Набрав повстанческое войско, подкрепив его наемными отрядами из Польши, Лжедмитрий II попытался занять Москву. Это ему не удалось, и он основал лагерь в Тушине, у стен столицы. Через некоторое время при особе самозванца образовалась Боярская дума. Фактическим главой тушинского правительства стал уже упоминавшийся ростовский митрополит Филарет, человек незаурядных способностей и сильной воли. В Тушино его привезли как пленника, но Лжедмитрий II предложил ему сан «патриарха всея Руси». Филарет принял его не колеблясь, хотя еще совсем недавно усердно предавал анафеме нового «еретика и вора», появившегося в Стародубе. Он лучше многих мог судить, что за птица этот самозванец: Филарет близко знал царевича Дмитрия Угличского, сталкивался с Григорием Отрепьевым, когда тот был холопом на романовском подворье в Москве, пользовался милостями этого бывшего холопа, когда тот занял трон под именем Дмитрия. Сделавшись тушинским патриархом, Филарет с еще большим усердием стал отправлять богослужение во здравие «великого государя Дмитрия Ивановича и его благоверной царицы Марины Юрьевны» (Марина Мнишек ярилась в Тушино и перед всем народом признала в человеке, которого впервые увидела, своего чудесно спасшегося супруга). Филарет был весьма популярен в стране — его знали как племянника первой жены благочестивого царя Ивана Васильевича, и поддержка такого человека значила для нового Лжедмитрия не меньше, чем признание со стороны царицы Марины. Сильными людьми в Тушинском лагере кроме Филарета стали боярин М. Салтыков и предводитель польских наемников Ружинский.
Поначалу Лжедмитрий по-родственному принимал в Тушине разных мужицких «царевичей», являвшихся сюда во главе повстанческих отрядов. Но затем по настоянию знати самозванец велел повесить двух из них. Атаман Заруцкий, получивший боярское звание (случай, единственный в русской истории), помог подавить вольницу, служившую ранее под знаменами Ивана Болотникова. В конце концов исключительное влияние на дела в Тушинском лагере стали оказывать командиры наемного войска.
Царская власть издавна считалась на Руси оплотом православия. Гражданская война, вызвавшая к жизни самозванцев, все перевернула вверх дном. Лжедмитрий I был тайным католиком. А после смерти Лжедмитрия II люди много толковали о том, будто «тушинский вор» был тайным приверженцем иудейской веры. Почти два года Россия имела две столицы, двух царей и двух патриархов.
Веря в доброго царя, народ ждал начала счастливого царства, но обещанные государем мир и благоденствие не наступали. Тушинское войско вместе с наемниками безжалостно грабило и жгло деревни. Вера в «царя Дмитрия» заколебалась, повсюду нарастал протест против тушинцев. В ряде городов Поволжья повстанцы изгнали их и восстановили власть Шуйского.
Однако царь Василий не верил в силу народа и искал иноземной поддержки. Пообещав уступить шведскому королю Карлу IX крепость Корелу на севере России, Шуйский получил от него военную помощь. Русские и шведские полки возглавил молодой талантливый полководец князь М. Скопин-Шуйский. Несокрушимым бастионом на пути захватчиков стал Троице-Сергиев монастырь. Осажденный войском Яна Сапеги и тушинцами в сентябре 1608 года, он шестнадцать месяцев отражал приступы врага.
Военное положение России в 1609 году было крайне тяжелым. Царь Василий Шуйский был заперт в столице. Король Сигизмунд III и его окружение сочли такую ситуацию благоприятной для открытой интервенции против Русского государства. Найти подходящий повод не составило труда — им послужило русско-шведское сближение. Сигизмунд III вынашивал планы грандиозных завоеваний в России. Его приспешники выдвинули сумасбродную идею крестового похода на восток и колонизации русских земель. Их замыслы не вызвали восторга ни у польской шляхты, ни у польского народа. Поэтому Сигизмунд III и его магнаты готовили войну в глубокой тайне.
Осенью 1609 года королевская армия пересекла русскую границу и подошла к Смоленску. Сигизмунд III ждал, что город откроет перед ним ворота, но ошибся. Началась осада Смоленска. Тем временем военная обстановка в России стала меняться не в пользу интервентов. Скопин-Шуйский отбросил войска Яна Сапеги из-под Троице-Сергиева монастыря и в марте 1610 года торжественно вступил в Москву. Лжедмитрий II еще в конце 1609 года бежал в Калугу. «Воровская столица» в Тушине прекратила свое существование. Основная масса польских наемников ушла оттуда в военный лагерь под Смоленском.
После бегства Лжедмитрия II «патриарх» Филарет как глава тушинского правительства, никого более не представлявшего, вступил в переговоры с интервентами. С его благословения тушинец Михайла Салтыков заключил с королевскими чиновниками в лагере под Смоленском соглашение о передаче русского трона сыну Сигизмунда III Владиславу.