 1589 года Годунов и Щелкалов уведомили Иеремию обо всех предпринятых ими шагах. Беседа была продолжительной. Как повествует официальный отчет, «патриарх Иеремия говорил о том и советовал много с боярином, с Борисом Федоровичем Годуновым…» Под конец патриарх уступил по всем пунктам, выставив единственное условие, чтобы его самого «государь благочестивый царь пожаловал и отпустил». Греки капитулировали ради того, чтобы вырваться из московского плена. «В конце концов, — повествует Дорофей, — хотя и не по доброй воле, Иеремия рукоположил патриарха России».
Архиепископ Арсений старался представить дело так, будто в переговорах с Иеремией с самого начала деятельно участвовало московское духовенство. Священный собор будто бы дважды обращался к патриарху, и тот впервые заявил о своем согласии двум епископам — посланцам собора. Источники опровергают эту благочестивую легенду. Правитель созвал духовенство лишь на четвертый день после завершения переговоров.
Борис Годунов не считал нужным советоваться с «государевыми богомольцами» по поводу выбора кандидата на патриарший престол. Этот вопрос был предрешен с самого начала, и «отцам церкви» оставалось лишь выразить согласие с волей правителя. Иеремия представил властям подробную опись церемониала поставления патриарха. Следуя ему, царь и священный собор сначала должны были выбрать «втаи» трех кандидатов в патриархи, после чего царю надлежало утвердить на высокий пост одного из них. Такой порядок выборов главы церкви показался московским властям неудобным. Но по настоянию Иеремии они в конце концов согласились провести «тайные» выборы. Вся процедура свелась к чистой формальности. Власти расписали сценарий избирательного собора до мельчайших деталей, включая «тайну» выборов. В соответствии с этим сценарием Иеремия должен был провести «тайное» совещание с московскими епископами, после чего «избрати трех: митрополита Иова всеа Руси, архиепископа Александра Новгородского, архиепископа Ростовского Варлаама». «Потом, — сказано было в наказе, — благочестивый царь Федор изберет из тех трех одного Иова митрополита… в патриархи». Иеремия беспрекословно выполнил все предписания Годунова относительно «тайны» выборов и 26 января 1589 года возвел Иова на московский патриарший престол.