Греки надеялись, что теперь-то их отпустят на родину. Но им велели ехать на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. По возвращении они настоятельно просили отпустить их в Царьград. Правитель отклонил просьбу под тем предлогом, что ехать весною неудобно — плохи дороги. Новая задержка греков была вызвана тем, что в Москве спешно составляли соборное постановление об учреждении в Москве патриаршества. Собор, будто бы выработавший этот документ, в полном составе едва ли когда-нибудь заседал. В числе участников собора грамота называла Иеремию и Дорофея. Но, по свидетельству Дорофея, грекам на подворье принесли готовую грамоту, которую они не могли понять из-за отсутствия перевода. Угрозы заставили Дорофея подписать грамоту, но он тут же посоветовал патриарху тайно наложить на грамоту заклятье.
На соборном постановлении помимо подписи Иеремии обозначены были имена членов константинопольского Синода. Поскольку их фамилии написаны одним почерком и доподлинно известно, что большинство членов Синода не участвовало в путешествии в Россию, явились подозрения, что их подписи поддельны, а следовательно, грамота об учреждении патриаршества является подложной. Сомнения подобного рода все же беспочвенны. Как патриарх, Иеремия являлся главой Синода, и для удостоверения документа достаточно было одной его подписи. Перечень членов Синода имел не столько удостоверительный, сколько осведомительный характер.
Пробыв в Москве без малого год, патриарх 19 мая получил наконец разрешение выехать на родину. Правитель не жалел казны, чтобы одарить освобожденных пленников. Не скрывая восхищения, Арсений писал, что царь и царица обогатили их всех. Что же касается субсидий на строительство новой резиденции патриарха в Константинополе (за этим Иеремия и приезжал на Русь), то выдачу их откладывали до последнего момента. Только после отъезда Иеремии Годунов «помянул» царю о забытом ходатайстве, после чего в догонку грекам послали тысячу рублей на новую патриаршую церковь. Царь Федор на прощание поднес Иеремии митру, украшенную драгоценными камнями. На ней жемчугом была сделана надпись: «От царя — патриарху». По случаю учреждения патриаршества в Москве устроили грандиозный праздник. Во время крестного хода новопоставленный патриарх выехал верхом из Фроловских ворот и объехал Кремль. «Ослять» под ним вел Борис Годунов. Процессию провожала праздничная толпа.
Затем была составлена утвержденная грамота об избрании первого московского патриарха, санкционировавшая преобразование высшей церковной иерархии. Вместо одной митрополичьей кафедры учреждено было четыре. Митрополичий сан получили прежде всего бывший архиепископ Новгородский и Псковский Александр и бывший архиепископ Ростовский и Ярославский Варлаам. Эти двое фигурировали на «выборах» патриарха в качестве кандидатов наряду с Иовом. Основаны были также Казанская и Крутицкая митрополии, шесть новых архиепископств и шесть новых епископств.
Принятое священным собором уложение установило порядок избрания русских патриархов. Оно декларировало право московской церкви на поставление патриарха без участия восточных патриархов, которых надлежало лишь известить о принятом решении. Право окончательного утверждения русского патриарха всецело принадлежало царю, что закрепляло зависимость церкви от светской власти.
Утвержденная грамота содержала указание на историческую роль Русского государства как оплота вселенского православия. Напомнив о гибели двух столиц Римской империи, составители грамоты адресовали царю Федору следующие слова: «Ветхий Рим падеся аполинариевой ересью; вторый же Рим, иже есть Константинополь… от безбожных турок, обладаем; твое же, о благочестивый царю, великое Российское царствие, третей Рим, благочестием всех превзыде, и вся благочестивая царствие в твое едино собрася, и ты един под небесем христианский царь именуешись в всей вселенной, во всех христианех».