Поддержка церкви имела для Шуйского исключительное значение. Патриарх Гермоген вел настойчивую агитацию, обличая мертвого расстригу, рассылал по городам грамоты, предавал анафеме мятежников. Духовенство старалось прославить «чудеса» у гроба царевича Дмитрия. Большое впечатление на простонародье произвели торжественные похороны Бориса Годунова, а также его близких, убитых по повелению самозванца. Тела их были вырыты из ямы в ограде Варсонофьева монастыря и уложены в гробы. Бояре и монахини на руках пронесли по улицам столицы останки Годуновых. Царевна Ксения следовала за ними, причитая: «Ах, горе мне, одинокой сироте. Злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мертвый он терзает русское царство, суди его, боже!»
Отброшенный от стен Москвы Болотников укрылся сначала в Калуге, а затем в Туле. Между тем в Белоруссии появился новый самозванец, вошедший в историю под именем «тушинского вора». Вопреки традиционной точке зрения новый самозванец был ставленником скорее Болотникова, чем польской шляхты. Болотников вел борьбу во имя возвращения на трон доброго царя Дмитрия, которого он видел в имении Мнишеков в Самборе летом 1606 года и от которого получил чин «главного воеводы». Осаждая Москву, Болотников неоднократно посылал гонцов в Самбор, умоляя «государя» прибыть в лагерь восставших. Не дождавшись царя, повстанцы вызвали с Дона «царевича» Илейку-Петра. После гибели Лжедмитрия I «царевич» ушел из Поволжья на Дон. Появление Петра не произвело должного впечатления на народ. В конце концов Болотников стал догадываться о том, что в Самборе его обманули. Тогда он обратился к самборской родне царицы Марины Мнишек с просьбой, чтобы кто-нибудь из надежных людей принял имя Дмитрия и немедленно выехал в Россию. В декабре 1606 года на поиски «Дмитрия» в пределы Литвы выехал сам «царевич Петр». Примечательно, что он отправился не в украинский Самбор, а в Восточную Белоруссию, в район Орши и Могилева, где было немало мелкой белорусской шляхты — участников московского похода Лжедмитрия I. Петр пытался набрать (вопреки запретам польских властей) наемное войско в помощь русским повстанцам, а заодно отыскать «Дмитрия». Обращает на себя внимание такое совпадение. «Царевича Петра» встретил в Белоруссии пан Зенович, а спустя несколько месяцев тот же самый Зенович проводил за московский рубеж Лжедмитрия II.
Итак, Болотников обращался на Украину с просьбой выставить нового самозванца, а Петр ездил за тем же в Белоруссию. Можно со всей определенностью говорить о том, что не интервенты, как принято было считать, а вожди развернувшегося в России народного восстания готовили на трон нового самозванца.
Когда Лжедмитрий II прибыл в Стародуб, при нем не было ни шляхтичей, ни наемных войск. Зато там его ждал личный эмиссар Болотникова атаман Иван Заруцкий — человек сильного характера и редкой смелости. Именно он при помощи местных повстанцев (а Стародуб был одним из центров повстанческого движения) подготовил почву для провозглашения Лжедмитрия II царем и передачи ему власти. К тому времени покровители нового самозванца из белорусской шляхты успели набрать для него отряд в 700 наемников, которые явились в Стародуб в тот самый день, когда Заруцкий в торжественной обстановке «вызнал» «Дмитрия», объявил о его признании и передал грамоты от «царевича Петра» и Болотникова. Присутствие военной силы заставило молчать всех сомневавшихся. Народ повалился в ноги государю. По всему Стародубу ударили в колокола.